顺治七年（1650）十二月，多尔衮出猎，死于喀喇城，被追尊为“诚敬义皇帝”，用皇帝丧仪。福临亲政两月后，即宣布多尔衮“谋篡大位”等种种罪状，削爵毁墓并撤去太庙牌位，籍没家产，多尔衮的党羽也受到清洗。
在“倒多”过程中，济尔哈朗成为新的权力集中点。孝庄敏锐地发现了这一苗头，让福临发布上谕，宣布一切奏章由皇帝亲览，不必进呈和硕郑亲王（济尔哈朗），消除了可能产生的隐患。年少的皇帝在太后的安排下理政读书、吸收汉文化、大胆使用汉官、整顿吏治，开创了清初政治新局面。
权力斗争刚告一段落，孝庄又陷入家庭矛盾的旋流。蒙古王公在清廷政治生活中，一直是一股重要力量，为保持自己家族的特殊地位，福临即位不久，孝庄就册立自己的侄女、蒙古科尔沁贝勒吴克善的女儿博尔济吉特氏为皇后，正中宫之位。
自古帝王婚姻，总是带有明显的政治色彩，人的喜好与感情则是次要的。而福临恰恰缺乏这种胸怀，他更多以自己的好恶来对待这种关系。皇后博尔济吉特氏聪明、漂亮，但喜奢侈、爱嫉妒。对此，福临却不能容忍，坚决要求废后另立。
未成年的顺治皇帝性格十分执拗，尽管大臣们屡次谏阻，仍然坚持己见，毫不退让。顺治十年（1653年），孝庄见儿子实在没有回转余地，只好同意，皇后降为静妃，改居侧宫。
为了消除这一举动可能带来的消极政治影响，孝庄又选择蒙古科尔沁多罗贝勒之女博尔济锦氏进宫为妃。但福临对这位蒙古包里出来的漂亮姑娘同样不感兴趣。
董鄂氏被接入宫中被册封为皇贵妃，在后宫的地位仅次于皇后，不过福临对董鄂氏的感情，已到了无以复加的地步。他认为董鄂氏有德有才，正是理想的皇后人选，因此准备二次废后。
假如福临再度废后，改立董鄂氏，蒙古女人失去中宫主子之位，势必影响满蒙关系，倾动大清帝国的立国之基，孝庄毫不犹豫地对儿子的举动进行了抑制。结果，母子间出现隔阂，顺治皇帝甚至公然下令抠去太庙匾额上的蒙古文字。
而那位生活在感情荒漠中的蒙古皇后，对于安排自己命运的同族婆婆并无丝毫感激，相反把不幸和怨恨，统统归集到太后身上，连太后病倒，也不去问候一声。对于这一切，孝庄都忍受了。
这种微妙紧张的母子婆媳关系维持了五六年，幸而她有多年的政治经验和坚毅的性格，清帝国的基业才不致因后宫的倾动而发生动摇。
孝庄这种苦心，福临与皇后恐怕都不理解，倒是通达人情的董鄂氏能够体谅孝庄的苦衷，她主动周旋于皇后与皇帝之间，缓和调节双方矛盾，起到孝庄所难以达到的作用。唯其如此，孝庄有什么事总是找董鄂氏商量，有什么话总是找这个儿媳妇说，以至于到后来，婆婆对儿媳几乎到了不能离开的地步。
顺治十四年（1657）十月，董鄂氏产下一子，四个月后不幸夭折，丧子的悲伤使她郁郁成疾，宫廷矛盾的精神重负使她原来有病的身体更加虚损羸弱。顺治十七年（1660）八月，董鄂氏病故。皇帝遭此打击，精神颓落，恹恹无生趣，未出半年，患天花而逝。
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