近年來，微生物肥料越來受農戶們的歡迎，因為和傳統化肥相比，除了能提高土壤費力外，微生物菌肥能調節土壤微生物的數量和種類，從而達到改良土壤的效果，還能減少病害發生。
所謂微生物肥料就是指含有特定微生物活體的肥料，使用這種肥料時，通過其中所含微生物的生命活動來改善土壤環境、增加植物養分的供應量，從而提高農產品品質和產量。
1、 微生物肥料的分類
微生物肥料主要分為兩大類：微生物菌劑和微生物肥料。
（1） 微生物菌劑根據其內含的微生物種類或功能可分9種，分別是：根瘤菌菌劑、固氮菌菌劑、解磷類微生物菌劑、硅酸鹽微生物菌劑、光合細菌菌劑、有機物料腐熟劑、促生菌劑、菌根菌劑、生物修復菌劑。
（2） 微生物肥料類包括兩種：生物有機肥（微生物菌+有機肥）和複合微生物肥料（微生物菌+有機肥+無機養分）。
2、 施用微生物肥料的注意事項
（1） 微生物菌肥中有活性的菌種才有效，所以使用菌肥時活菌數很關鍵，市場上生物菌肥種類繁多，質量也參差不齊，購買時一定要看保質期和有益菌數量，選擇質量可靠的大品牌或親測有效的產品。
（2） 生物菌的生長和繁殖需要一定的溫度和溼度，施用生物菌肥時要求地溫保持在20~35℃，溫度太低或太高都會影響生物菌的存；並保持土壤溼潤，高溼環境適宜生物菌的生長繁殖。
（3） 可與有機肥混施，有機肥可作為有益菌的基質，為其提供營養，利於其生長活動；一般情況下不推薦與化肥同施，但如果土壤中磷鉀含量低，施用磷鉀肥的同時，可以添加多孢菌，以減少土壤對肥料中的磷鉀的固定，讓作物更好地吸收養分。
使用生物菌肥最好不使用殺菌劑，特別是殺細菌類的，殺菌劑一般分為殺真菌的和殺細菌的，而微生物菌劑一般是細菌性菌種，所以使用不慎就會將有益菌殺死。
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