亲子鉴定的结果有两种：100%非亲生和99.9%亲生，所以题主问的是鉴定结果亲生的是99.9%。

下来从基因角度和技术角度分别解释下这个亲生结果是99.9%的原因：

首先简介下亲子鉴定：亲子鉴定就是通过孟德尔遗传规律（按照规律的话每个人的基因来自父亲和母亲，并且各自一般，互不干扰的），判定子女与父母是否是生物学上亲生关系的鉴定。

基因角度；

人有30亿个碱基对，2万多个基因，但是考虑到成本因素，真的全部检测，那检测费就不是几千块钱的事情了。亲子鉴定只是检测16-32个左右基因，我们假定检测20个，通过判定这20个基因是否全部来自于父母，然后判定非亲生和亲生，一般有有4个在父亲和母亲的基因中找不见，就容易确认100%非亲生了，但是确认亲生的话，就算这20个完全相同，但是也有可能两个人的这20个基因点位完全相同的，从科学严谨性，就写的确认亲生99.9%。

技术角度：

因为亲子鉴定过程中牵扯生物仪器，生物试剂，检测人员。这个就不可避免的存在设备的误差，试剂的稳定性，检测人员的失误，但是判定非亲生的话，多个基因检测错误的概率是几乎是0了，再加结合上面的生物因素。所以写100%。但是亲生的话，结合上面的基因误差，所以不能写100%。

综合以上的基因角度和技术角度，综合来检测结果就是99.9%。所以检测人大可放心，一般99.9%就是亲生的了。

90后聊基因

因为100%本身就不科学，亲子鉴定的原理就是测基因，但不是所有的基因都要测，否则人的染色体上有那么多个基因，全部测一遍时间成本就不说了，光花费就是一笔不菲的金额。

所以现代的亲子鉴定技术，一般只测十几个基因位点就可以了，这十几个基因位点完全可以判定某个孩子，是否和他的父母存在亲缘关系。

那么在亲子鉴定当中，如果孩子有3个或者超过3个基因位点不同，则可以判定没有亲子关系，说白了就是不是亲生的。

如果有1个或者2个基因位点不同的话，则有可能是基因变异的原因，对此我们只要测试更多的基因位点，就可以确定或者排除亲子关系，总之基因位点测试的越多，数据就越逼近100%。（99.9999%）

至于剩下那0.1%，可以参考一下基因突变，毕竟亲缘关系再接近的两个人，基因也不是完全一模一样，所以99.9%的结论是非常合理的。

另外亲子鉴定本身是人为计算出来的一种结果，既然是人为的计算和操作，就免不了一些客观上的误差，那么再加上基因上存在的微小差异，最终的得到的数据必然不可能是100%，所以你们明白了么.........

种植恒星

这个和第一代DNA测序的方法有关。

简单一点科普吧。

人类基因组超过30亿个碱基对，如果全部检测，成本极高，用这种方法来做亲子鉴定的话全世界也没有几个人能承受这个价格(当年用第一代DNA测序仪完成第一个人的全基因测序花费十多年时间及数十亿美元，现在随着技术发展全基因检测成本已经下降很多，不过依然价格不菲)。

所以我们就想出一个办法，就是只检测一些很小的片段，这样成本就会低很多。这种片段就叫做位点。

检测位点确实成本低很多，却带来一个问题，就是完全没有亲缘关系的人也可能拥有一样的位点，事实上，这种可能性还很高。

我们想出来的办法就是检测很多的位点。我们假设某个位点在某个人群里面出现的概率是0.3(就是整个人群中30%的人都带有这个基因)，你做出来的结果是符合的，还是有30%的可能性不是你的孩子(只是简单巧合)。再多一个位点，如果人群概率还是0.3，那按照概率论，不是你孩子的可能性就是0.3×0.3＝0.09(这一步不懂的请自学初中数学，随机事件叠加发生的概率)，这样是你孩子的可能性就是1－0.09＝91%。我们就这样不停的累积乘下去，这个可能性就会越来越高。但不论怎么乘下去，这个可能性永远不会达到100%，只能不断地接近它。

现在的亲子鉴定大多要做21个以上的位点，这个乘数可以说是非常接近100%了，远远超过99.99%，但描述的时候一般来说只写99.99%。