深圳在經歷經濟高速發展後，高教也從曾經的高等教育“窪地”一飛沖天，如今一方面本地高校快速崛起，另一方面也大力引進國內外的優勢高校，現在深圳的名校資源，不說可以與北京相媲美，卻完全可以與上海、南京相媲美。
2001年，清華大學深圳研究生院成立；2014年，清華大學與伯克利加州大學、深圳市政府簽署合作備忘錄，依託清華大學研究生院共同創建清華-伯克利深圳學院；2016年11月，深圳市政府與清華大學簽署協議，在清華大學深圳研究生院、清華-伯克利深圳學院的辦學基礎上，共建清華大學深圳國際研究生院（清華大學深圳國際校區）。
2001年，北京大學與深圳市共建了北京大學深圳研究生院和北京大學深圳醫院；2016年8月，北京大學與深圳市在廣州簽署合作備忘錄，共建北京大學深圳校區。
2002年，深圳引進了哈爾濱工業大學，成立了哈爾濱工業大學深圳研究生院；2018年，以哈爾濱工業大學深圳研究生院為基礎設立的哈爾濱工業大學（深圳），正式以獨立招生代碼招收本科生。
2002年中國人民大學深圳研究院成立；2016年，中國人民大學和深圳市簽署合作辦學備忘錄，在深圳研究院的基礎上創建深圳校區。
2013年，中國科學院大學深圳先進技術學院揭牌成立；同年11月，深圳市與中國科學院簽署《深圳市人民政府 中國科學院在深合作辦學備忘錄》。雙方將依託中國科學院深圳先進技術研究院合作建設中國科學院大學深圳校區。
成立深圳研究院：廈門大學深圳研究院，上海交通大學深圳研究院，北京航空航天大學深圳研究院，山東大學深圳研究院，香港大學深圳研究院，香港理工大學深圳研究院，香港浸會大學深圳研究院，香港科技大學深圳研究院，香港城市大學深圳研究院，西北工業大學深圳研究院，大連理工大學深圳研究院，南開大學深圳研究院，武漢大學深圳研究院，南京大學深圳研究院，浙江大學深圳研究院，北京理工大學深圳研究院，中南大學深圳研究院，東南大學深圳研究院，中國海洋大學深圳研究院，對外經濟貿易大學深圳研究院，中國地質大學深圳研究院。
2015年，中山大學深圳校區成立；中山大學計劃在深圳校區佈局建設3至4個重大科技創新平臺，這些平臺面向學術最前沿、國家戰略需求和區域經濟社會發展需要，將被建設成為同領域國際最高水平的平臺。
2012年，香港中文大學（深圳）批准籌建；2014年香港中文大學（深圳）正式批准設立。香港中文大學（深圳）採用與國際接軌的理事會管理機制，採用理事會領導下的校長負責制，積極探索有中國特色的現代大學制度。學校的特色是國際化的氛圍、中英並重的教學環境、書院制傳統、通識教育、新型交叉學科設置和以學生為本的育人理念。
暨南大學深圳旅遊學院，是暨南大學深圳校區僅有的一個學院，位於廣東省深圳市，暨南大學”三地五校區”的深圳校區，百年名校暨南大學的27個學院之一，原名暨南大學中旅學院，是華僑最高學府暨南大學在深圳的辦學窗口，於1996年建成並正式開學。2001年11月，學院旅遊管理本科專業通過了世界旅遊組織旅遊教育質量認證，是中國內地第一家通過此項認證的旅遊院校。
深圳北理莫斯科大學（Shenzhen MSU-BIT University）是由深圳市人民政府、莫斯科國立羅蒙諾索夫大學和北京理工大學三方在深圳合作舉辦的一所具有法人資格的非營利高等教育機構 。學校由廣東省人民政府依法進行管理，2017年起面向全球招收本科生和碩士研究生，博士的招生工作將於2018年啟動。深圳北理莫斯科大學採用漢語、俄語、英語三種語言進行教學，學生畢業可以拿到莫斯科大學和深圳北理莫斯科大學頒發的兩個文憑。
深圳大學於1983年經國務院批准創辦。中央、教育部和地方高度重視特區大學建設。北大援建中文、外語類學科，清華援建電子、建築類學科，人大援建經濟、法律類學科。經過30多年的發展深大己經成長為一所實力雄厚的服務特區建設的高校，；有國家級特色專業5個，省級特色專業14個；有省級重點學科15個；有博士學位授權一級學科點10個；博士後科研流動站3個，博士後工作站1個；有碩士學位授權一級學科38個；有專業碩士學位授權類別22個；工程學、臨床醫學、材料科學、生物學與生物化學、計算機科學、化學進入ESI學科世界排名前1%。
南方科技大學（Southern University of Science and Technology），簡稱“南科大”，是國家高等教育綜合改革試驗校、廣東省高水平大學重點建設高校，由廣東省領導和管理的全日制公辦普通高等學校，是深圳市創辦的一所創新型大學，目標是迅速建成國際化高水平研究型大學。南科大以理、工、醫學學科為主，兼具部分特色人文社會學科與管理學科。
深圳市於去年新設深圳技術大學，目前，深圳正在高起點、高標準籌建海洋大學、中國科學院深圳理工大學、創新創意設計學院、音樂學院、師範大學等高校。同時，加快創建一流大學和一流學科，推進“雙一流”和廣東省高水平大學建設，爭取深大、南科大盡快加入國家“雙一流”建設高校。
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