“COVID-19”科研動態監測每日快報(3月6日)【中國科訊】

“COVID-19”科研動態監測每日快報(3月6日)【中國科訊】

“COVID-19”科研動態監測服務

中國科學院武漢文獻情報中心和中國科學院文獻情報中心共同組成生物安全情報團隊,構建了“COVID-19”科研動態監測平臺,持續對國內外“COVID-19”重要科研動態開展監測,旨在通過提供最新科研論文線索、摘譯科研論文主要內容,按病毒溯源、流行預測、病毒檢測和疾病診斷、藥物研發、機理研究、政策法規等領域整理國內外重要機構的研究成果,為我國的科研攻關和相關科學研究提供參考。

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http://stm.las.ac.cn/STMonitor/qbwnew/openhome.htm?serverId=172

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免 責

“‘COVID-19’科研動態監測每日快報”由中國科學院武漢文獻情報中心和中國科學院文獻情報中心合作推出。該項服務旨在通過提供最新科研論文線索、摘譯科研論文主要內容,為我國的科研攻關和相關科學研究提供參考。工作團隊保持中立立場,無傾向性意見,所摘譯內容主要用於說明科研論文本身,努力客觀真實反映原文情況,起到供使用者參考的目的。所摘編內容都有具體的文獻來源,請使用者通過文獻來源線索獲取具體的原始文獻,並自行甄別和使用。由於水平所限,所摘編內容不免會有疏漏,還請各位使用者諒解。“COVID-19”科研动态监测每日快报(3月6日)【中国科讯】

疾病診斷

信息名稱

隱蔽的COVID-19與新加坡假陽性登革熱血清學

1 時間:

2020年3月4日

2 機構或團隊:

新加坡國立大學醫學組織;吳騰芳總醫院;新加坡國家環境局環境衛生研究所

3 事件概要:

The lancet Infectious Diseases於3月4日出版了新加坡國立大學醫學組織等發表的通訊論文“Covert COVID-19 and false-positive dengue serology in Singapore”。

文章指出,登革熱和2019冠狀病毒病疾病(COVID-19)難以區分,因為它們具有共同的臨床和實驗室特徵。該項研究描述了新加坡的兩名患者,他們期初進行登革熱快速血清學檢測呈假陽性結果,後確診被COVID-19的致病性病毒即嚴重急性呼吸系統綜合徵冠狀病毒2(SARS-CoV-2)感染。

文章描述,這兩名患者均沒有既往病史、旅行或接觸史。第一例為57歲男性患者,由於發燒和咳嗽3天就診,經登革熱快速測試呈陰性後出院,後因持續發燒,血小板減少症惡化及新發淋巴細胞減少症重新就診。重複的進行登革熱快速檢測呈陽性,他因咳嗽和呼吸困難加重而被送往登革熱醫院。胸部X光片後進行了鼻咽拭子SARS-CoV-2的RT-PCR檢測,檢測結果呈陽性。針對最初的血清陽性樣本和額外的尿液和血液樣本再次進行登革熱檢測呈陰性。因此,最初的登革熱血清轉化結果被認為是假陽性。

第二例為57歲女性患者,由於發燒、肌痛、輕微咳嗽4天及腹瀉2天就診,登革熱測試呈陽性,被判定為進行門診登革熱隨訪。她因持續發燒、血小板減少症惡化和新發淋巴細胞減少症於2天后重新就診。該患者肝功能檢查異常(天冬氨酸氨基轉移酶、丙氨酸氨基轉移酶、總膽紅素升高),胸部X光檢查正常,她因登革熱而住院。儘管她的血液計數恢復正常,但她仍持續發熱,入院後3天出現呼吸困難。通過鼻咽拭子的RT-PCR檢測發現她的SARS-CoV-2呈陽性。重複登革熱檢測為陰性,較早的血液樣本通過RT-PCR登革熱也呈陰性。因此,最初的登革熱檢測結果被認為是假陽性。

作者認為,由於登革熱快速檢測結果陽性而未能考慮COVID-19,不僅對患者而且對公共衛生都具有嚴重的影響。作者指出,文中的病例強調對於COVID-19患者,識別假陽性登革熱血清學結果的重要性。作者強調迫切需要對SARS-CoV-2進行快速、靈敏和可用的診斷測試,該測試必須高度準確以保護公眾健康。

4 附件:

原文鏈接:

https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(20)30158-4/fulltext

疫情情況

信息名稱

COVID-19在越南北部暴發的流行病學調查

1 時間:

2020年3月4日

2 機構或團隊:

越南永福省衛生部門、越南國立肺科醫院、澳大利新南威爾士大學、越南Woolcock醫學研究所、悉尼大學

3 事件概要:

3月4日,The Lancet Infectious Diseases期刊在線發表了越南越南永福省衛生部門等的通訊文章“Outbreak investigation for COVID-19 in northern Vietnam”。

該文章報道了越南北部永福省的流行病調查結果,該研究確定了6起在越南傳播的COVID-19病例;一例發生於二次傳播,該患者未曾訪華。文章報道稱,在未訪華的患者(病例2的父親,與病例2居住在同一社區)確診後,對該患者的社區被封鎖,建議居民儘量留在社區,並每天監測所有社區居民的體溫和可疑症狀。該文章認為,文章中的病例說明了在暴露後至少14天之內將患者和疑似病例隔離開的重要性,以及對整個社區進行篩查以提高COVID-19診斷的重要性。

4 附件:

原文鏈接:

https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(20)30159-6/fulltext

信息名稱

中國浙江省2019年新型冠狀病毒的疾病傳播監測

1 時間:

2020年3月5日

2機構或團隊:

香港中文大學,杭州市疾病預防控制中心

3事件概要:

香港中文大學和杭州市疾病預防控制中心的科研人員在medRxiv預印版平臺發表論文“Monitoring Disease Transmissibility of 2019 Novel Coronavirus Disease in Zhejiang, China”,監測了浙江省2019年新型冠狀病毒肺炎的傳播情況,說明了輸入型病例的傳播情況。儘管浙江是受影響最嚴重的省份之一,但在對疾病暴發的早期開始實施隔離措施之後,在2月初/ 2月中旬觀察到疾病傳播中斷(即瞬時繁殖數量<1)。

4附件:

原文鏈接:

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.02.20028704v1.full.pdf

信息名稱

1時間:

2020年3月4日

2

機構或團隊:

解放軍總醫院第五醫學中心國家傳染病臨床研究中心

3事件概要:

解放軍總醫院第五醫學中心國家傳染病臨床研究中心的研究人員在The Lancet Gastroenterology & Hepatology在線發表評論文章“Liver injury in COVID-19: management and challenges”。在該評論中,作者使用來自中國北京解放軍總醫院第五醫學中心的現有病例研究和數據來評估肝臟是如何受到影響的。這些數據表明,2-11%的COVID-19患者患有肝合併症,而14-53%的患者在疾病進展期間報告了丙氨酸氨基轉移酶和天冬氨酸氨基轉移酶(AST)水平異常。COVID-19重症患者的肝功能異常率似乎更高。此外,作者在前期的COVID-19病例研究中發現,重度病例的肝損傷比輕度病例更為普遍。

文章指出冠狀病毒感染患者的肝損傷可能直接由肝細胞的病毒感染引起。約有2-10%的COVID-19患者出現腹瀉,在糞便和血液樣本中檢測到SARS-CoV-2 RNA,這一證據暗示了病毒在肝臟中暴露的可能性。SARS-CoV-2和SARS-CoV均與ACE2受體結合進入靶細胞,病毒在靶細胞內複製並隨後感染上呼吸道和肺組織中的其他細胞,隨後患者開始有臨床症狀和表現。儘管由於未觀察到病毒包涵體,病毒滴度相對較低,但對SARS患者的病理研究證實該病毒存在於肝組織中。在MERS患者中,肝組織中未檢測到病毒顆粒。現有的COVID-19案例研究尚未報道γ-谷氨酰轉移酶(GGT),它是一種診斷膽管細胞損傷的生物標誌物。但是作者發現,在該醫學中心住院期的56例COVID-19患者中有30例(54%)的GGT升高(未發表)。此外還發現,住院期間56例COVID-19患者中有1例(1.8%)觀察到鹼性磷酸酶水平升高。另一項初步研究(儘管未經同行評審)表明,ACE2受體表達在膽管細胞中富集,這表明SARS-CoV-2可能直接與ACE2陽性的膽管細胞結合從而導致肝功能失調。然而,對一名死於COVID-19的患者的肝臟組織進行的病理分析表明,在肝臟中未觀察到病毒包涵體。

肝功能不全也可能是由於藥物的肝毒性所致,這可能解釋了在不同隊列中觀察到的巨大差異。另外,免疫介導的炎症,如細胞因子風暴和肺炎相關的缺氧,也可能導致重症COVID-19患者的肝損傷,甚至發展成肝衰竭。輕度COVID-19的肝損傷通常是短暫的,無需任何特殊治療即可恢復正常。但是,當發生嚴重的肝臟損害時,通常需要給患者使用肝臟保護藥物。

慢性肝病是全球主要的疾病負擔。包括慢性病毒性肝炎,非酒精性脂肪肝和酒精性肝病在內的肝病影響著中國約3億人。鑑於這種高負擔,需要認真評估不同的基礎肝臟狀況如何影響COVID-19患者的肝損傷。但是,在COVID-19的病例研究中,既往肝病的確切病因尚未被概述,既往肝病與COVID-19之間的相互作用也未被研究。包括淋巴細胞減少、CD4+T細胞水平下降和細胞因子水平異常(包括細胞因子風暴)在內的免疫功能障礙是COVID-19病例的常見特徵,可能是與疾病嚴重程度和死亡率相關的關鍵因素。對於處於免疫耐受期的慢性乙型肝炎患者,或在長期使用核苷酸類似物治療後被病毒抑制的患者,需要進一步研究SARS-CoV-2共同感染後持續性肝損傷和病毒複製活躍的證據。在患有自身免疫性肝炎的COVID-19患者中,糖皮質激素的給藥對疾病預後的影響尚不清楚。考慮到膽管細胞中ACE2受體的表達,SARS-CoV-2感染是否會加重原發性膽管炎患者的膽汁淤積,或導致鹼性磷酸酶和GGT升高,也需要監測。此外,患有肝硬化或肝癌的COVID-19患者可能由於全身免疫功能低下而更容易感染SARS-CoV-2。這類患者的嚴重程度、死亡率和併發症的發生率,包括繼發感染、肝性腦病、上消化道出血和肝衰竭,需要在大隊列臨床研究中進行檢查。

作者認為,考慮到其免疫功能低下的狀況,對於患有COVID-19且患有既往肝病(例如晚期肝病)的重症患者,特別是在患有其他合併症的老年患者中,需要進行更深入的監測或針對性的治療方法。進一步的研究應集中在COVID-19肝損傷的原因以及現有的肝相關合並症對COVID-19的治療和預後的影響上。

4附件:

原文鏈接:

https://www.thelancet.com/journals/langas/article/PIIS2468-1253(20)30057-1/fulltext

病毒檢測

信息名稱

有症狀患者的空氣環境、表面環境和個人防護設備的新型冠狀病毒汙染

1時間:

2020年3月4日

2

機構或團隊:

新加坡國立傳染病中心;新加坡國防科技研究院(DSO)國家實驗室

3事件概要:

《美國醫學會雜誌(JAMA)》於3月4日在線發表了新加坡國立傳染病中心等發表的論文“Air, Surface Environmental, and Personal Protective Equipment Contamination by Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) From a Symptomatic Patient”。文章稱,冠狀病毒存在醫院感染,並以環境汙染作為傳播途徑。同樣,嚴重急性呼吸系統綜合徵冠狀病毒2型(SARS-CoV-2)的醫院內傳播也有報道。然而,傳播方式和環境汙染程度是未知的。

研究人員從2020年1月24日至2月4日,對新加坡SARS-CoV-2暴發中心3名患者的空氣傳播傳染病隔離室(每小時12次空氣交換),以及休息室和浴室中的26個地點採集了表面環境樣本。研究人員還收集了離開病房的醫生提供的個人防護裝備(PPE)樣本和病房空氣樣本。

例行清潔後,在患者仍然有症狀的第4天和第10天對患者A的房間進行採樣。所有樣品均為陰性。患者B在患病的第8天出現症狀,而在患病的第11天沒有症狀。常規清潔後的這兩天取樣均為陰性。患者C在常規清潔前採集樣本,結果為陽性,15個房間區域(包括排氣扇)中有13個區域(87%)為陽性,5個衛生間區域(包括馬桶、水槽和門把手)中有3個區域(60%)為陽性。

該研究顯示一例輕微上呼吸道感染的SARS-CoV-2患者存在廣泛的環境汙染。馬桶和水槽的樣本呈陽性,這表明糞便中的病毒脫落可能是一種潛在的傳播途徑。清潔後的樣本為陰性,說明目前的去汙措施已經足夠。儘管環境汙染程度嚴重,但空氣樣本呈陰性。從排氣口抽出的拭子測試呈陽性,表明載有病毒的細小水滴可能被氣流置換並沉積在通風口等設備上。因為鞋套不是PPE建議的一部分,所以PPE樣本有呈現陽性不足為奇。汙染的鞋類傳播的風險很低,前廳和乾淨走廊的負面結果證明了這一點。

文章稱SARS-CoV-2患者通過飛沫和糞便排出對環境造成的重大汙染表明,環境是一種潛在的傳播媒介,因此有必要嚴格遵守環境衛生和手部衛生。

4附件:

原文鏈接:

https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2762692?resultClick=1

病毒溯源

信息名稱

中山大學更新論文稱SARS-CoV-2的基因組變異表明存在多種疫情傳播源

1 時間:

2020年3月5日

2 機構或團隊:

中山大學、聖路易斯大學

3 事件概要:

中山大學等於3月5日更新了題為“Genomic variations of SARS-CoV-2 suggest multiple outbreak sources of transmission”的文章。

研究人員檢查了169個SARS-CoV-2的基因組,發現它們可以劃分為兩種主要的基因型,即I型和II型。I型可以進一步分為IA型和IB型。研究人員稱,系統發育分析表明,IA型最類似於祖先SARS-CoV-2。II型可能是從I型演變而來,是感染的主要類型。研究人員指出,其結果表明,II型SARS-CoV-2是武漢華南市場疫情的源頭,很可能起源於超級傳播者。由I型病毒引起的疫情應該發生在其他地方,因為相關患者與該市場沒有直接聯繫。文章還指出,通過區分I型和II型菌株的三個基因組位點,研究人員發現在這三個位點中的兩個位點的同義變化賦予II型菌株比I型菌株更高的蛋白質翻譯效率,這也許可以解釋為什麼II型菌株是占主導地位,這意味著II型比I型更具傳染性(傳播性)。作者表示,這些發現對於當前的流行病預防和控制可能是有價值的。

*注,本文為預印本論文手稿,是未經同行評審的初步報告,其觀點僅供科研同行交流,並不是結論性內容,請使用者謹慎使用。

4 附件:

原文鏈接:

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.25.20027953v2

機理研究

信息名稱

柬埔寨首例輸入型COVID-19病例的宏基因組分析

1 時間:

2020年3月5日

2 機構或團隊:

美國國家過敏和傳染病研究所瘧疾與媒介研究實驗室

3 事件概要:

美國國家過敏和傳染病研究所瘧疾與媒介研究實驗室科研人員在bioRxiv預印本平臺發表論文“Rapid metagenomic characterization of a case of imported COVID-19 in Cambodia ”,基於iSeq100 Illumina平臺的新一代宏基因組測序技術,結合開源生物信息學管道,快速確定柬埔寨第一例COVID-2019的特徵。

測序結果與NCBI中開源的數據進行比對後發現,該病例與NCBI中MN908947.1患者序列進行對比時,發現只有ORF3a處的第25654位核苷酸有差異,纈氨酸變成亮氨酸,其他高度相似。

*注,本文為預印本論文手稿,是未經同行評審的初步報告,其觀點僅供科研同行交流,並不是結論性內容,請使用者謹慎使用。

4 附件:

原文鏈接:

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.02.968818v1

信息名稱

冷凍電鏡技術揭示SARS-CoV-2融合後出現刺突

1 時間:

2020年3月5日

2 機構或團隊:

中國南方科技大學生物系

3 事件概要:

中國南方科技大學生物系科研人員在bioRxiv預印本平臺發表文章“Viral Architecture of SARS-CoV-2 with Post-Fusion Spike Revealed by Cryo-EM”。

研究人員在透射電鏡下觀察了SARS-CoV-2毒株(本地患者)的形態。研究發現,病毒顆粒多呈球形或多形,以釘狀觸角(寬度7 nm,長度23 nm)嵌入細胞,比之前報道的形態更加細長。當病毒的S蛋白中S1亞基脫落後,S2亞基形態發生改變,由扁圓狀變為釘狀,形成融合後狀態,出現刺突。該研究可為新冠病毒的鑑定及相關臨床研究提供重要信息。

*注,本文為預印本論文手稿,是未經同行評審的初步報告,其觀點僅供科研同行交流,並不是結論性內容,請使用者謹慎使用。

4 附件:

原文鏈接:

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.02.972927v1

信息名稱

2019新型冠狀病毒正在進行活躍的遺傳重組

1 時間:

2020年3月4日

2 機構或團隊:

南方科技大學

3 事件概要:

2020年3月4日,Clinical Infectious Diseases雜誌出版了南方科技大學團隊的文章“2019 novel coronavirus is undergoing active recombination”。

研究人員收集了GISAID(https://www.GISAID.org)中所有公開的84個2019-nCoV基因組信息,並將有相同單核苷酸變異(SNVs)的基因組歸為一個單倍型,構建了單倍型網絡圖。根據2019-nCoV單倍型網絡圖分析結果,hap_011單倍型具有明顯特徵:一、網絡圖呈星形,並集中在hap_011單倍型;二、hap_011單倍型有最多的樣本量且大多數樣本來自暴發地湖北省;第三,大多數衛星單倍型也同樣來自湖北;第四,hap_011單倍型的平均收集日期最早。進一步研究表明,所有的單倍型都來源於hap_011單倍型,並發現有五個單倍型(hap_009,hap_017,hap_023,hap_048和hap_050)形成了環狀迴路。這表明2019-nCoV發生了遺傳重組,並存在重組體。作者指出該研究為2019-nCoV的遺傳重組提供了首個證據,這是2019-nCoV除了自身突變外的一種新的進化方式。研究成果也對2019-nCoV肺炎的藥物治療和預防二次傳播提供了幫助,並提示傳染病醫生和疾病控制專家團體應該對2019-nCoV的遺傳重組及其潛在影響引起重視。

4 附件:

原文鏈接:

https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciaa219/5781085?searchresult=1

信息名稱

東北師範大學研究團隊認為COVID-19與SARS相關冠狀病毒的受體結合蛋白存在很強的進化趨同

1 時間:

2020年3月4日

2 機構或團隊:

東北師範大學

3 事件概要:

3月4日,bioRxiv預印本平臺發表了來自東北師範大學研究團隊的題為“Strong evolutionary convergence of receptor-binding protein spike between COVID-19 and SARS-related coronaviruses”的文章。文章指出,雖然COVID-19和SARS相關的冠狀病毒親緣關係遠,但兩者均能夠通過相同的受體(血管緊張素-轉換酶2)ACE2感染人類宿主,並引起相似的臨床和病理特徵,提示其表型趨同。然而,它們表型趨同的分子基礎仍然未知。

該研究使用了最近開發的分子系統生態學方法來檢查導致其表型趨同的分子基礎。該文章指出,基因組水平分析結果顯示,負責受體結合的刺突蛋白已沿著與2019-nCoV和SARS-CoV相關的分支進行了重要的自然選擇;進一步檢查顯示,在COVID-19和SARS相關的冠狀病毒進化枝之間的刺突蛋白的受體結合域(RBD)中,進化收斂的氨基酸位點比例異常高,導致其RBD蛋白序列發生系統發育。該文章分析認為,除了刺突蛋白,還發現了其伴侶蛋白ORF3a的進化趨同,表明它們可能共同進化。

該文章認為其結果證明了COVID-19與SARS相關的CoV之間有很強的適應性進化趨同,可能有助於它們適應相似或相同的受體。該文章指出,許多觀察到的蝙蝠SARS樣冠狀病毒具有與2019-nCoV和SARS-CoV進化趨同的RBD序列,可能已預先適應了人類宿主受體ACE2,因此可能是潛在的未來可感染人類的新型冠狀病毒來源。

*注,本文為預印本論文手稿,是未經同行評審的初步報告,其觀點僅供科研同行交流,並不是結論性內容,請使用者謹慎使用。

4 附件:

原文鏈接:

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.04.975995v1

藥物研發

信息名稱

基於分子對接和分子動力學模擬HIV-1蛋白酶抑制劑與SARS-CoV-2冠狀病毒主蛋白酶(3CLpro)之間結合的相互作用的深入分析

1 時間:

2020年3月5日

2 機構或團隊:

3 事件概要:

ChemRxiv預印平臺於3月5日出版了大理大學等的論文“Insight Derived from Molecular Docking and Molecular Dynamics Simulations into the Binding Interactions Between HIV-1 Protease Inhibitors and SARS-CoV-2 3CLpro”。

文章指出,由於有報道稱HIV-1蛋白酶抑制劑可以靶向作用於SARS-CoV 3CLpro用作潛在的抗SARS藥物,因此作者選擇了6種獲批的抗HIV-1藥物來研究它們與3CLpro之間結合的相互作用,並評估其用作新型冠狀病毒性肺炎(COVID19)臨床藥物的潛力。

文章稱,其研究結果表明,在所有抑制劑中,地瑞那韋(darunavir)與SARS-CoV-2及SARS-CoV 主蛋白酶(3CLpro)結合的親和力最佳,這表明它有可能成為抗COVID-19臨床藥物。作者還通過MD模擬研究了HIV-1蛋白酶抑制劑對SARS-CoV2 3CLpro結合的親和力比SARS-CoV高的可能原因。作者稱其研究提供了在3CLpro和抑制劑相互作用中結構柔韌性可能發揮的作用的見解,闡明瞭針對靶向SARS-CoV-2 3CLpro的抗COVID-19藥物的基於結構的設計。

*注,本文為預印本論文手稿,是未經同行評審的初步報告,其觀點僅供科研同行交流,並不是結論性內容,請使用者謹慎使用。

4 附件:

原文鏈接:

https://chemrxiv.org/articles/Insight_Derived_from_Molecular_Docking_and_Molecular_Dynamics_Simulations_into_the_Binding_Interactions_Between_HIV-1_Protease_Inhibitors_and_SARS-CoV-2_3CLpro/11932995

流行預測

信息名稱

人口流動對中國2019-nCoV傳播的影響

1 時間:

2020年3月4日

2機構或團隊:

中山大學;浙江大學;中山大學;中山大學嶺南(大學)學院

3

事件概要:

SSRN預印平臺《柳葉刀》預印版於3月4日出版了中山大學等發表的預印本論文“Impact of Population Movement on the Spread of 2019-nCoV in China”。文章指出,在2020年1月23日起禁止往返武漢、春節假期延長等管控措施之前已經發生了大量的人口流動,具有導致病例傳播到中國其他城市的可能性。隨著人們返回工作地點,人口流動的這種迴流也可能促進2019-nCoV的傳播。因此,作者認為迫切需要評估現有人口流動和未來人口迴流對2019-nCoV傳播的影響,為精確控制疫情提供依據。

研究人員使用1月至2月(2019-20年)的國內人口流動數據來推斷中國城市之間的人口流動網絡。從疫情暴發到2020年2月14日,他們從34個省級行政單位和341個市級單位的衛生委員會的每日官方報告中獲得了確診病例的數據。作者使用線性迴歸模型來模擬人口流動與輸入病例之間的關係,並評估在不同人員流動情況下輸入病例的推論和風險。

結果:作者指出,來自武漢市的人口湧入與全國其他城市確診病例之間在統計學上存在顯著的正相關性,尤其是對於湖北的城市。與1月23日開始實施管制禁令相比,不實施禁令將會使下一週的總病例數增加118%,而提前三天實施禁令,將使早期階段的傳播病例數減少47%。作者預計如果不對回返居民進行任何限制的情況下,累計總病例數將增加61%,而如果禁令僅限於湖北實施的話,累計總病例數將增加11%。未來長江三角洲、珠江三角洲和首都經濟圈等人口迴流較大的地區將處於較高風險中。

解釋:鑑於人口流動在新型冠狀病毒疾病(COVID-19)的傳播中起著重要作用,因此出現新的暴發中心的風險很高,特別是在人口眾多的大城市中。這些城市應持續加強公共衛生干預措施。

*注,本文為預印本論文手稿,是未經同行評審的初步報告,其觀點僅供科研同行交流,並不是結論性內容,請使用者謹慎使用。

4附件:

原文鏈接:

https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3546090

信息名稱

傳染病網絡定位系統(NICDP系統):以武漢COVID-19為例

1時間:

2020年3月4日

2機構或團隊:

馬來亞大學;西弗吉尼亞大學

3事件概要:

2020年3月4日,SSRN預印平臺上發表了馬來亞大學與西弗吉尼亞大學團隊的文章“The Networks Infection Contagious Diseases Positioning System (NICDP-System): The Case of Wuhan-COVID-19”。文章稱,在過去的幾十年中,大量文獻採用數學模型確定微觀病毒的結構、形態、化學成分和複製模式從而預測病毒感染的宏觀行為。事實表明數據分析和人工模型模擬疫情有助於制定有效的預防和干預策略。該研究概述了傳染病數學建模的一般理論框架,建立了分析框架模型,並對武漢COVID-19的監測發展進行了模擬。

研究人員建立的分析框架模型可用來模擬流行病發生的時間與空間的模式關係以及流行病對經濟活動、不同人群的影響意義,並針對疾病的防控發展制定公共衛生決策。該研究提出了一種範式轉換,建立了傳染病網絡定位系統(NICDP系統)即將傳統的二維圖形表達擴展為一個多維圖形框架,從而實時同步預測最優的病毒行為。COVID-19的發病率和規模具有乘數效應,在短期和長期內造成了巨大的社會經濟影響。模型將COVID-19感染病例的最終估計結果,COVID-19感染病例沒有得到控制和未接種疫苗及COVID-19感染病例得到了控制並在6個月後可能使用疫苗這三種設想的情景納入了考慮。根據分析結果,在第一和第二種情況下,COVID-19在亞洲的傳播潛力將遠高於世界其他地區。這從一定程度上表明人種的異質性在傳染病的地理空間擴散中起著重要作用。綜上,該研究強調了COVID-19對中國和國際社會都是一種嚴重的風險。在面對這樣的挑戰時,不能侷限於地域,需要在全球範圍進行合作處理。

*注,本文為預印本論文手稿,是未經同行評審的初步報告,其觀點僅供科研同行交流,並不是結論性內容,請使用者謹慎使用。

4附件:

原文鏈接:

https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3548413

信息名稱

湖北省流行病中心周邊地區在COVID-2019疫情中的早期響應價值的準實驗分析

1時間:

2020年3月4日

2機構或團隊:

復旦大學

3事件概要:

復旦大學的研究人員在SSRN預印版平臺發表論文“The Value of Early Response by Surrounding Areas of Epidemic Center Hubei During COVID-2019 Outbreak in China: A Quasi-Experiment Analysis”。

文章介紹自從新冠狀病毒(COVID-2019)在湖北暴發以來,中國大陸其他省份於2020年1月23日至25日啟動了公共衛生突發事件1級響應措施。政策執行的3天時間窗口為評估響應時間和措施效果提供了準實驗機會。隨著COVID-2019在更多國家擴散,這些問題的答案對於全球公共衛生研究和決策具有重要價值。作者收集了2020年1月20日至2月9日中國國家衛生健康委員會報告的每日確診病例數據,以及各省的人口、社會經濟和政策信息。採用了一種準實驗估計策略,將1月24日前啟動應急響應的省份與一天後響應的省份的疫情情況進行比較。

結果表明,政策實施11天后,早期響應顯著降低了新增確診率和新增確診數。假定處理效果評估顯示,提前一天採取措施的省份每平方公里每萬人口平均可降低2.2%的新增確診率和497.4例新增確診病例。該研究量化了該流行病地區早期預防工作的積極效果,並評估瞭如果在周邊省份提前一天做出響應將避免多少感染病例。同時,該研究還確定了非藥物干預措施的重要性,並驗證了對響應較晚的省份的邊際緩解作用。

*注,本文為預印本論文手稿,是未經同行評審的初步報告,其觀點僅供科研同行交流,並不是結論性內容,請使用者謹慎使用。

4附件:

原文鏈接:

https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3548372

綜合報道

信息名稱

Nature報道稱兒童和成人一樣容易感染新型冠狀病毒

1 時間:

2020年3月5日

2 機構或團隊:

Nature期刊

3 事件概要:

3月5日,Nature期刊發表了題為“Coronavirus latest: children are as susceptible as adults, study suggests”的文章,報道新型冠狀病毒最新消息。

研究顯示兒童和成人一樣容易感染

(3月5日格林尼治時間15:30)。一項基於中國深圳數據的分析結果,部分回答了圍繞疫情最緊迫的問題之一:兒童的易感性。研究結果顯示,兒童和成人一樣容易感染新型冠狀病毒。

約翰霍普金斯大學彭博公共衛生學院的傳染病流行病學家just in Lessler與哈爾濱工業大學(深圳)、深圳市疾病預防控制中心的研究人員共同完成了這項研究。他們於3月4日將分析結果發佈到了medRxiv預印本上。

這項研究的獨特之處在於,它不僅著眼於感染患者,而且關注了他們的大量密切接觸者,其中一些人也感染了病毒,而許多人沒有。研究人員跟蹤了391名確診患者,以及1286名他們的親密接觸者。總體來看,研究小組發現,10歲以下可能接觸病毒的兒童與其他年齡組一樣容易受到感染,已知病例中約有7%和8%的接觸者後來呈陽性。他們還發現,與感染者同住一個家庭、並與他們密切接觸的人,與在其他環境中與感染者接觸的人相比,感染的可能性要高出大約6倍。這項研究可能會支持通過關閉學校等措施,來減緩病毒傳播產生的影響。

世界銀行集團承諾提供120億美元用於應對冠狀病毒疫情

(3月5日格林尼治時間12:55)3月3日,世界銀行集團承諾提供高達120億美元的資金支持應對冠狀病毒暴發的國家。這筆資金將得到快速落實,包括贈款、低息貸款以及技術支持。世界銀行表示,將優先為高風險和應對疫情能力低的國家提供資金。此次提供資金的一半來自國際金融公司(International Finance Corporation),旨在加強全球供應鏈,支持製藥等關鍵行業。

4 附件:

原文鏈接:

https://www.nature.com/articles/d41586-020-00154-w

文中相關參考文獻:

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.03.20028423v1

信息名稱

新型冠狀病毒病(COVID-19)的全球研究現狀:文獻計量分析和知識圖譜

1 時間:

2020年3月4日

2 機構或團隊:

美國德州農工大學;孟加拉國自然研究學會

3 事件概要:

3月4日,SSRN預印平臺出版了美國德州農工大學和孟加拉國自然研究學會的文章“Current Status of Global Research on Novel Coronavirus Disease (COVID-19): A Bibliometric Analysis and Knowledge Mapping”。

文章指出,新型冠狀病毒病(COVID-19)最早在中國發現,由於其致病性和在世界範圍內的廣泛分佈,最終成為全球關注的重大衛生問題。儘管人們對COVID-19的興趣越來越大,但當前對COVID-19的瞭解卻知之甚少。這篇文章計量研究評估了當代科學文獻,以評估有關COVID-19的知識演變,確定主要的研究利益相關者,並分析該領域知識發展的概念領域。

研究人員從Web of Science核心館藏中的三個主要數據庫中檢索2019-2020年期間發表的COVID-19相關研究的文獻計量數據。此外,通過使用文獻計量工具和R軟件的統計和文本挖掘方法,對COVID-19研究中的知識領域進行了定量評估,以評估當前研究的特點並創建可視化的知識領域。

結果表明,這項研究共保留了來自13021次點擊的371條記錄。大部分(71.43%)是期刊文章。每個文檔的作者作者人數和引用次數分別為4.8和1.283。此外,根據發表頻率確定了排名前15位的學者和期刊。在地圖中可視化了主要作者、機構和國家/地區的網絡,突出了研究合作中的離散程度。通過評估關鍵字和文本數據確定的主要領域包括與COVID-19相關的遺傳,流行病學,人畜共患病和其他生物學主題。

結論指出,COVID-19研究的現狀表明在不同的知識領域取得了進展,但是,應該在包括健康的社會經濟決定因素在內的較少被探索的領域開展更多的研究,並應鼓勵全球各國之間的研究合作以調動整體資源來了解COVID-19及其相關因素。最後,應加強全球知識庫,以基於證據制定決策預防和解決全球範圍內COVID-19的暴發。

*注,本文為預印本論文手稿,是未經同行評審的初步報告,其觀點僅供科研同行交流,並不是結論性內容,請使用者謹慎使用。

4 附件:

原文鏈接:

https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3547824

信息名稱

疫苗的知識產權:近期傳染病暴發的啟示

1 時間:

2020年3月4日

2 機構或團隊:

聖路易斯大學法學院

3 事件概要:

2020年3月4日SSRN預印版出版了上聖路易斯大學法學院文章“The Intellectual Property of Vaccines: Takeaways from Recent Infectious Disease Outbreaks”,探討了知識產權制度如何影響傳染病新疫苗開發的激勵機制。文章描述了市場力量與公共衛生迫切需要之間的緊張關係,並認為這是一個解決長期存在的疫苗研發激勵不足問題的新方法:衛生領域公私夥伴關係的興起。文中提供了關於流行病防範創新聯盟CEPI的簡短案例研究,CEPI是專門致力於為傳染病疫苗研究提供資金的大規模公私合作伙伴關係。在探討知識產權法規與實踐之間的相互作用如何影響疫苗創新時,這篇文章提供了近期傳染病暴發的例證,包括2019年新型冠狀病毒、寨卡病毒和埃博拉病毒。

*注,本文為預印本論文手稿,是未經同行評審的初步報告,其觀點僅供科研同行交流,並不是結論性內容,請使用者謹慎使用。

4 附件:

原文鏈接:

https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3546368

臨床資料

信息名稱

關注COVID-19重症患者和死亡病例的性別差異

1 時間:

2020年3月5日

2 機構或團隊:

首都醫科大學附屬北京同仁醫院,華中科技大學同濟醫學院附屬協和醫院

3 事件概要:

首都醫科大學附屬北京同仁醫院和華中科技大學同濟醫學院附屬協和醫院的科研人員在medRxiv預印版平臺發表論文“Gender differences in patients with COVID-19: Focus on severity and mortality”,探討了COVID-19重症患者和死亡病例的性別差異。

文章提到研究的重要性:近期暴發的新型冠狀病毒(SARS-CoV-2)疾病(COVID-19)使世界保持警覺,這讓人聯想到17年前的SARS暴發。研究目的:旨在比較COVID-19和SARS的男性和女性患者的嚴重程度和死亡率,以探索進行個體評估的最有用的預後因素。實驗設計、地點和參與者:科研人員從其治療的43例住院患者的病例系列,以及武漢市首批37例死於COVID-19的患者和中國6個城市的1019例存活患者的公共數據集中提取數據。另外還分析了2003年初北京市524例SARS患者的數據,包括139例死亡病例。主要結果和方法:嚴重程度和死亡率的探討。研究結果:年齡大、合併症多與COVID-19和SARS患者的嚴重程度和死亡率相關。在COVID-19(83.8 vs. 13.2,P <0.001)和SARS(37.4 vs. 4.9,P <0.001)的患者中,死亡病例組中年齡較大(≥65歲)的佔比比存活病例組高得多。在病例系列中,儘管年齡在男性和女性之間不存在很大差異,但男性往往比女性患病情況更嚴重(P = 0.035)。在公開數據集中,死亡病例組和存活病例組COVID-19患者的年齡也差異不大,同時,在1019名COVID-19存活病例中,性別分佈完全對稱。但是,死亡病例組中的男性比例高於存活病例組(70.3 vs. 50.0,P = 0.015)。在SARS患者中也觀察到性別在死亡率中的不同。存活率分析表明,SARS患者中男性(危險比[95%CI] 1.47 [1.05-2.06,P = 0.025])的死亡率顯著高於女性。研究結論和相關性:高齡和男性是COVID患者預後較差的危險因素,儘管男性和女性對SARS-CoV-2和SARS-CoV的敏感性相同,但無論年齡和易感性,男性可能更傾向於具有更高的重症率和死亡率。

*注,本文為預印本論文手稿,是未經同行評審的初步報告,其觀點僅供科研同行交流,並不是結論性內容,請使用者謹慎使用。

4 附件:

原文鏈接:

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.23.20026864v2.full.pdf

信息名稱

青島市婦女兒童醫院更新論文稱COVID-19併發常見呼吸道病原體感染的患者需要採取預防措施

1 時間:

2020年3月5日

2 機構或團隊:

青島市婦女兒童醫院、香港中文大學、武漢大學人民醫院、青島胸科醫院、青島市疾病預防控制中心

3 事件概要:

青島市婦女兒童醫院等於3月5日更新了題為“Precautions are Needed for COVID-19 Patients with Coinfection of Common Respiratory Pathogens”的文章。

文章指出,研究人員於2020年1月17日至2月16日在青島和武漢招募了68例確診的SARS-CoV-2感染患者。通過間接免疫熒光法(IIFA)檢測血清中細菌性和細菌性呼吸道病原體的特異性IgM抗體。該文章公佈的結果如下:在68例SARS-CoV-2感染患者中,有30例(40.6%)來自青島。青島和武漢患者的中位年齡分別為50歲和31歲,青島(60.00%)和武漢(55.26%)的患者多數為女性。在青島市的患者中,有24名患者具有針對至少一種呼吸道病原體的IgM抗體,總體陽性率為80.00%,而武漢市只有一名(2.63%)患者的呼吸道病原體血清學檢測呈陽性(P<0.0001)。在青島COVID-19患者中檢測到最常見的呼吸道病原體是甲型流感病毒(60.00%)和乙型流感病毒(53.33%),其次是肺炎支原體(23.33%)和嗜肺軍團菌(20.00%)。青島社區獲得性肺炎患者的合併感染模式差異很大,陽性率為20.90%。作者指出,他們報道了青島市發生季節性呼吸道病原體共感染的COVID-19患者的比例很大,與中國中部武漢地區的差異很大。在流行中心以外對其他呼吸道病原體合併感染的COVID-19患者進行治療時,需要採取預防措施。作者強烈建議將SARS-CoV-2添加到有能力的醫院的常規診斷測試中,以防止誤檢測該病毒。

*注,本文為預印本論文手稿,是未經同行評審的初步報告,其觀點僅供科研同行交流,並不是結論性內容,請使用者謹慎使用。

4 附件:

原文鏈接:

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.29.20027698v2

信息名稱

武漢市221例COVID-19患者的臨床特徵和治療

1 時間:

2020年3月4日

2 機構或團隊:

武漢大學、德州農工大學

3 事件概要:

3月4日,SSRN預印平臺的《柳葉刀》預印版發表了來自武漢大學和德州農工大學的題為“Clinical Features and Treatment of 221 Patients with COVID-19 in Wuhan, China”的文章,文章旨在分析COVID-19的流行病學和臨床特徵及其治療方法及結果。

研究人員對武漢大學中南醫院的患者進行了單中心病例回顧性研究。2020年1月2日至2020年2月10日,共招募了221例經實驗室確認為SARS-CoV-2感染的患者,包括55例嚴重患者和166例非嚴重患者。從標準化病例報告表中收集了流行病學、臨床、實驗室檢查、放射學和治療方法等數據,並對COVID-19的重度和非重度患者進行比較;具體分析了皮質類固醇對在ICU病房的重症患者的治療結果。

結果顯示:在221名COVID-19患者中,有108名(48.9%)是男性,只有8名(3.6%)患者有華南海鮮市場的接觸史。與非重症患者相比,重症患者的中位年齡明顯偏大(62.0歲對51.0歲),他們更有可能患有慢性併發症,包括高血壓、心血管疾病和腦血管疾病。文章指出,重症患者最常見的症狀是高燒、厭食和呼吸困難。入院時,221名患者中有73名(33.0%)表現出白細胞減少,163名(73.8%)表現出淋巴細胞減少。實驗室結果顯示,嚴重患者的凝血異常、肝損傷、心肌損傷和腎損傷的嚴重程度更高。此外,嚴重的患者的細菌或真菌的併發感染率更高,並且他們更有可能出現併發症,包括急性呼吸窘迫綜合徵(ARDS)、心律不齊、急性心臟損傷、休克和急性腎損傷。截至2020年2月15日,共有42位患者(19.0%)出院,12位患者(5.4%)死亡。55例重症患者中,有44例(80%)接受了ICU護理,其中23例因症狀緩解而轉入了普通病房,死亡率為21.8%。

該文章認為,在這個單中心病例研究中,在中國武漢確診的221例COVID-19住院患者中,55名高齡重症以及併發慢性病的患者發生了不止一種併發症。重症患者的死亡率顯著高於非重症患者(21.8%vs 0.0%)。該文章指出,APACHE II和SOFA評分較高、PCT水平升高、輸液量過多以及延遲使用皮質類固醇的年齡大的男性患者死亡風險可能會增加。

*注,本文為預印本論文手稿,是未經同行評審的初步報告,其觀點僅供科研同行交流,並不是結論性內容,請使用者謹慎使用。

4 附件:

原文鏈接:

https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3546095

心理保健

信息名稱

新型冠狀病毒病(COVID-19)暴發下的心理反應

1 時間:

2020年3月4日

2 機構或團隊:

鄭州師範大學、上海師範大學、美國加州大學戴維斯分校、德國希爾德斯海姆大學

3 事件概要:

中國、美國、德國的研究人員在ChinaXiv預印版平臺發表論文“Psychological responses to the Coronavirus Disease (COVID-19) outbreak”。

文章探討了COVID-19的行為和情感反應與危機管理的態度反應之間的時間關係。846名成年人被邀請在兩個時間點完成一套基於互聯網的問卷調查,間隔14至18天,時間涵蓋疫情上升階段。在基線評估中,788位成人完成了問卷。在第二波調查中,第一波的318名成年人被保留。交叉滯後模型的結果顯示,焦慮與危機管理評價之間存在負相關關係。此外,在疫情暴發初期對危機管理的評價越高,預示著暴發後期預防行為的採用和情緒傳染的易感性會有較大程度的提高。對情緒傳染的易感性也積極預測了所採取的預防行為。此外,多組結構方程模型顯示,與處於中等風險區域(湖北省以外)的人相比,危機管理評估更有可能影響疫情前線(即武漢)人對情緒傳染的易感性。這些數據為COVID-19疾病暴發期間和流行期間的心理健康提供了實驗證據,這將在疾病暴發期間通過與公眾溝通的努力來指導政府和衛生當局。

*注,本文為預印本論文手稿,是未經同行評審的初步報告,其觀點僅供科研同行交流,並不是結論性內容,請使用者謹慎使用。

4 附件:

原文鏈接:

http://www.chinaxiv.org/abs/202003.00005

中國科學院文獻情報中心立足中國科學院、面向全國,主要為自然科學、邊緣交叉科學和高技術領域的科技自主創新提供文獻信息保障、戰略情報研究服務、公共信息服務平臺支撐和科學交流與傳播服務,同時通過國家科技文獻平臺和開展共建共享為國家創新體系其他領域的科研機構提供信息服務。本文


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