“COVID-19”科研動態監測服務

中國科學院武漢文獻情報中心和中國科學院文獻情報中心共同組成生物安全情報團隊，構建了“COVID-19”科研動態監測平臺，持續對國內外“COVID-19”重要科研動態開展監測，旨在通過提供最新科研論文線索、摘譯科研論文主要內容，按病毒溯源、流行預測、病毒檢測和疾病診斷、藥物研發、機理研究、政策法規等領域整理國內外重要機構的研究成果，為我國的科研攻關和相關科學研究提供參考。

如您需要了解“COVID-19”最新科研動態、下載“COVID-19”科研快報、檢索“COVID-19”科研數據庫，請訪問我們以下服務。

✦ “COVID-19”科研動態監測平臺：

http://stm.las.ac.cn/STMonitor/qbwnew/openhome.htm?serverId=172

✦ “COVID-19”科研快報下載：

http://stm.las.ac.cn/STMonitor/qbwnew/cyjb.htm?parentPageId=1580803621111&serverId=172

信息名稱

冠狀病毒最新消息：中國病例在確診方法改變後激增

1 時間：

2020年2月14日

2 機構或團隊：

《NATURE》

3 事件概要：

本週中國新型冠狀病毒病例突然激增，震驚了各國學者，但是研究人員提到，人數大幅增加並不是流行病在惡化的跡象，而是當局改變了確診方式的結果。

2月12日，湖北省報告了近15,000例新增COVID-19病例，這是由冠狀病毒引起的疾病，佔全球總感染量一天之內增加了33%。目前，中國的總感染人數約為64,000，死亡人數超過1,300。

但是湖北省的大多數病例（約13,000例）是該省一項新政策的結果，這意味著醫生可以根據胸部圖像診斷出疑似COVID-19的病例，而不必通過幾天時間等待基因測試來確認是否存在病毒。

中國疾病預防控制中心首席流行病學家吳尊友提到，該政策是針對呼吸道疾病患者不堪重負的臨床醫生的呼籲，他們沒有時間等待實驗室檢查結果。此外他還提到，湖北的臨床醫生因為工作量大而強烈要求修改標準，現在他們可以更快地照顧人們，並確保他們與外界隔離以保護他人。

馬薩諸塞州波士頓市哈佛T.H.Chan公共衛生學院的一名傳染病免疫學家和流行病學家Michael Mina提到，從醫學的角度來看，這項政策是合理的。他認為：“基於症狀評估和體格檢查的調整是醫院和臨床鑑別患者的基礎。”

新的確診方案已在上週發佈的最新疾病報告指南中列出，僅適用於湖北省，吳尊友提到，其他省份的病例並沒有那麼多，因此仍需要通過基因檢測或從患者身上獲取的病毒實驗室培養來確認可疑病例。

中國官方媒體新華社在報道大量新病例後敦促保持冷靜，其指出儘管數字上升了，但這並不意味著武漢的流行已經加深了。

2月14日，中國當局首次披露了醫務人員的感染人數。截至目前已有1,716名衛生工作者感染了病毒，其中6人死亡。

4 附件：

原文鏈接：

https://www.nature.com/articles/d41586-020-00154-w

信息名稱

美國CDC發佈了對2020年1月新型冠狀病毒感染風險人群的調查報告，其中20%沒有近期中國旅行史，但屬密切接觸者。

1 時間：

2020年2月14日

2 機構或團隊：

美國疾病預防控制中心

3 事件概要：

美國疾病控制與預防中心（CDC）編寫的Morbidity and Mortality Weekly Report《發病率和死亡率週報》於2月14日發佈了CDC多部門聯合的“Persons Evaluated for 2019 Novel Coronavirus — United States, January 2020”報告。

美國CDC於1月21日啟動了其緊急行動中心，並正式確定了涉嫌感染2019-nCoV感染者的調查程序。

截至2020年1月31日，美國CDC已答覆了公共衛生官員和醫療保健提供者的臨床詢問，以協助評估大約650名被認為有2019-nCoV感染風險的人。在CDC評估被調查者（PUI）標準的指導下，對210名有症狀者進行了2019-nCoV測試，在這些人中，只有148人（70％）僅具有旅行相關的風險，有42人（20％）沒有近期旅行相關風險，但與經實驗室確認的2019-nCoV感染患者或PUI密切接觸，有18人（9％）擁有旅行和接觸相關風險相關風險。這些人中有11人經實驗室確認為2019-nCoV感染。在210名接受2019-nCoV感染檢測的人群中，流行病學危險因素不僅限於旅行，由於人與人之間的傳播預計將繼續，並且隨著進一步的出行限制的實施，在美國接受2019-nCoV評估的所有人中，具有這種接觸風險的PUI的比例可能會增加。

210名有症狀者中有143例（68％）發燒或體溫≥38°C，189例（90％）咳嗽或呼吸急促，沒有咳嗽或呼吸急促的9人普遍出現上呼吸道症狀（即喉嚨痛，鼻漏或充血）。報告有30人的其它呼吸道病毒病原體呈陽性，包括流感或呼吸道合胞病毒。42名（20％）患者住院，4名（2％）被送往重症監護室。

該報告指出，對於可能的2019-nCoV暴露，醫療保健提供者應不僅對返美旅客保持警惕，而且美國國內與2019-nCoV患者有密切接觸者也應考慮。

原文鏈接：

https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/69/wr/mm6906e1.htm?s_cid=mm6906e1_w#contribAff

信息名稱

武漢市人口遷移率與湖北省新型肺炎流行趨勢的相關性分析

1 時間：

2020年2月13日

2機構或團隊：

上海交通大學

3事件概要：

2月13日上海交通大學通過SSRN發表《柳葉刀》預印本論文“Correlation Analysis of the Population Emigration Rate in Wuhan and the Trend of Novel Pneumonia in Hubei Province”，文章分析了武漢市人口遷出率與湖北省新型肺炎流行趨勢的相關性。

根據湖北省衛生委員會的官方網站（wjw.hubei.gov.cn），該項研究獲得了湖北省新型冠狀病毒感染引起肺炎的流行趨勢。通過分析百度地圖遷移大數據（qianxi.baidu.com），研究還得到了2020年1月20日到2020年2月7日之間武漢人口的流動方向。

結果：自2020年1月20日以來，湖北省新型肺炎確診，治癒和死亡人數一持續增長。但是，到2020年2月4日之後，治癒病例數已經超過死亡病例數。死亡率從1月20日至1月24日逐漸增加，1月25日下降， 1月26日達到高峰，然後逐漸下降，2月8日趨於穩定。相關分析結果表明，武漢市的平均移民率與確診病例數（r = 0.899，p <0.001）和死亡人數（r = 0.851，p <0.001）呈正相關。

結論：儘管中國仍面臨新型冠狀病毒的巨大挑戰，確診病例的數量在不斷增長，但目前的治癒率已超過病死率。武漢市人口的遷移率與湖北省確診病例數和死亡率之間存在正相關關係，因此，仍然需要嚴格控制武漢市人口的外向流動。

*注，本文為預印本論文手稿，是未經同行評審的初步報告，其觀點僅供科研同行交流，並不是結論性內容，請使用者謹慎使用。

4附件：

原文鏈接：

https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3537086

信息名稱

1時間：

2020年2月13日

2機構或團隊：

海南大學

3事件概要：

2月13日海南大學通過SSRN發表《柳葉刀》預印本論文“Simulating the Infected Population and Spread Trend of 2019-nCov Under Different Policy by EIR Model”。

當前，準確估計控制措施下新型冠狀病毒的感染人群和未來流行趨勢是重要且緊迫的。但是，常見的預測模型（例如SI，SIS，SIR，SIRS和SEIR）僅適用於沒有非藥物預防干預措施的情況。從現有文獻中估計的受感染人口遠遠超過官方報告的數據。文章提供了一個兩階段的EI模型，該模型綜合了控制措施前後的流行病傳播情況。基於此模型，文章估計了流行病的規模，並模擬了強大的預防干預措施下流行病的未來發展趨勢。

研究結果顯示，在文章的基準情景中，政府採取了嚴格的預防措施，估計數字與官方數字非常吻合。文章估計2019-nCoV的基本再生數為2.985，到2020年2月16日將達到受感染人群的峰值49093。然後，疫情傳播將在2020年3月底逐漸消失。檢疫率和干預起始日期點對流行病的傳播有很大影響。研究還顯示，如果檢疫率從100％降低到63％以下（63%是控制疫情蔓延的檢疫率閾值），那麼疫情蔓延將永遠不會消失。最後，嚴格預防措施下不同行動開始日期的模擬結果顯示，如果幹預的開始日期比當前日期2020年1月23日晚1天，高峰感染人口將增加6351人。如果開始日期晚3-7天，則高峰期感染人口數量將達到70714-115022人，即增加了21621-65929人。

*注，本文為預印本論文手稿，是未經同行評審的初步報告，其觀點僅供科研同行交流，並不是結論性內容，請使用者謹慎使用。

4附件：

原文鏈接：

https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3537083

信息名稱

2019-nCoV的結構基因組學和相互作用組學分析發現病毒蛋白的進化保守功能區

1時間：

2020年2月14日

2機構或團隊：

伍斯特理工學院

3事件概要：

伍斯特理工學院於2020年2月14日在bioRxiv上發表題為“Structural genomics and interactomics of 2019 Wuhan novel coronavirus, 2019-nCoV, indicate evolutionary conserved functional regions of viral proteins”的文章。

文章指出，在2019-nCoV疫情剛出現的第一個月中，2019-nCoV已經感染了中國大陸和全球成千上萬人，並奪去了數百人的生命。迅速傳播的病毒引起了研究界前所未有的快速相應。瞭解病毒感染背後的分子機制，設計疫苗或抗病毒藥物而進行的實驗研究成本很高，而且需要數月的時間才能開發出來。為了加快進展，研究人員利用公共數據庫中易於獲取的有關冠狀病毒的數據，並將這些數據集成到單個計算流程系統中。文章提供了2019-nCoV的全面結構基因組學和相互作用組學路線圖，並使用這些信息來推斷其與相關SARS冠狀病毒的可能功能差異和相似性。所有數據在http://korkinlab.org/wuhan上公開。

4附件：

原文鏈接：

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.10.942136v1

信息名稱

研究稱國際輸入COVID-19病例未被充分發現

1 時間：

2020年2月14日

2 機構或團隊：

哈佛公共衛生學院

3 事件概要：

哈佛公共衛生學院於2020年2月14日在medRxiv上發表題為“Estimating underdetection of internationally imported COVID-19 cases”的文章。

武漢市的COVID-19感染風險已根據國際旅客的輸入病例數進行了估算，這些估算通常是在假設確定所有旅客病例的前提下進行的。近期的研究表明，各國發現輸入病例的能力各不相同。

新加坡歷來具有很強的流行病學監測和接觸者追蹤能力，並在COVID-19疫情中顯示出了對病例發現的高度敏感。研究人員使用貝葉斯模型來估計與新加坡相比，其他國家/地區相對的輸入病例發現效率。研究人員估計，全球發現輸入病例的能力是新加坡能力的38%（95%HPDI 22%-64%）。假設所有國家都具有與新加坡相同的病例發現能力，估計可以發現的病例數是當前輸入病例數的2.8倍（95%HPDI 1.5-4.4）。使用全球衛生安全指數的第二部分來對國家可能的發現能力進行分類發現，高監測能力國家發現輸入病例的能力為40%（95%HPDI 22%-67%），中等監測能力國家為37%（95%HPDI 18%-68%），低等監測能力國家為11%（95%HPDI 0%-42%）。

研究人員得出結論，假設對旅行者進行了充分的檢測，武漢的病例數可能被低估了幾倍，而嚴重程度則被高估了幾倍。世界範圍內的國家未發現病例的可能性很高；在那些國家中，發現能力低，與疫情中心的聯繫高度緊密的國家，風險更大。

4 附件：

原文鏈接：

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.13.20022707v1

信息名稱

英國團隊建立CoVID-19傳播空間模型，估計病毒在英格蘭和威爾士的早期傳播趨勢和峰值時間

1 時間：

2020年2月14日

2 機構或團隊：

英國埃克塞特大學、布里斯托爾大學、華威大學

3 事件概要：

2月14日，medRxiv預印本上發表了一篇來自英國埃克塞特大學、布里斯托爾大學、華威大學研究團隊的題為“A spatial model of CoVID-19 transmission in England and Wales: early spread and peak timing”的文章，使用現有的全國規模集合種群（metapopulation）模型來評估COVID-19在英國和威爾士的傳播，文章使用2011年的人口普查數據來獲取人口規模和人口流動情況，以及使用中國當前疫情的參數估計。

研究結果預測，在沒有對照和生物參數保持不變的前提下，在英格蘭和威爾士的人與人之間傳播開始後126至147天（~4個月）內，CoVID-19的爆發將達到高峰。因此，如果從2月份開始出現人與人之間的傳播並持續下去，文章預測英格蘭和威爾士的疫情高峰將出現在6月份。起始時間對峰時影響最小，模型隨機性會使峰時有10天的變動空間。結合實際參數的不確定性，峰值時間估計在人與人之間傳播出現後的78天到241天之間。傳染率的季節性變化對流行高峰出現的時間和規模、以及總髮病率都有很大的影響。

在沒有控制措施的情況下，文章初步估計了CoVID-19在英格蘭和威爾士的潛在傳播進程。這些結果可以通過改進流行病學參數估計來修正，並可用於控制措施調查和成本效益分析。傳播率的季節性變化可能會將高峰時間推遲到冬季，這將對英格蘭和威爾士的醫療能力和措施規劃產生重要影響。

4 附件：

原文鏈接：

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.12.20022566v1

信息名稱

感染SARS冠狀病毒的醫護人員體內長期持續存在lgG

1 時間：

2020年2月14日

2 機構或團隊：

中山大學公共衛生學院保健中心

3 事件概要：

中山大學公共衛生學院保健中心的科研人員在medRxiv預印版平臺發表論文“Long-Term Persistence of IgG Antibodies in SARS-CoV Infected Healthcare Workers”。

文章跟蹤隨訪了當年感染SARS-CoV醫護人員體內抗體，發現抗SARS-CoV的lgG抗體在體內至少可以持續表達12年，在2004年達到峰值。從2004年-2006年間迅速下降，然後以較慢的速度下降，但到2015年，感染SARS

的醫護人員中lgG水平仍然很高。這種抗體的存在可以特異性針對SARS-CoV和其他β冠狀病毒。

4 附件：

原文鏈接：

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.12.20021386v1

信息名稱

長春科技大學對武漢地區COVID-19的現狀分析和預測

1 時間：

2020年2月13日

2 機構或團隊：

長春科技大學

3 事件概要：

長春科技大學在medRxiv預印版平臺發表論文“Understanding the present status and forecasting of COVID―19 in Wuhan”。

文章預測分析了武漢地區COVID-19的現狀和發展趨勢。由於最近武漢報道的確證病例具有較大的波動，很難得到相對較好的擬合曲線，因此文章將湖北省中除武漢外以及中國大陸除湖北省外分開進行擬合，發現其他地區在10天前疫情已達到峰值，預測2月底疫情將結束，而武漢需要了解波動因素後才能進行更好的擬合。

4 附件：

原文鏈接：

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.13.20022251v1

信息名稱

新型冠狀病毒的重組證據暗示其宿主可能是穿山甲

1 時間：

2020年2月13日

2 機構或團隊：

美國貝勒醫學院、德克薩斯大學安德森癌症中心

3 事件概要：

美國貝勒醫學院等於2020年2月13日在bioRxiv上發表題為“Evidence of recombination in coronaviruses implicating pangolin origins of nCoV-2019”的文章。

新型冠狀病毒的基因組分析顯示其與2013年從蝙蝠中分離的冠狀病毒（RaTG13）有96%的相似性，但兩個基因組的受體結合motif（RBM）具有較低的序列相似性。研究人員指出這種差異表明，新型冠狀病毒中的RBM編碼序列可能是另一種來源。研究人員在新型冠狀病毒以及從穿山甲病毒宏基因組數據重建的冠狀病毒基因組之間的RBM發現了高度相似序列，這表明nCoV-2019的起源可能更加複雜。

*注，本文為預印本論文手稿，是未經同行評審的初步報告，其觀點僅供科研同行交流，並不是結論性內容，請使用者謹慎使用。

4 附件：

原文鏈接：

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.07.939207v1

信息名稱

新型冠狀病毒（2019-nCoV）疫情論文的系統綜述

1 時間：

2020年2月13日

2 機構或團隊：

馬來西亞敦胡先翁大學、也門塔伊茲大學、江南大學、馬來西亞大學

3 事件概要：

2月13日馬來西亞敦胡先翁大學等通過SSRN發表《柳葉刀》預印本論文“Novel Coronavirus (2019-nCoV) Outbreak; A Systematic Review for Published Papers”。

文章指出，本年1-2月，已經有49篇2019-nCoV相關論文發表在20種期刊上，而還有數百篇未經同行評議的預印版論文。這些論文數量較多，很多具有相似的主題，為了更好地便於讀者瞭解2019-nCoV研究進展，本項研究對這些已發表的文章進行了系統分析，並對這些論文的研究結果進行了總結。此外，本項研究還旨在強調科學家和期刊對2019-nCoV疫情的反映。

文章對49篇同行評議的文章進行了綜述分析，分析結果顯示，《柳葉刀》雜誌的出版物數量最多（29％），為2019-nCoV提供了早期警報。第一篇論文建議Baricitinib作為2019-nCoV急性呼吸道疾病的潛在治療，於2月3日發表在柳葉刀雜誌。2020年1月16日，有關2019-nCoV病毒的基因組特徵的研究論文，隨後有關病毒診斷的幾篇論文發表，1月29日的論文對病毒的致病性和症狀研究更加清晰。《自然》雜誌則是第一個對2019-nCoV疫情發出警報的雜誌。文章總結，有關2019-nCoV的來源、治療方法、疫苗、病毒在HIV或其他病毒感染患者中的致病性、孕婦傳染給胎兒等方面的研究需要進一步加強。

*注，本文為預印本論文手稿，是未經同行評審的初步報告，其觀點僅供科研同行交流，並不是結論性內容，請使用者謹慎使用。

4 附件：

原文鏈接：

https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3537085

信息名稱

基於多源數據的分析發現隔離和可疑病例的演變決定了2019-nCoV的流行病發展趨勢

1 時間：

2020年2月13日

2 機構或團隊：

西安交通大學數學與生命科學交叉研究中心；約克大學數學與統計系；陝西師範大學數學與信息科學學院；約克大學工業與應用數學實驗室；西安交通大學數學與統計學院；約克大學工業與應用數學實驗室

2月13日出版了西安交通大學等通過SSRN發表《柳葉刀》預印本論文“The Evolution of Quarantined and Suspected Cases Determines the Final Trend of the 2019-nCoV Epidemics Based on Multi-Source Data Analyses”。

文章認為，傳統的SEIR模型無法評估新型冠狀病毒疫情控制策略的有效性，因此，這篇文章利用累計的報告、死亡、隔離和疑似病例數量在內的多源數據集，指出他們提出了一種符合當前流行過程和控制措施的新模型，研究認為流行趨勢主要取決於隔離和可疑病例。

相關研究結果：預計的累計隔離和疑似病例數幾乎達到靜止狀態，其拐點已經實現，疫情高峰很快就要到來。使用無模型和基於模型的方法估計的有效繁殖數量以及新的感染病例數量正在減少，而新報告的病例數量正在增加。

關於結果的相關解釋：大多數感染病例已被隔離或被歸入疑似病例，在現有模型中已被忽略。此外，不確定性分析表明，疫情仍然具有很大不確定性，因此繼續加強檢疫和隔離策略並提高中國大陸的檢出率非常重要。

*注，本文為預印本論文手稿，是未經同行評審的初步報告，其觀點僅供科研同行交流，並不是結論性內容，請使用者謹慎使用。

4 附件：

原文鏈接：

https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3537099

信息名稱

中國30個省份的新型冠狀病毒2019-nCoV實時傳播與天氣變量的關聯

1 時間：

2020年2月13日

2 機構或團隊：

伊斯坦布爾 Gelisim大學

3 事件概要：

2月13日，伊斯坦布爾 Gelisim大學通過SSRN發表《柳葉刀》預印本論文“Nowcasting and Forecasting the Spreading of Novel Coronavirus 2019-nCoV and Its Association with Weather Variables in 30 Chinese Provinces: A Case Study”，預測了環境對新型冠狀病毒傳播的影響。

該研究根據約翰霍普金斯大學從世界衛生組織、中國疾病預防控制中心和歐洲疾病預防控制中心收集的2020年1月22日到2月4日的2019-nCoV數據集，包括全球所有受感染地區的確診病例、死亡病例和康復病例數。全球預報系統（GFS）網站服務的計量數據由國家環境預測中心（NCEP）產生。該網站提供了從一個月前到未來三天的幾個計量數據的時間序列數據。使用Brown, Holt, Simple, Auto Regressive Integrated Moving Average (ARIMA)等幾種預測模型進行時間序列預測。

結果發現，通過研究天氣條件對冠狀病毒傳播的影響，發現天氣對中國大部分省份都有很強的影響。沒有一個天氣變量會影響所有省份，各個省份之間的影響變量有所不同。發現短波輻射和溫度是影響最大的變量。另一方面，該研究預測了到2020年9月1日的確診、死亡和康復病例的數量。發現確診和死亡病例的數量比康復病例的增長快。根據天氣狀況，一個省到另一個省的增長率不同，一些省的增長呈線性增長，而有些省則呈指數增長。

*注，本文為預印本論文手稿，是未經同行評審的初步報告，其觀點僅供科研同行交流，並不是結論性內容，請使用者謹慎使用。

4 附件：

原文鏈接：

https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3537084

信息名稱

利用生成性深度學習方法設計潛在的2019-nCoV 3C樣蛋白酶抑制劑

1 時間：

2020年2月11日

2 機構或團隊：

香港Insilico Medicine公司

3 事件概要：

香港Insilico Medicine公司於2020年2月11日在ChemRxiv上發表題為“Potential 2019-nCoV 3C-like Protease Inhibitors Designed Using Generative Deep Learning Approaches”的文章。

2019-nCoV新型冠狀病毒出現後，沒有疫苗或有效治療方法，給新藥物發現方法帶來了緊迫感。2019-nCoV蛋白最重要的靶點之一是3C樣蛋白酶，晶體結構已知。香港Insilico Medicine公司於2020年1月28日決定利用其生成化學流程設計2019-nCoV的新型藥物抑制劑，並於1月30日開始生產，利用了三種生成化學方法：基於晶體結構生成、基於同源模型生成和基於配體生成。

使用這些方法生成的新型藥物樣化合物將在www.insilico.com/ncov-sprint/上發佈，並將不斷更新。幾個分子將利用該公司內部資源進行合成和測試。但是，該團隊正在尋求合作以合成、測試並根據需要優化已發佈的分子。

*注，本文為預印本論文手稿，是未經同行評審的初步報告，其觀點僅供科研同行交流，並不是結論性內容，請使用者謹慎使用。

4 附件：

原文鏈接：

https://chemrxiv.org/articles/Potential_2019-nCoV_3C-like_Protease_Inhibitors_Designed_Using_Generative_Deep_Learning_Approaches/11829102

信息名稱

中科院上海藥物研究所發佈用於識別2019-nCoV抗病毒藥物潛在靶標的網站服務器D3 Targets-2019-nCoV

1 時間：

2020年2月11日

2 機構或團隊：

中國科學院上海藥物研究所

3 事件概要：

中國科學院上海藥物研究所於2020年2月11日在ChemRxiv上發表題為“D3Targets-2019-nCoV: A Web Server to Identify Potential Targets for Antivirals Against 2019-nCoV”的文章。

截至目前，尚無有效的藥物用於2019-nCoV冠狀病毒的治療，中國正在進行一些中藥或醫學的臨床試驗。為對抗2019-nCoV，許多研究小組正在進行細胞病變效應分析，這將獲得一些具有良好活性但未知靶點的化合物。識別潛在的藥物靶點對於理解藥物的作用機制具有重要意義。研究人員編譯了17個2019-nCoV蛋白和3個相關的人類蛋白的3D結構，得到了208個結合口袋。提交的化合物通過對接軟件smina對接到結合口袋中，對接結果按化合物-靶標相互作用能量（kcal/mol）的升序顯示。這一計算工具能為確定抗病毒藥物的潛在藥物靶點提供線索。

*注，本文為預印本論文手稿，是未經同行評審的初步報告，其觀點僅供科研同行交流，並不是結論性內容，請使用者謹慎使用。

4 附件：

原文鏈接：

https://chemrxiv.org/articles/D3Targets-2019-nCoV_A_Web_Server_to_Identify_Potential_Targets_for_Antivirals_Against_2019-nCoV/11831163

D3 Targets-2019-nCoV網站服務：

https://www.d3pharma.com/D3Targets-2019-nCoV/D3Docking/index.php.

信息名稱

基於2019-nCoV 3C樣蛋白酶（3CLpro）結構預測，虛擬篩選了維帕他韋、雷迪帕韋和其他藥物重組候選物

1 時間：

2020年2月11日

2 機構或團隊：

香港理工大學

3 事件概要：

香港理工大學的研究人員在ChemRxiv預印版平臺發表論文“Prediction of the 2019-nCoV 3C-like Protease (3CLpro) Structure: Virtual Screening Reveals Velpatasvir, Ledipasvir, and Other Drug Repurposing Candidates”。

研究利用SARS-CoV高度相似（96%同源性）的同源基因的晶體結構，製備了2019-nCoV 3C樣蛋白酶（3CLpro）的三維模型。催化、底物結合和二聚作用中涉及的所有殘基都是100％保守的。多蛋白PP1AB序列的比較顯示出86％的同源性。冠狀病毒多蛋白上的3C樣切割位點高度保守。基於幾乎相同的底物特異性和高序列同源性，SARS-CoV酶特異性抑制劑開發的一些先前進展可以授予其2019-nCoV對應物。使用3CLpro分子模型，研究人員對在售的藥物進行了虛擬篩選，並提出了16種候選藥物供考慮。其中，抗病毒藥物雷迪帕韋(ledipasvir)或維帕他韋(velpatasvir)作為2019-nCoV的治療藥物尤其具有吸引力，且副作用極小，通常是疲勞和頭痛。藥物Epclusa（維帕他韋 / 索非布韋）和Harvoni（雷迪帕韋 / 索非布韋）由於對兩種病毒酶具有雙重抑制作用，可能具有很好的效果。

*注，本文為預印本論文手稿，是未經同行評審的初步報告，其觀點僅供科研同行交流，並不是結論性內容，請使用者謹慎使用。

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附件：

原文鏈接：

https://chemrxiv.org/articles/Prediction_of_the_2019-nCoV_3C-like_Protease_3CLpro_Structure_Virtual_Screening_Reveals_Velpatasvir_Ledipasvir_and_Other_Drug_Repurposing_Candidates/11831103

信息名稱

基於COVID-19冠狀病毒的2種蛋白的FDA批准藥物數據庫的虛擬篩選

1

時間：

2020年2月13日

2

機構或團隊：

意大利米蘭大學

3

事件概要：

2月13日，米蘭大學的研究人員在ChemRxiv預印版平臺發表論文“Virtual Screening of an FDA Approved Drugs Database on Two COVID-19 Coronavirus Proteins”，基於COVID-19冠狀病毒蛋白在FDA批准藥物數據庫中進行虛擬篩選。

新型冠狀病毒病毒複製所必需的蛋白質晶體結構最近已在蛋白質數據庫中備案。此外，已有研究組建立了24個COVID-19蛋白的同源性模型。在該文章中，研究人員從3000多種FDA批准的藥物數據庫中對該病毒煮蛋白酶和3CL蛋白酶這兩個不同靶點進行虛擬篩選。結果表明，兩個靶標均選擇了目前用於治療HIV感染的蛋白酶抑制劑Indinavir。Lopinavir 和Atazanavir 在是潛在3CL蛋白酶抑制劑。Cobicistat是另一種已被批准用於治療HIV感染的藥物，也已被選作潛在的主要蛋白酶抑制劑。

*注，本文為預印本論文手稿，是未經同行評審的初步報告，其觀點僅供科研同行交流，並不是結論性內容，請使用者謹慎使用。

4

附件：

原文鏈接：

https://chemrxiv.org/articles/Virtual_Screening_of_an_FDA_Approved_Drugs_Database_on_Two_COVID-19_Coronavirus_Proteins/11847381

信息名稱

新型冠狀病毒COVID-19的全基因組序列分析和3-C樣肽酶和非結構蛋白的同源性模型顯示蛋白質配體與氮雜-肽和具有潛在抗病毒特性的非共價鉛抑制劑相互作用

1

時間：

2020年2月14日

2

機構或團隊：

印度中央旱地農業研究所

3

事件概要：

印度中央旱地農業研究所的研究人員在ChemRxiv預印版平臺發表題目為“Analysis of Whole Genome Sequences and Homology Modelling of a 3-C Like Peptidase and a Non-Structural Protein of the Novel Coronavirus COVID-19 Shows Protein Ligand Interaction with an Aza-Peptide and a Noncovalent Lead Inhibitor with Possible Antiviral Properties”的論文。

在這項研究中，文章對引起COVID-19的病毒全基因組序列、刺突蛋白和多蛋白與已知蛋白的同源性進行了完整的生物信息學分析、序列比對、多序列比較和同源性建模，並對這些模型中的受體結合位點進行了分析，為疫苗的開發提供了可能。

研究結果表明，多蛋白分離株COVID-19 _HKU-SZ-001_2020的三級結構與SARS冠狀病毒NSP12與NSP7和NSP8共因子的同源性為98.94%。新的COVID-19病毒的一部分病毒基因組（第2幀中的254至13480位殘基具有4409個氨基酸）分離株WUHAN-HU-1（GenBank登錄號MN908947.3）在用PDB數據庫模板2A5I建模時，與SARS-CoV的3C樣肽酶具有96%的同源性，該酶具有與氮雜-肽環氧化物（APE）結合的能力，而APE-肽環氧化物以對SARS-CoV主肽酶的不可逆抑制作用而聞名。當用PDB數據庫的模板3e9s進行建模時，基因組部分與木瓜蛋白酶樣蛋白酶/去泛素酶具有82％的同源性，當與配體GRL0617結合時，該酶可以起到抑制SARS-CoV複製的作用。這些病毒抑制劑可以用於新型COVID-19的疫苗開發。

*注，本文為預印本論文手稿，是未經同行評審的初步報告，其觀點僅供科研同行交流，並不是結論性內容，請使用者謹慎使用。

4

附件：

原文鏈接：

https://chemrxiv.org/articles/Analysis_of_Whole_Genome_Sequences_and_Homology_Modelling_of_a_3C_Like_Peptidase_and_a_Non-Structural_Protein_of_the_Novel_Coronavirus_COVID-19_Shows_Protein_Ligand_Interaction_with_an_Aza-Peptide_and_a_Noncovalent_Lead_Inhibitor_with_Possi/11846943

信息名稱

長沙市2019新型冠狀病毒感染的流行病學及臨床特點

1

時間：

2020年2月13日

2

機構或團隊：

湖南師範大學傳染病系

3

事件概要：

湖南師範大學的研究人員2月13日在SSRN平臺發表論文“The Epidemiological and Clinical Characteristics of 2019 Novel Coronavirus Infection in Changsha, China”，旨在瞭解實時RT-PCR檢測的敏感性，進一步闡明武漢以外地區2019-nCoV感染的流行病學和臨床特徵。

研究人員對湖南省人民醫院2020年1月8日至2月8日所有疑似病例進行回顧性研究。所有病例均經實時RT-PCR檢測。研究分析了實時RT-PCR檢測的敏感性，並觀察了確診病例的流行病學和臨床特徵。研究結果顯示，湖南省人民醫院發熱門診2019新型冠狀病毒感染疑似病例560例，確診24例。實時RT-PCR檢測的靈敏度為100%。確診病例中，3例為無症狀型，3例為輕症，其他以中症為主。同時，存在家庭聚集性病例。通過研究可得出以下結論：2019-nCoV感染可表現為無症狀型和輕度型。實時RT-PCR檢測為其提供了一種良好的檢測方法。

*注，本文為預印本論文手稿，是未經同行評審的初步報告，其觀點僅供科研同行交流，並不是結論性內容，請使用者謹慎使用。

4

附件：

原文鏈接：

https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3537093

信息名稱

2019年新型冠狀病毒肺炎患者恢復期間胸部CT的實時變化

1時間：

2020年2月13日

2機構或團隊：

華中科技大學同濟醫學院附屬協和醫院、湖北省分子影像重點實驗室、飛利浦醫療保健、倫敦大學學院醫院

3

2月13日，華中科技大學同濟醫學院附屬協和醫院等在Radiology上發表論文“Time Course of Lung Changes On Chest CT During Recovery From 2019 Novel Coronavirus (COVID-19) Pneumonia”，對新型冠狀病毒肺炎患者恢復期間的胸部CT進行了研究。這項回顧性研究包括在2020年1月12日至2020年2月6日之間出現RT-PCR確診的COVID-19患者。在病程中患有嚴重呼吸窘迫和/或需氧量的患者均被排除在外。每隔大約4天重複進行一次胸部CT檢查。總CT評分是肺受累總和（5個肺葉，每個肺葉1-5分，範圍：0到25）。

對21例確診COVID-19肺炎的患者（男性6例，女性15例，年齡25-63歲）進行了評估。這些患者總共接受了82次肺部CT掃描，平均間隔為4±1天（範圍：1-8天）。所有患者在平均住院時間17±4天（範圍：11-26天）後出院。從出現初始症狀開始，最高肺受累約在第10天達到峰值（計算得出的總CT評分為6）（R2 = 0.25），p <0.001）。

根據第0天到第26天受累患者的四分位數，定義了肺部CT的4個階段：第1階段（0到4天），18/24（75％）例的患者具有玻璃樣混濁（GGO），總CT評分為 2±2; 第2階段（5到8天），9/17（53%）例患者肺部鋪石路樣病變激增，總CT評分增加（6±4，p = 0.002）；第3階段（9-13天）：19/21（91％）例的患者CT總評分達到峰值（7±4）；第4階段（≥14天）：15/20（75％）例患者CT評分（6±4）逐漸降低，沒有鋪路石樣。

4附件：

原文鏈接：

https://pubs.rsna.org/doi/10.1148/radiol.2020200370

信息名稱

武漢封城之前2019新型冠狀病毒從武漢輸出到中國其它城市的風險

1時間：

2020年2月13日

2機構或團隊：

德克薩斯大學奧斯汀分校、法國巴斯德研究所、大連民族大學、大連理工大學、香港大學、美國聖塔菲研究所

3事件概要：

2月13日，德克薩斯大學奧斯汀分校等在Emerging Infectious Diseases上發表預印論文“Risk for transportation of 2019 novel coronavirus disease from Wuhan to other cities in China”，估計了在武漢封城之前COVID-19從武漢運輸到中國369個其它城市的可能性。

通過將流行病學模型與中國以外報道的前19個病例的數據進行擬合，研究人員估計疫情倍增時間為7.31天（95％置信區間6.26-9.66天），1月22日前武漢累計感染總數為12,400（95％置信區間 3,112-58,465）。兩項估算均與武漢市確診的前425例病例的流行病學分析相似[1]。假設這些早期流行病的增長率很高，研究人員估計在封城前的三週中，中國有130個城市有超過50％的概率從武漢輸入了COVID-2019病例。截至1月26日，這130個高風險城市中共有107個報告了病例。但是，有23個城市沒有，其中5個城市的輸入概率> 99％，人口超過200萬：巴中、撫順、來賓、資陽和楚雄。

*注，本文為預印本論文手稿，是未經同行評審的初步報告，其觀點僅供科研同行交流，並不是結論性內容，請使用者謹慎使用。

4附件：

原文鏈接：

https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/26/5/20-0146_article

[1] Early transmission dynamics in Wuhan, China, of novel coronavirus–infected pneumonia.

https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMoa2001316

免 責

聲

明

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