摘要：在這裡，需要說明一下，本文中的"北元"概念比我們傳統的"北元"概念更廣泛一些。傳統的"北元"指元惠宗退出元大都至忽必烈系子孫喪失對蒙古各部的統治權期間的蒙古政權，而本文中的"北元"指的是元惠宗退出元大都至鐵木真系子孫喪失對蒙古各部的統治權期間的蒙古政權。
元朝廷退出元大都
公元1368年, 明朝大將徐達、常遇春率領明軍攻陷元大都（今北京）,元惠宗（元王朝統治中原的最後一位皇帝）帶著殘部撤退到元朝的廷嶺北行省(元朝最北方的行省，治所在和林)。從此，蒙古勢力退出中原，結束對中原地區的統治，元朝滅亡。元惠宗回到草原後繼續做起了蒙古各部的大汗，歷史上稱之為"北元"。
忽必烈系子孫統治下的蒙古政權
公元1369年，明朝大將常遇春率領明軍攻佔上都（位於今內蒙古自治區錫林郭勒盟正藍旗境內，多倫縣西北閃電河畔），元惠宗向北逃到應昌府（今內蒙古自治區赤峰市克什騰旗達裡諾爾西南的達爾罕蘇木）。公元1370年四月，元惠宗在應昌府因病去世。同年五月，明朝大將李文忠率領明軍攻克應昌府，元惠宗兒子愛猷識理答臘（身份是太子）率領殘部逃到和林（今蒙古國後杭愛省額爾德尼召），在和林即皇帝位，年號宣光，汗號為必力克圖汗。
必力克圖汗在位期間雖然幾次擊退明朝大軍，但卻始終無法攻入中原，暫時與明朝形成短期的南北對峙的局面，此時的北元政權控制著嶺北行省及甘肅、遼陽行省大部分，東部至高麗，西接中亞，南面還有云南，是"北元"政權最興盛的時期。公元1378年四月，必力克圖汗去世，他的弟弟脫古思帖木兒（另一種說法是必力克圖汗的兒子）繼位，年號天元。脫古思帖木兒在位期間，明朝大軍對北元政權控制的地區採取了一系列大規模軍事行動，使得北元政權控制的遼陽行省、雲南及西北大部分地區盡數被明軍攻陷，高麗（今朝鮮）也被明軍征服。公元1388年，脫古思帖木兒被被明朝大將藍玉在捕魚兒海（今內蒙古貝爾湖）徹底擊敗並逃走，在逃跑途中被瓦剌支持的也速迭兒（元世祖忽必烈之弟阿里不哥的後裔）殺害。
黃金家族非忽必烈系子孫統治下的蒙古政權
脫古思帖木兒去世後，恩克卓裡克圖繼汗位，他停用大元國號改稱蒙古。歷史界有一種說法，恩克卓裡克圖就是也速迭兒，他殺死脫古思帖木兒後自稱大汗，這種說法被大多數人所認可。歷史界還有一種說法，恩克卓裡克圖是脫古思帖木兒的兒子。暫時不管這兩種說法，總之，恩克卓裡克圖是鐵木真黃金家族的後裔，是蒙古脫古思帖木兒去世後即位的大汗，也是大元國號停用後蒙古第一位可汗，這個毋庸置疑。也速迭兒本身並沒有什麼實力，之所以能夠殺死脫古思帖木兒，主要原因是有瓦剌各部的大力支持。自元朝末期至明朝初年，全國各地戰爭頻發，而在這段期間，瓦剌各部因為偏居西方而免遭戰亂，實力逐步增強。
在這裡有必要再介紹一下蒙古兀良哈三衛（也稱"朵顏三衛"）。14世紀中期，蒙古東部（即大興安嶺以東）生活著不少的蒙古部落。明朝建立時，元朝將軍納哈出（木華黎後裔）統率著二十萬蒙古軍隊駐紮在這裡。明洪武二十年（1387年），明朝大將馮勝率軍迫使納哈出投降，大興安嶺以東的這些蒙古部落只能歸附大明王朝。隨後，明朝廷在這一地區設置了朵顏、泰寧和福餘三衛（衛所制是明朝的軍事制度）。但是，兀良哈三衛與明朝廷的關係很不穩定，到了朱棣永樂朝期間，兀良哈三衛才開始與明朝廷建立長期穩定的關係。
明朝建立後，明朝廷對成吉思汗嫡系後裔政權以及其實際控制的蒙古高原東部草原各部落統稱為韃靼，他們自稱蒙古，與蒙古高原西部的瓦剌對立，除此之外還有生活在大興安嶺以東的蒙古兀良哈三衛（有時依附韃靼，有時歸順明朝，基本算獨立個體），以上三部基本涵蓋了蒙古各方勢力，但他們三方擁立或尊奉的大汗仍為鐵木真黃金家族的後裔。
公元1392年恩克卓裡克圖去世，額勒伯克繼汗位。公元1399年，瓦剌綽羅斯部首領浩海達裕，為謀取韃靼丞相的官職，達到統領瓦剌各部的目的，慫恿額勒伯克汗殺死他的汗弟哈爾古楚克都古楞特穆爾鴻臺吉，並霸佔弟媳鄂勒哲依圖鴻郭斡妣吉。但不久，因為鄂勒哲依圖鴻郭斡妣吉的離間，額勒伯克汗和浩海達裕君臣反目，浩海達裕被額勒伯克汗殺死。後來，額勒伯克汗發現中計，便封浩海達裕的兒子馬哈木為蒙古丞相，統領瓦剌各部。額勒伯克汗冊封馬哈木為蒙古丞相併統領瓦剌各部引起了原統領瓦剌各部的猛可帖木兒（即《明史》所稱的鬼力赤）的不滿，他於是帶兵殺了額勒伯克汗。
鬼力赤殺死額勒伯克汗後立額勒伯克的兒子坤帖木兒為汗。公元1402年，鬼力赤又將坤帖木兒殺死，奪取了統治蒙古各部的權力。不久，鬼力赤被阿魯臺等擁立為大汗。阿魯臺是蒙古化的伊朗人，元朝被趕出大都之前就有幾個完全由他們組成的軍團，他們是成吉思汗嫡系後裔政權實際控制的部落，屬於韃靼部。明永樂五年（1407年），鬼力赤被傳不是蒙古黃金家族後裔（鬼力赤實際是窩闊臺的後裔），阿魯臺看到鬼力赤已失去威信便於次年將他暗殺。同年冬，阿魯臺又擁立本雅失裡（忽必烈家族的後裔）為蒙古（韃靼）大汗，本雅失裡封阿魯臺為太師。本雅失裡在位期間，積極抵抗明軍入侵，與明朝為敵。
明永樂七年（1409年）初，本雅失裡和阿魯臺率兵攻打瓦剌，被瓦剌馬哈木等各部首領率軍擊敗。本雅失裡雖然兵敗，但並未受到重大打擊，仍然自持實力強大，與明王朝為敵。7月，本雅失裡殺死明朝使者。8月，明成祖朱棣命大將丘福率領10萬明軍征討本雅失裡，9月，丘福在臚朐河上游被本雅失裡打敗，全軍覆沒。同年，明朝廷冊封瓦剌部的馬哈木為順寧王，冊封瓦剌部的太平為賢義王，冊封瓦剌部的把禿孛羅為安樂王，並且分別賜予印信和豐厚的賞賜。明永樂八年（1410年）3月，明成祖朱棣率50萬大軍征討本雅失裡和阿魯臺。6月，本雅失裡和阿魯臺分裂，本雅失裡率領部眾向西遷移，阿魯臺則率領部眾向東遷移。明軍首先攻擊本雅失裡，本雅失裡軍大敗，本雅失裡率殘部繼續向西逃跑，第二年被馬哈木帶兵殺死。
明成祖朱棣打敗本雅失裡後率兵向東攻打阿魯臺部，在興安嶺大敗阿魯臺部。同年冬，阿魯臺派使者嚮明朝廷進貢馬匹，與大明王朝修好。永樂十一年（1413年），明王朝封阿魯臺為和寧王。
永樂十一年（1413年），瓦剌馬哈木等率軍到明朝邊境尋釁，明成祖朱棣下詔親征。永樂十二年（1414年）夏，明軍大破瓦剌軍，馬哈木等逃走，明軍班師回朝。永樂十三年（1415年）春，馬哈木等嚮明朝進貢馬匹，嚮明王朝稱臣。明永樂十四年（1416年），阿魯臺乘瓦剌軍被明軍戰敗之機，率軍攻打瓦剌，馬哈木等被打敗逃走，不久馬哈木去世。
明宣德元年 (1426年)，阿魯臺擁立阿臺王子（成吉思汗弟哈布圖哈薩爾後裔）為蒙古（韃靼）大汗，即阿岱可汗，蒙古汗位繼承人由鐵木真系開始向外擴大，自此，北元滅亡。此時韃靼部西邊時刻被瓦剌部落威脅著，東邊受到的挑戰，勢力逐漸衰退。
《元史》
《明太祖實錄》
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