1215年，成吉思汗攻占金中都（今北京），复旧称为燕京。后来，忽必烈采纳刘秉忠迁都的建议，改中都燕京为大都，正式定大都为元朝首都。从此，北京至今一直都是中国的首都。
从清朝以后，北京又有了新的称呼：“四九城”。
北京为什么又称“四九城”？
原来在修建北京城的时候，设计者就将北京城分为四层：外城、内城、皇城、紫禁城。
可当时修建北京外城的时候，修了一半没钱了，成了烂尾工程，最后只得在内城东南角和西南角的外匆匆合围。外城共设七门：永定门、左安门、右安门、广渠、东便门、广宁门、西便门。这些门是为老百姓入城做小买卖、打短工、走亲戚用的。
内城九门：正阳门、崇文门、宣武门、朝阳门、阜成门、东直门、西直门、安定门、德胜门。内城九门用途不太相同，比如西直门是向皇宫送水的水车必经之门，因此有“水门”之称。而宣武门外为菜市口刑场， 囚车从此门经常出入，因此，宣武门又称“死门“。而德胜门是用于”武将疆场奏绩，得胜回朝凯旋”之用。
皇城南起今天的长安街，北到地安门大街，东至东皇城根南街，西达西皇城根南街，缺其西南角。皇城有四门：天安门、地安门、东安门、西安门。
紫禁城内的建筑分为外朝和内廷两部分。外朝的中心为太和殿、中和殿、保和殿，统称三大殿，是国家举行大典礼的地方。内廷的中心是乾清宫、交泰殿、坤宁宫，统称后三宫，是皇帝和皇后居住的正宫。
在清朝时期，北京内外城等级分明，内城为八旗所居之地，汉人只能居住在外城。这就形成“四九城”八旗子弟与普通汉人的区别。清朝衰落之后，满人地位下降，各民族逐渐平等，“四九城”也开始被普通北京人用作北京城的代称。
可惜，老北京城墙在上个世纪50年代的时候，一些人认为北京城墙作为古代防御的工事，已完全失去了它现实应有的存在意义和价值，如果不拆除，影响北京城的发展。结果大部分北京城墙被拆了。
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