援軍壯大了班超的軍力，這是他所獲得的最大規模的軍事援助——在此之前，他只能依靠西域各國的軍隊打一些規模不大的戰役，現在他可以拔除插在疏勒和于闐之間的釘子——宿敵莎車了。
可是，正當他率領各國聯軍向莎車進攻時，他一手扶植的疏勒王忠在康居的誘惑下背叛了。蔥嶺之外的康居人也前來援助叛軍。三面受敵，班超面臨著十年來最大的危機。
這一次他又使用了外交手腕，重金賄賂大月氏出面，說服康居退兵，忠的部隊也隨之退往康居。幾年後，忠回到疏勒，企圖奪回王位。為除掉班超，他設計了一個圈套，可他不知道一個更大的圈套在等著他，忠輸掉了這場遊戲，被班超殺死。
忠的背叛使班超明白他的功業只是建立在流沙之上，他缺少可靠的同盟，缺少足夠強大並服從的軍隊，唯一的指望是漢朝皇帝的信賴——而這一希望也正在受到威脅。
建初八年（83年），拜班超為將兵長史，借用鼓吹幢麾等旌旗樂器。升任徐幹為軍司馬，另外派遣衛侯李邑護送烏孫使者，賜大小昆彌及以下的人錦帛。
李邑走到于闐時，正趕上龜茲進攻疏勒，他嚇得不敢再向前行。為了掩飾自己的怯懦，他上書給朝廷，說平定西域勞而無功，又說班超擁抱愛妻，懷抱幼子，在國外享受安樂，沒有心思考慮國內的事情。班超聽聞後嘆息不已，說：“我比不上曾參卻有三至之讒，恐怕現在會有人懷疑我了。”於是，毅然讓妻子離開了自己。章帝深知班超公忠體國，於是下詔嚴厲的責備李邑說：“即使班超擁抱愛妻，懷抱幼子，那麼思念家鄉的士卒一千多人，怎麼能夠都跟班超同心同德呢？”還命李邑接受班超的調度，讓班超根據情況決定是否讓李邑留在西域。
班超的勝利使一直與漢王朝保持友好的大月氏感到不安，派出一個龐大的使團要求迎娶漢公主。在班超看來，"和親"是一件屈辱的事，他甚至沒有請示朝廷就回絕了要求，大月氏以此為藉口，出動七萬大軍向班超發動攻擊。
與這樣一個強大的鄰國結仇並不符合漢朝的利益。班超沒有正面迎戰，而是堅壁清野，並出奇兵截斷了龜茲支援大月氏的糧道。得不到給養的大月氏軍陷入困境，只好謝罪請歸。這場不戰而屈人的勝利使班超的聲望達到頂峰。一直與漢朝作對的龜茲難以繼續抗拒，向班超投降。班超因其平定西域的功績被任命為新的西域部護。他將都護設在龜茲，命令他的助手長史徐幹鎮守疏勒，使這兩個飽受戰亂的國家安定下來。
現在，他終於可以著手消滅匈奴的最後三個僕從國——焉耆，危須和尉犁。二十年前，正是這三個國家殺死西域都護，使漢王朝蒙羞。到了它們為此付出代價的時候了。班超組織了前所未有的強大聯軍，浩浩蕩蕩開向焉耆。
聯軍涉水突破三國的沼澤地帶的防禦陣地，包圍焉耆。為了避免慘重的傷亡，班超再一次使用詐術，俘獲三王，將他們押到過去都護罹難處斬首，人頭送往洛陽報捷。聯軍在三國掠搶十天——這是史籍中記載的班超部隊的唯一暴行，而且不太可能出於班超的本意，我們只能猜測：這也許是對三國為敵多年的懲罰，也許是他必須以此作為對各國的酬勞。等這場浩劫終於結束，班超在此駐留半年，直到秩序恢復。
至此，西域五十餘國已經全部在漢王朝的統率之下。第二年，漢皇帝下詔表彰班超"出入二十二年，不動中國，不煩戎士，得遠夷之和，同異俗之心，而致天誅，（益易）宿恥"的豐功偉績，封班超為定遠侯，"封侯萬里"的預言成為現實。
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