同治九年（1870）七月二十六日，對於馬新貽來說，註定是一個不尋常的日子。這天上午，接替前任曾國藩、總制兩江剛滿兩年的馬新貽，照例要親赴校場閱兵。事畢，於還署途中遇刺，不治身亡，成為晚清時期轟動全國的四大奇案之一，在民間廣為流傳。
身為封疆大吏、聲譽如日中天的馬新貽突然被刺身亡，成為當時轟動全國的爆炸性新聞。兇手口供屢屢翻改，致使流言四起，對其死因更是眾說紛紜，先後出現過許多種說法：
一是清廷官方的“浙江海盜挾仇報復”說。這是經過幾番審查後，曾國藩上報朝廷、作為結案定論的說法。史料記載，張文祥（又作張汶祥）原為捻軍頭目，所部800人皆能戰，屢敗馬新貽軍。馬新貽遣人說降，言辭懇切，張文祥頗為感動，與之約定並立誓。
誰知道，張文祥投降後800部下全部被清軍所殺，張文祥僥倖得以逃走。他將此歸罪於馬新貽，從此與之結下血海深仇，於是便有了刺馬一案。
第二說與上說細節稍有不同，但也與浙江海盜有關，為史書所記載。張文祥原是廣東一帶的流匪，並與浙江海盜往來甚密。馬新貽任浙江巡撫時攻剿南田海盜，張文祥的許多夥伴都被捕殺，妻子與財產被吳炳燮所掠。馬新貽到寧波閱兵時，張文祥曾攔路狀告妻子財產被掠的事情，但因呈述不準，張為此又遭吳炳燮的羞辱，妻子不久也死了。有人對羞辱難當又家破人亡的張文祥說，馬新貽庇護吳炳燮，是吳的後臺，於是懷恨在心，伺機刺殺了馬新貽。
第三說稱馬新貽死於官場傾軋。持此說者當時就頗有人在，但只是推測。他們認為馬新貽就任閩浙總督及兩江總督時，曾負有慈禧太后調查太平軍國庫下落的密諭，為此早在赴閩浙總督前就對二位兄長談起“吉凶難料”的預感。
從案發後參與審理的一些官員的言行及兇手的表現來看，蹊蹺頗多，特別是有的審案官員竟拒絕在奏結上簽字，以鐵面無私著稱的欽差大臣、刑部尚書鄭敦謹在結案後稱病不回京交旨，且終身不復為官。而一位隨其辦案的官員顏士章在日記中稱“刺馬案與湘軍有關”。
從上述種種跡象看，“刺馬案”與當時手握重權的湘軍有關。也有人認為當時的江蘇巡撫丁日昌與馬新貽有矛盾，其子涉嫌此案云云。
第四說即民間流傳的“義士為友復仇”說。此說指馬新貽功成名就後，落入了英雄難過美人關的俗套，與先前招降又歃血盟誓的結義兄弟曹二虎之妻鄭氏有私情、並殺害其夫，從而導致了另一位義弟張文祥鋌而刺馬、為友復仇的義舉。但當時就有人提出質疑，認為“結義兄弟”等說法不可盡力信，而據此演編的《張文祥刺馬》全非事實。
“刺馬案”說法種種，撲朔迷離，但以前三種說法較為學界中人重視，其中又以第三種說法更值得關注。我們不妨來看看當時清政府的態度。
最初，朝廷急切要了解案情的真相，於是上諭一道接著一道。先是命江寧將軍魁玉嚴審，務得實情。及至魁玉奏入，“供詞閃爍，恐有牽制窒礙之處”。又命漕運總督張之萬會同魁玉一起審訊。復又調直隸總督曾國藩回任兩江，再派刑部尚書鄭敦謹為欽差大臣，會同曾國藩嚴查細究。如此這般興師動眾，或可見清廷對於此案驚恐不安之一斑。
然而，最終決定此案調子的卻是慈禧太后的幾句話。當時被天津教案弄得焦頭爛額的曾國藩，本來可以借刺馬案從天津脫身，但從他的反應看，顯然不想接受這一燙手山芋。他先是稱病請辭，朝廷不準。不得已之下，只好請求陛見，以圖弄清慈禧對此案的態度。
九月二十六日，正好是張文祥刺馬案的兩個月後，曾國藩奉旨前往養心殿，一番君臣寒暄過後，圍繞馬新貽一案，慈禧與曾國藩說了幾句話。對答一共只有兩句，卻頗含深意：
慈禧：馬新貽這事豈不甚奇
曾國藩：是很奇怪
慈禧：馬新貽辦事很好
曾國藩：馬新貽辦事和平精細
此後，儘管朝廷一再催促曾國藩趕緊去江南赴任，但曾國藩仍然在路上走了兩個多月，這與他一貫勤於政事、嚴謹處世的作風頗有出入。接手案子後，曾國藩也只是程式化地點齊人犯，過堂時默不言聲。耐人尋味的是，在審問如此重要的兇手時，一直都未用重刑。
大約半個月後，曾國藩只是對欽差大臣鄭敦謹淡淡地說了一句：“只好仍照魁、張二公原奏之法奏結。”以“浙江海盜挾仇報復”罪名上奏，了結了此案。同治十年二月，奉諭比照大清謀反叛逆律例，刺客張文祥被凌遲處死。
因為慈禧太后對馬新貽一案的旨意，馬新貽雖死於非命，卻於身後倍極恩榮。上諭賜諡“端愍”，追贈太子太保銜，再加恩照陣亡例賜卹，賞其子馬毓楨騎都尉兼雲騎尉世職，並準於江寧府建立專祠。但即便是這樣，馬新貽的死因至今也沒有定論，晚清朝廷內部裡那套是是非非確實讓人難以琢磨。
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