“COVID-19”科研动态监测服务

中国科学院武汉文献情报中心和中国科学院文献情报中心共同组成生物安全情报团队，构建了“COVID-19”科研动态监测平台，持续对国内外“COVID-19”重要科研动态开展监测，旨在通过提供最新科研论文线索、摘译科研论文主要内容，按病毒溯源、流行预测、病毒检测和疾病诊断、药物研发、机理研究、政策法规等领域整理国内外重要机构的研究成果，为我国的科研攻关和相关科学研究提供参考。

如您需要了解“COVID-19”最新科研动态、下载“COVID-19”科研快报、检索“COVID-19”科研数据库，请访问我们以下服务。

✦ “COVID-19”科研动态监测平台：

http://stm.las.ac.cn/STMonitor/qbwnew/openhome.htm?serverId=172

✦ “COVID-19”科研快报下载：

http://stm.las.ac.cn/STMonitor/qbwnew/cyjb.htm?parentPageId=1580803621111&serverId=172

信息名称

冠状病毒最新消息：中国病例在确诊方法改变后激增

1 时间：

2020年2月14日

2 机构或团队：

《NATURE》

3 事件概要：

本周中国新型冠状病毒病例突然激增，震惊了各国学者，但是研究人员提到，人数大幅增加并不是流行病在恶化的迹象，而是当局改变了确诊方式的结果。

2月12日，湖北省报告了近15,000例新增COVID-19病例，这是由冠状病毒引起的疾病，占全球总感染量一天之内增加了33%。目前，中国的总感染人数约为64,000，死亡人数超过1,300。

但是湖北省的大多数病例（约13,000例）是该省一项新政策的结果，这意味着医生可以根据胸部图像诊断出疑似COVID-19的病例，而不必通过几天时间等待基因测试来确认是否存在病毒。

中国疾病预防控制中心首席流行病学家吴尊友提到，该政策是针对呼吸道疾病患者不堪重负的临床医生的呼吁，他们没有时间等待实验室检查结果。此外他还提到，湖北的临床医生因为工作量大而强烈要求修改标准，现在他们可以更快地照顾人们，并确保他们与外界隔离以保护他人。

马萨诸塞州波士顿市哈佛T.H.Chan公共卫生学院的一名传染病免疫学家和流行病学家Michael Mina提到，从医学的角度来看，这项政策是合理的。他认为：“基于症状评估和体格检查的调整是医院和临床鉴别患者的基础。”

新的确诊方案已在上周发布的最新疾病报告指南中列出，仅适用于湖北省，吴尊友提到，其他省份的病例并没有那么多，因此仍需要通过基因检测或从患者身上获取的病毒实验室培养来确认可疑病例。

中国官方媒体新华社在报道大量新病例后敦促保持冷静，其指出尽管数字上升了，但这并不意味着武汉的流行已经加深了。

2月14日，中国当局首次披露了医务人员的感染人数。截至目前已有1,716名卫生工作者感染了病毒，其中6人死亡。

4 附件：

原文链接：

https://www.nature.com/articles/d41586-020-00154-w

信息名称

美国CDC发布了对2020年1月新型冠状病毒感染风险人群的调查报告，其中20%没有近期中国旅行史，但属密切接触者。

1 时间：

2020年2月14日

2 机构或团队：

美国疾病预防控制中心

3 事件概要：

美国疾病控制与预防中心（CDC）编写的Morbidity and Mortality Weekly Report《发病率和死亡率周报》于2月14日发布了CDC多部门联合的“Persons Evaluated for 2019 Novel Coronavirus — United States, January 2020”报告。

美国CDC于1月21日启动了其紧急行动中心，并正式确定了涉嫌感染2019-nCoV感染者的调查程序。

截至2020年1月31日，美国CDC已答复了公共卫生官员和医疗保健提供者的临床询问，以协助评估大约650名被认为有2019-nCoV感染风险的人。在CDC评估被调查者（PUI）标准的指导下，对210名有症状者进行了2019-nCoV测试，在这些人中，只有148人（70％）仅具有旅行相关的风险，有42人（20％）没有近期旅行相关风险，但与经实验室确认的2019-nCoV感染患者或PUI密切接触，有18人（9％）拥有旅行和接触相关风险相关风险。这些人中有11人经实验室确认为2019-nCoV感染。在210名接受2019-nCoV感染检测的人群中，流行病学危险因素不仅限于旅行，由于人与人之间的传播预计将继续，并且随着进一步的出行限制的实施，在美国接受2019-nCoV评估的所有人中，具有这种接触风险的PUI的比例可能会增加。

210名有症状者中有143例（68％）发烧或体温≥38°C，189例（90％）咳嗽或呼吸急促，没有咳嗽或呼吸急促的9人普遍出现上呼吸道症状（即喉咙痛，鼻漏或充血）。报告有30人的其它呼吸道病毒病原体呈阳性，包括流感或呼吸道合胞病毒。42名（20％）患者住院，4名（2％）被送往重症监护室。

该报告指出，对于可能的2019-nCoV暴露，医疗保健提供者应不仅对返美旅客保持警惕，而且美国国内与2019-nCoV患者有密切接触者也应考虑。

原文链接：

https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/69/wr/mm6906e1.htm?s_cid=mm6906e1_w#contribAff

信息名称

武汉市人口迁移率与湖北省新型肺炎流行趋势的相关性分析

1 时间：

2020年2月13日

2机构或团队：

上海交通大学

3事件概要：

2月13日上海交通大学通过SSRN发表《柳叶刀》预印本论文“Correlation Analysis of the Population Emigration Rate in Wuhan and the Trend of Novel Pneumonia in Hubei Province”，文章分析了武汉市人口迁出率与湖北省新型肺炎流行趋势的相关性。

根据湖北省卫生委员会的官方网站（wjw.hubei.gov.cn），该项研究获得了湖北省新型冠状病毒感染引起肺炎的流行趋势。通过分析百度地图迁移大数据（qianxi.baidu.com），研究还得到了2020年1月20日到2020年2月7日之间武汉人口的流动方向。

结果：自2020年1月20日以来，湖北省新型肺炎确诊，治愈和死亡人数一持续增长。但是，到2020年2月4日之后，治愈病例数已经超过死亡病例数。死亡率从1月20日至1月24日逐渐增加，1月25日下降， 1月26日达到高峰，然后逐渐下降，2月8日趋于稳定。相关分析结果表明，武汉市的平均移民率与确诊病例数（r = 0.899，p <0.001）和死亡人数（r = 0.851，p <0.001）呈正相关。

结论：尽管中国仍面临新型冠状病毒的巨大挑战，确诊病例的数量在不断增长，但目前的治愈率已超过病死率。武汉市人口的迁移率与湖北省确诊病例数和死亡率之间存在正相关关系，因此，仍然需要严格控制武汉市人口的外向流动。

*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。

4附件：

原文链接：

https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3537086

信息名称

1时间：

2020年2月13日

2机构或团队：

海南大学

3事件概要：

2月13日海南大学通过SSRN发表《柳叶刀》预印本论文“Simulating the Infected Population and Spread Trend of 2019-nCov Under Different Policy by EIR Model”。

当前，准确估计控制措施下新型冠状病毒的感染人群和未来流行趋势是重要且紧迫的。但是，常见的预测模型（例如SI，SIS，SIR，SIRS和SEIR）仅适用于没有非药物预防干预措施的情况。从现有文献中估计的受感染人口远远超过官方报告的数据。文章提供了一个两阶段的EI模型，该模型综合了控制措施前后的流行病传播情况。基于此模型，文章估计了流行病的规模，并模拟了强大的预防干预措施下流行病的未来发展趋势。

研究结果显示，在文章的基准情景中，政府采取了严格的预防措施，估计数字与官方数字非常吻合。文章估计2019-nCoV的基本再生数为2.985，到2020年2月16日将达到受感染人群的峰值49093。然后，疫情传播将在2020年3月底逐渐消失。检疫率和干预起始日期点对流行病的传播有很大影响。研究还显示，如果检疫率从100％降低到63％以下（63%是控制疫情蔓延的检疫率阈值），那么疫情蔓延将永远不会消失。最后，严格预防措施下不同行动开始日期的模拟结果显示，如果干预的开始日期比当前日期2020年1月23日晚1天，高峰感染人口将增加6351人。如果开始日期晚3-7天，则高峰期感染人口数量将达到70714-115022人，即增加了21621-65929人。

*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。

4附件：

原文链接：

https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3537083

信息名称

2019-nCoV的结构基因组学和相互作用组学分析发现病毒蛋白的进化保守功能区

1时间：

2020年2月14日

2机构或团队：

伍斯特理工学院

3事件概要：

伍斯特理工学院于2020年2月14日在bioRxiv上发表题为“Structural genomics and interactomics of 2019 Wuhan novel coronavirus, 2019-nCoV, indicate evolutionary conserved functional regions of viral proteins”的文章。

文章指出，在2019-nCoV疫情刚出现的第一个月中，2019-nCoV已经感染了中国大陆和全球成千上万人，并夺去了数百人的生命。迅速传播的病毒引起了研究界前所未有的快速相应。了解病毒感染背后的分子机制，设计疫苗或抗病毒药物而进行的实验研究成本很高，而且需要数月的时间才能开发出来。为了加快进展，研究人员利用公共数据库中易于获取的有关冠状病毒的数据，并将这些数据集成到单个计算流程系统中。文章提供了2019-nCoV的全面结构基因组学和相互作用组学路线图，并使用这些信息来推断其与相关SARS冠状病毒的可能功能差异和相似性。所有数据在http://korkinlab.org/wuhan上公开。

4附件：

原文链接：

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.10.942136v1

信息名称

研究称国际输入COVID-19病例未被充分发现

1 时间：

2020年2月14日

2 机构或团队：

哈佛公共卫生学院

3 事件概要：

哈佛公共卫生学院于2020年2月14日在medRxiv上发表题为“Estimating underdetection of internationally imported COVID-19 cases”的文章。

武汉市的COVID-19感染风险已根据国际旅客的输入病例数进行了估算，这些估算通常是在假设确定所有旅客病例的前提下进行的。近期的研究表明，各国发现输入病例的能力各不相同。

新加坡历来具有很强的流行病学监测和接触者追踪能力，并在COVID-19疫情中显示出了对病例发现的高度敏感。研究人员使用贝叶斯模型来估计与新加坡相比，其他国家/地区相对的输入病例发现效率。研究人员估计，全球发现输入病例的能力是新加坡能力的38%（95%HPDI 22%-64%）。假设所有国家都具有与新加坡相同的病例发现能力，估计可以发现的病例数是当前输入病例数的2.8倍（95%HPDI 1.5-4.4）。使用全球卫生安全指数的第二部分来对国家可能的发现能力进行分类发现，高监测能力国家发现输入病例的能力为40%（95%HPDI 22%-67%），中等监测能力国家为37%（95%HPDI 18%-68%），低等监测能力国家为11%（95%HPDI 0%-42%）。

研究人员得出结论，假设对旅行者进行了充分的检测，武汉的病例数可能被低估了几倍，而严重程度则被高估了几倍。世界范围内的国家未发现病例的可能性很高；在那些国家中，发现能力低，与疫情中心的联系高度紧密的国家，风险更大。

4 附件：

原文链接：

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.13.20022707v1

信息名称

英国团队建立CoVID-19传播空间模型，估计病毒在英格兰和威尔士的早期传播趋势和峰值时间

1 时间：

2020年2月14日

2 机构或团队：

英国埃克塞特大学、布里斯托尔大学、华威大学

3 事件概要：

2月14日，medRxiv预印本上发表了一篇来自英国埃克塞特大学、布里斯托尔大学、华威大学研究团队的题为“A spatial model of CoVID-19 transmission in England and Wales: early spread and peak timing”的文章，使用现有的全国规模集合种群（metapopulation）模型来评估COVID-19在英国和威尔士的传播，文章使用2011年的人口普查数据来获取人口规模和人口流动情况，以及使用中国当前疫情的参数估计。

研究结果预测，在没有对照和生物参数保持不变的前提下，在英格兰和威尔士的人与人之间传播开始后126至147天（~4个月）内，CoVID-19的爆发将达到高峰。因此，如果从2月份开始出现人与人之间的传播并持续下去，文章预测英格兰和威尔士的疫情高峰将出现在6月份。起始时间对峰时影响最小，模型随机性会使峰时有10天的变动空间。结合实际参数的不确定性，峰值时间估计在人与人之间传播出现后的78天到241天之间。传染率的季节性变化对流行高峰出现的时间和规模、以及总发病率都有很大的影响。

在没有控制措施的情况下，文章初步估计了CoVID-19在英格兰和威尔士的潜在传播进程。这些结果可以通过改进流行病学参数估计来修正，并可用于控制措施调查和成本效益分析。传播率的季节性变化可能会将高峰时间推迟到冬季，这将对英格兰和威尔士的医疗能力和措施规划产生重要影响。

4 附件：

原文链接：

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.12.20022566v1

信息名称

感染SARS冠状病毒的医护人员体内长期持续存在lgG

1 时间：

2020年2月14日

2 机构或团队：

中山大学公共卫生学院保健中心

3 事件概要：

中山大学公共卫生学院保健中心的科研人员在medRxiv预印版平台发表论文“Long-Term Persistence of IgG Antibodies in SARS-CoV Infected Healthcare Workers”。

文章跟踪随访了当年感染SARS-CoV医护人员体内抗体，发现抗SARS-CoV的lgG抗体在体内至少可以持续表达12年，在2004年达到峰值。从2004年-2006年间迅速下降，然后以较慢的速度下降，但到2015年，感染SARS

的医护人员中lgG水平仍然很高。这种抗体的存在可以特异性针对SARS-CoV和其他β冠状病毒。

4 附件：

原文链接：

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.12.20021386v1

信息名称

长春科技大学对武汉地区COVID-19的现状分析和预测

1 时间：

2020年2月13日

2 机构或团队：

长春科技大学

3 事件概要：

长春科技大学在medRxiv预印版平台发表论文“Understanding the present status and forecasting of COVID―19 in Wuhan”。

文章预测分析了武汉地区COVID-19的现状和发展趋势。由于最近武汉报道的确证病例具有较大的波动，很难得到相对较好的拟合曲线，因此文章将湖北省中除武汉外以及中国大陆除湖北省外分开进行拟合，发现其他地区在10天前疫情已达到峰值，预测2月底疫情将结束，而武汉需要了解波动因素后才能进行更好的拟合。

4 附件：

原文链接：

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.13.20022251v1

信息名称

新型冠状病毒的重组证据暗示其宿主可能是穿山甲

1 时间：

2020年2月13日

2 机构或团队：

美国贝勒医学院、德克萨斯大学安德森癌症中心

3 事件概要：

美国贝勒医学院等于2020年2月13日在bioRxiv上发表题为“Evidence of recombination in coronaviruses implicating pangolin origins of nCoV-2019”的文章。

新型冠状病毒的基因组分析显示其与2013年从蝙蝠中分离的冠状病毒（RaTG13）有96%的相似性，但两个基因组的受体结合motif（RBM）具有较低的序列相似性。研究人员指出这种差异表明，新型冠状病毒中的RBM编码序列可能是另一种来源。研究人员在新型冠状病毒以及从穿山甲病毒宏基因组数据重建的冠状病毒基因组之间的RBM发现了高度相似序列，这表明nCoV-2019的起源可能更加复杂。

*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。

4 附件：

原文链接：

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.07.939207v1

信息名称

新型冠状病毒（2019-nCoV）疫情论文的系统综述

1 时间：

2020年2月13日

2 机构或团队：

马来西亚敦胡先翁大学、也门塔伊兹大学、江南大学、马来西亚大学

3 事件概要：

2月13日马来西亚敦胡先翁大学等通过SSRN发表《柳叶刀》预印本论文“Novel Coronavirus (2019-nCoV) Outbreak; A Systematic Review for Published Papers”。

文章指出，本年1-2月，已经有49篇2019-nCoV相关论文发表在20种期刊上，而还有数百篇未经同行评议的预印版论文。这些论文数量较多，很多具有相似的主题，为了更好地便于读者了解2019-nCoV研究进展，本项研究对这些已发表的文章进行了系统分析，并对这些论文的研究结果进行了总结。此外，本项研究还旨在强调科学家和期刊对2019-nCoV疫情的反映。

文章对49篇同行评议的文章进行了综述分析，分析结果显示，《柳叶刀》杂志的出版物数量最多（29％），为2019-nCoV提供了早期警报。第一篇论文建议Baricitinib作为2019-nCoV急性呼吸道疾病的潜在治疗，于2月3日发表在柳叶刀杂志。2020年1月16日，有关2019-nCoV病毒的基因组特征的研究论文，随后有关病毒诊断的几篇论文发表，1月29日的论文对病毒的致病性和症状研究更加清晰。《自然》杂志则是第一个对2019-nCoV疫情发出警报的杂志。文章总结，有关2019-nCoV的来源、治疗方法、疫苗、病毒在HIV或其他病毒感染患者中的致病性、孕妇传染给胎儿等方面的研究需要进一步加强。

*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。

4 附件：

原文链接：

https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3537085

信息名称

基于多源数据的分析发现隔离和可疑病例的演变决定了2019-nCoV的流行病发展趋势

1 时间：

2020年2月13日

2 机构或团队：

西安交通大学数学与生命科学交叉研究中心；约克大学数学与统计系；陕西师范大学数学与信息科学学院；约克大学工业与应用数学实验室；西安交通大学数学与统计学院；约克大学工业与应用数学实验室

2月13日出版了西安交通大学等通过SSRN发表《柳叶刀》预印本论文“The Evolution of Quarantined and Suspected Cases Determines the Final Trend of the 2019-nCoV Epidemics Based on Multi-Source Data Analyses”。

文章认为，传统的SEIR模型无法评估新型冠状病毒疫情控制策略的有效性，因此，这篇文章利用累计的报告、死亡、隔离和疑似病例数量在内的多源数据集，指出他们提出了一种符合当前流行过程和控制措施的新模型，研究认为流行趋势主要取决于隔离和可疑病例。

相关研究结果：预计的累计隔离和疑似病例数几乎达到静止状态，其拐点已经实现，疫情高峰很快就要到来。使用无模型和基于模型的方法估计的有效繁殖数量以及新的感染病例数量正在减少，而新报告的病例数量正在增加。

关于结果的相关解释：大多数感染病例已被隔离或被归入疑似病例，在现有模型中已被忽略。此外，不确定性分析表明，疫情仍然具有很大不确定性，因此继续加强检疫和隔离策略并提高中国大陆的检出率非常重要。

*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。

4 附件：

原文链接：

https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3537099

信息名称

中国30个省份的新型冠状病毒2019-nCoV实时传播与天气变量的关联

1 时间：

2020年2月13日

2 机构或团队：

伊斯坦布尔 Gelisim大学

3 事件概要：

2月13日，伊斯坦布尔 Gelisim大学通过SSRN发表《柳叶刀》预印本论文“Nowcasting and Forecasting the Spreading of Novel Coronavirus 2019-nCoV and Its Association with Weather Variables in 30 Chinese Provinces: A Case Study”，预测了环境对新型冠状病毒传播的影响。

该研究根据约翰霍普金斯大学从世界卫生组织、中国疾病预防控制中心和欧洲疾病预防控制中心收集的2020年1月22日到2月4日的2019-nCoV数据集，包括全球所有受感染地区的确诊病例、死亡病例和康复病例数。全球预报系统（GFS）网站服务的计量数据由国家环境预测中心（NCEP）产生。该网站提供了从一个月前到未来三天的几个计量数据的时间序列数据。使用Brown, Holt, Simple, Auto Regressive Integrated Moving Average (ARIMA)等几种预测模型进行时间序列预测。

结果发现，通过研究天气条件对冠状病毒传播的影响，发现天气对中国大部分省份都有很强的影响。没有一个天气变量会影响所有省份，各个省份之间的影响变量有所不同。发现短波辐射和温度是影响最大的变量。另一方面，该研究预测了到2020年9月1日的确诊、死亡和康复病例的数量。发现确诊和死亡病例的数量比康复病例的增长快。根据天气状况，一个省到另一个省的增长率不同，一些省的增长呈线性增长，而有些省则呈指数增长。

*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。

4 附件：

原文链接：

https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3537084

信息名称

利用生成性深度学习方法设计潜在的2019-nCoV 3C样蛋白酶抑制剂

1 时间：

2020年2月11日

2 机构或团队：

香港Insilico Medicine公司

3 事件概要：

香港Insilico Medicine公司于2020年2月11日在ChemRxiv上发表题为“Potential 2019-nCoV 3C-like Protease Inhibitors Designed Using Generative Deep Learning Approaches”的文章。

2019-nCoV新型冠状病毒出现后，没有疫苗或有效治疗方法，给新药物发现方法带来了紧迫感。2019-nCoV蛋白最重要的靶点之一是3C样蛋白酶，晶体结构已知。香港Insilico Medicine公司于2020年1月28日决定利用其生成化学流程设计2019-nCoV的新型药物抑制剂，并于1月30日开始生产，利用了三种生成化学方法：基于晶体结构生成、基于同源模型生成和基于配体生成。

使用这些方法生成的新型药物样化合物将在www.insilico.com/ncov-sprint/上发布，并将不断更新。几个分子将利用该公司内部资源进行合成和测试。但是，该团队正在寻求合作以合成、测试并根据需要优化已发布的分子。

*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。

4 附件：

原文链接：

https://chemrxiv.org/articles/Potential_2019-nCoV_3C-like_Protease_Inhibitors_Designed_Using_Generative_Deep_Learning_Approaches/11829102

信息名称

中科院上海药物研究所发布用于识别2019-nCoV抗病毒药物潜在靶标的网站服务器D3 Targets-2019-nCoV

1 时间：

2020年2月11日

2 机构或团队：

中国科学院上海药物研究所

3 事件概要：

中国科学院上海药物研究所于2020年2月11日在ChemRxiv上发表题为“D3Targets-2019-nCoV: A Web Server to Identify Potential Targets for Antivirals Against 2019-nCoV”的文章。

截至目前，尚无有效的药物用于2019-nCoV冠状病毒的治疗，中国正在进行一些中药或医学的临床试验。为对抗2019-nCoV，许多研究小组正在进行细胞病变效应分析，这将获得一些具有良好活性但未知靶点的化合物。识别潜在的药物靶点对于理解药物的作用机制具有重要意义。研究人员编译了17个2019-nCoV蛋白和3个相关的人类蛋白的3D结构，得到了208个结合口袋。提交的化合物通过对接软件smina对接到结合口袋中，对接结果按化合物-靶标相互作用能量（kcal/mol）的升序显示。这一计算工具能为确定抗病毒药物的潜在药物靶点提供线索。

*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。

4 附件：

原文链接：

https://chemrxiv.org/articles/D3Targets-2019-nCoV_A_Web_Server_to_Identify_Potential_Targets_for_Antivirals_Against_2019-nCoV/11831163

D3 Targets-2019-nCoV网站服务：

https://www.d3pharma.com/D3Targets-2019-nCoV/D3Docking/index.php.

信息名称

基于2019-nCoV 3C样蛋白酶（3CLpro）结构预测，虚拟筛选了维帕他韦、雷迪帕韦和其他药物重组候选物

1 时间：

2020年2月11日

2 机构或团队：

香港理工大学

3 事件概要：

香港理工大学的研究人员在ChemRxiv预印版平台发表论文“Prediction of the 2019-nCoV 3C-like Protease (3CLpro) Structure: Virtual Screening Reveals Velpatasvir, Ledipasvir, and Other Drug Repurposing Candidates”。

研究利用SARS-CoV高度相似（96%同源性）的同源基因的晶体结构，制备了2019-nCoV 3C样蛋白酶（3CLpro）的三维模型。催化、底物结合和二聚作用中涉及的所有残基都是100％保守的。多蛋白PP1AB序列的比较显示出86％的同源性。冠状病毒多蛋白上的3C样切割位点高度保守。基于几乎相同的底物特异性和高序列同源性，SARS-CoV酶特异性抑制剂开发的一些先前进展可以授予其2019-nCoV对应物。使用3CLpro分子模型，研究人员对在售的药物进行了虚拟筛选，并提出了16种候选药物供考虑。其中，抗病毒药物雷迪帕韦(ledipasvir)或维帕他韦(velpatasvir)作为2019-nCoV的治疗药物尤其具有吸引力，且副作用极小，通常是疲劳和头痛。药物Epclusa（维帕他韦 / 索非布韦）和Harvoni（雷迪帕韦 / 索非布韦）由于对两种病毒酶具有双重抑制作用，可能具有很好的效果。

*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。

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附件：

原文链接：

https://chemrxiv.org/articles/Prediction_of_the_2019-nCoV_3C-like_Protease_3CLpro_Structure_Virtual_Screening_Reveals_Velpatasvir_Ledipasvir_and_Other_Drug_Repurposing_Candidates/11831103

信息名称

基于COVID-19冠状病毒的2种蛋白的FDA批准药物数据库的虚拟筛选

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时间：

2020年2月13日

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机构或团队：

意大利米兰大学

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事件概要：

2月13日，米兰大学的研究人员在ChemRxiv预印版平台发表论文“Virtual Screening of an FDA Approved Drugs Database on Two COVID-19 Coronavirus Proteins”，基于COVID-19冠状病毒蛋白在FDA批准药物数据库中进行虚拟筛选。

新型冠状病毒病毒复制所必需的蛋白质晶体结构最近已在蛋白质数据库中备案。此外，已有研究组建立了24个COVID-19蛋白的同源性模型。在该文章中，研究人员从3000多种FDA批准的药物数据库中对该病毒煮蛋白酶和3CL蛋白酶这两个不同靶点进行虚拟筛选。结果表明，两个靶标均选择了目前用于治疗HIV感染的蛋白酶抑制剂Indinavir。Lopinavir 和Atazanavir 在是潜在3CL蛋白酶抑制剂。Cobicistat是另一种已被批准用于治疗HIV感染的药物，也已被选作潜在的主要蛋白酶抑制剂。

*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。

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附件：

原文链接：

https://chemrxiv.org/articles/Virtual_Screening_of_an_FDA_Approved_Drugs_Database_on_Two_COVID-19_Coronavirus_Proteins/11847381

信息名称

新型冠状病毒COVID-19的全基因组序列分析和3-C样肽酶和非结构蛋白的同源性模型显示蛋白质配体与氮杂-肽和具有潜在抗病毒特性的非共价铅抑制剂相互作用

1

时间：

2020年2月14日

2

机构或团队：

印度中央旱地农业研究所

3

事件概要：

印度中央旱地农业研究所的研究人员在ChemRxiv预印版平台发表题目为“Analysis of Whole Genome Sequences and Homology Modelling of a 3-C Like Peptidase and a Non-Structural Protein of the Novel Coronavirus COVID-19 Shows Protein Ligand Interaction with an Aza-Peptide and a Noncovalent Lead Inhibitor with Possible Antiviral Properties”的论文。

在这项研究中，文章对引起COVID-19的病毒全基因组序列、刺突蛋白和多蛋白与已知蛋白的同源性进行了完整的生物信息学分析、序列比对、多序列比较和同源性建模，并对这些模型中的受体结合位点进行了分析，为疫苗的开发提供了可能。

研究结果表明，多蛋白分离株COVID-19 _HKU-SZ-001_2020的三级结构与SARS冠状病毒NSP12与NSP7和NSP8共因子的同源性为98.94%。新的COVID-19病毒的一部分病毒基因组（第2帧中的254至13480位残基具有4409个氨基酸）分离株WUHAN-HU-1（GenBank登录号MN908947.3）在用PDB数据库模板2A5I建模时，与SARS-CoV的3C样肽酶具有96%的同源性，该酶具有与氮杂-肽环氧化物（APE）结合的能力，而APE-肽环氧化物以对SARS-CoV主肽酶的不可逆抑制作用而闻名。当用PDB数据库的模板3e9s进行建模时，基因组部分与木瓜蛋白酶样蛋白酶/去泛素酶具有82％的同源性，当与配体GRL0617结合时，该酶可以起到抑制SARS-CoV复制的作用。这些病毒抑制剂可以用于新型COVID-19的疫苗开发。

*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。

4

附件：

原文链接：

https://chemrxiv.org/articles/Analysis_of_Whole_Genome_Sequences_and_Homology_Modelling_of_a_3C_Like_Peptidase_and_a_Non-Structural_Protein_of_the_Novel_Coronavirus_COVID-19_Shows_Protein_Ligand_Interaction_with_an_Aza-Peptide_and_a_Noncovalent_Lead_Inhibitor_with_Possi/11846943

信息名称

长沙市2019新型冠状病毒感染的流行病学及临床特点

1

时间：

2020年2月13日

2

机构或团队：

湖南师范大学传染病系

3

事件概要：

湖南师范大学的研究人员2月13日在SSRN平台发表论文“The Epidemiological and Clinical Characteristics of 2019 Novel Coronavirus Infection in Changsha, China”，旨在了解实时RT-PCR检测的敏感性，进一步阐明武汉以外地区2019-nCoV感染的流行病学和临床特征。

研究人员对湖南省人民医院2020年1月8日至2月8日所有疑似病例进行回顾性研究。所有病例均经实时RT-PCR检测。研究分析了实时RT-PCR检测的敏感性，并观察了确诊病例的流行病学和临床特征。研究结果显示，湖南省人民医院发热门诊2019新型冠状病毒感染疑似病例560例，确诊24例。实时RT-PCR检测的灵敏度为100%。确诊病例中，3例为无症状型，3例为轻症，其他以中症为主。同时，存在家庭聚集性病例。通过研究可得出以下结论：2019-nCoV感染可表现为无症状型和轻度型。实时RT-PCR检测为其提供了一种良好的检测方法。

*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。

4

附件：

原文链接：

https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3537093

信息名称

2019年新型冠状病毒肺炎患者恢复期间胸部CT的实时变化

1时间：

2020年2月13日

2机构或团队：

华中科技大学同济医学院附属协和医院、湖北省分子影像重点实验室、飞利浦医疗保健、伦敦大学学院医院

3

2月13日，华中科技大学同济医学院附属协和医院等在Radiology上发表论文“Time Course of Lung Changes On Chest CT During Recovery From 2019 Novel Coronavirus (COVID-19) Pneumonia”，对新型冠状病毒肺炎患者恢复期间的胸部CT进行了研究。这项回顾性研究包括在2020年1月12日至2020年2月6日之间出现RT-PCR确诊的COVID-19患者。在病程中患有严重呼吸窘迫和/或需氧量的患者均被排除在外。每隔大约4天重复进行一次胸部CT检查。总CT评分是肺受累总和（5个肺叶，每个肺叶1-5分，范围：0到25）。

对21例确诊COVID-19肺炎的患者（男性6例，女性15例，年龄25-63岁）进行了评估。这些患者总共接受了82次肺部CT扫描，平均间隔为4±1天（范围：1-8天）。所有患者在平均住院时间17±4天（范围：11-26天）后出院。从出现初始症状开始，最高肺受累约在第10天达到峰值（计算得出的总CT评分为6）（R2 = 0.25），p <0.001）。

根据第0天到第26天受累患者的四分位数，定义了肺部CT的4个阶段：第1阶段（0到4天），18/24（75％）例的患者具有玻璃样混浊（GGO），总CT评分为 2±2; 第2阶段（5到8天），9/17（53%）例患者肺部铺石路样病变激增，总CT评分增加（6±4，p = 0.002）；第3阶段（9-13天）：19/21（91％）例的患者CT总评分达到峰值（7±4）；第4阶段（≥14天）：15/20（75％）例患者CT评分（6±4）逐渐降低，没有铺路石样。

4附件：

原文链接：

https://pubs.rsna.org/doi/10.1148/radiol.2020200370

信息名称

武汉封城之前2019新型冠状病毒从武汉输出到中国其它城市的风险

1时间：

2020年2月13日

2机构或团队：

德克萨斯大学奥斯汀分校、法国巴斯德研究所、大连民族大学、大连理工大学、香港大学、美国圣塔菲研究所

3事件概要：

2月13日，德克萨斯大学奥斯汀分校等在Emerging Infectious Diseases上发表预印论文“Risk for transportation of 2019 novel coronavirus disease from Wuhan to other cities in China”，估计了在武汉封城之前COVID-19从武汉运输到中国369个其它城市的可能性。

通过将流行病学模型与中国以外报道的前19个病例的数据进行拟合，研究人员估计疫情倍增时间为7.31天（95％置信区间6.26-9.66天），1月22日前武汉累计感染总数为12,400（95％置信区间 3,112-58,465）。两项估算均与武汉市确诊的前425例病例的流行病学分析相似[1]。假设这些早期流行病的增长率很高，研究人员估计在封城前的三周中，中国有130个城市有超过50％的概率从武汉输入了COVID-2019病例。截至1月26日，这130个高风险城市中共有107个报告了病例。但是，有23个城市没有，其中5个城市的输入概率> 99％，人口超过200万：巴中、抚顺、来宾、资阳和楚雄。

*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。

4附件：

原文链接：

https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/26/5/20-0146_article

[1] Early transmission dynamics in Wuhan, China, of novel coronavirus–infected pneumonia.

https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMoa2001316

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