1947年，一位牧羊人正在以色列庫姆蘭放羊，他隨手撿起一塊石頭，扔向周圍山上的洞穴裡。當他聽見石頭擊中物體的回聲清脆響亮時，好奇地爬上山頭洞穴，一看究竟。映入眼簾的，是十個排列整齊的破陶罐。這些陶罐十分修長，緊貼著洞穴壁佇立著。陶罐裡放著的，是一些寫在獸皮和蒲草上的完整卷軸，以及無數碎片。這些卷軸和碎片，創作於公元前200年到公元70年之間，是人類迄今發現的最早《聖經》手抄本，其中包括耶穌時期的抄本。這位牧羊人將完整的三卷收回，拿到當地市場出售。古卷流入市場不久，就被以色列文物局發現了，於是，死海古卷在全世界範圍內瞬間引爆。
死海古卷發現之前，《聖經》定本是由中世紀基督教教廷書寫的，而教廷定本中的許多疑點，不但被猶太教徒懷疑，也被基督教徒懷疑，甚至成為歷史上無數宗教衝突和宗教戰爭的主要導火索之一。例如，十字軍東征時，法國國王路易九世就利用《聖經》文字，號召整個基督教世界討伐阿拉伯世界，但稍微瞭解這段歷史的人都清楚，十字軍東征無非是基督教世界打著宗教旗號，掠奪阿拉伯世界的卑鄙行徑。然而，由於人們始終沒有發現更古老的《聖經》內容，所以無法找到證據反駁教廷定本。死海古卷的發現，讓這一切成為可能，中世紀定本之前近700年的《聖經》真容大白於世後，許多當年教廷定本中的篡改和欺騙，也大白於天下了。
死海古卷影響了基督教根基
基督教的根基，是柏拉圖的唯靈論和耶穌基督的獨一性和神性。整個基督教體系，都是建立在這兩個前提之上的。唯靈論為基督教奠定了哲學基礎，耶穌基督的獨一性和神性為基督教奠定了神秘主義基礎。耶穌基督被猶大出賣後釘死在十字架上，以死來洗刷全人類的罪惡，之後又復活的事蹟，對任何世俗之人都有無可比擬衝擊力。後世為報答耶穌基督的奉獻，對祂萬世景仰。而死海古卷中一些針對彌賽亞（顯聖者，即耶穌）的描述，卻在一定程度上動搖了基督教根基。
例如，中世紀定本《聖經》中，馬太福音第27節第32小節（耶穌被釘十字架）中記載：“兵丁拿苦膽調和的酒給耶穌喝。祂嚐了，就不肯喝。他們既將祂釘在十字架上，就抓鬮分祂的衣服，又坐在那裡看守祂。”這句經文記載了耶穌被釘死前後發生的幾件事，同時，這句經文與耶穌預言死亡和耶穌復活昇天一起，承載著整個基督教根基的合理性。
然而，死海古卷中有一段涉及這段歷史的希伯來語經文卻這樣記載：“他是一位彌賽亞，是一位受洗的公會首領，是他殺死了敵人。”這裡沒有點出這位彌賽亞和受洗的公會首領就是耶穌，但從經文內容看，這位彌賽亞無疑是耶穌本人。然而，與中世紀教廷定本《聖經》相反的是，死海古卷中這位彌賽亞不但沒有被人釘死，反而殺死了敵人，這一巨大反差，直接衝擊到了基督教信仰的前提：耶穌基督真的被釘死了嗎？如果沒有，那祂的復活和昇天是怎麼回事？
死海古卷解決了許多《聖經》中的爭議
死海古卷不但影響了基督教根基，也解決了許多《聖經》中的疑點和爭議。例如，《舊約·撒母耳記上》，第11節（掃羅擊敗亞捫人）這樣記載：“亞捫人的王拿轄上來，對著基列雅比安營。雅比眾人對拿轄說：‘你與我們立約，我們就服侍你。’亞捫人拿轄說：‘你們若由我剜出你們各人的右眼，以此凌辱以色列眾人，我就與你們立約。‘”
這段經文記載的歷史，是拿轄王率軍攻破以色列東部後說降以色列人的事。當時整個以色列地，無人能與拿轄王抗衡。以色列西北部海法的部隊，又來不及趕回耶路撒冷參戰。拿轄王想在以色列部隊趕回前說降以色列人並佔領耶路撒冷。根據經文記載，拿轄王並沒有說服以色列人投降，相反，以色列人相當頑強，在失敗後還提出了立約的條件。同樣一件事，死海古卷卻這樣記載：“亞捫人的王拿轄上來，對著基列雅比安營。雅比眾人對拿轄說：‘我們願意服侍你，但請你寬恕我們七日。’亞捫人拿轄說：‘我寬恕你們七日，如果七日之後沒有以色列人救你們，你們就要服侍我。’”
死海古卷中的經文，與現在流行的經文中最大的不同在於：拿轄並沒有說過要剜出以色列人眼睛這樣殘忍的話。這處篡改至少改變了兩點事實，首先，死海古卷中記載的拿轄王並不殘暴，他在征服異邦領地時沒有通過暴虐的方式讓異邦人服從。這些事實經過中世紀篡改後，拿轄王成為一個殘暴之王，這一改變從根本上扭曲了拿轄王的特點。第二，根據死海古卷記載，以色列人在與拿轄王周旋投降這件事時，從頭到尾都相當順從，從一開始的“我們願意服侍你”，到後來拿轄王提出條件後以色列人的沉默，都是如此。這些事實，經過中世紀篡改後，以色列人變得更加頑固和抗拒，從一開始提出立約才願服侍的條件，到後來在拿轄王剜眼的威脅下屈服，都是如此。因此，經過中世紀教廷的篡改：拿轄王由平和變得殘暴，以色列人由順從變得反抗。
再如，撒母耳記上第13節（與非利士人爭戰）這樣記載：“以色列眾人聽見掃羅攻擊非利士人的防營，又聽見以色列人為非利士人所憎惡，就跟隨掃羅聚集在吉甲。”非利士人是生活在以色列地東部的遊牧民族，是現在巴勒斯坦人的祖先。這段經文記載的歷史，是以色列王掃羅在摩利地區對抗非利士人的進攻。根據經文記載，以色列人只是聚集在掃羅王的周圍。然而，同樣一件事情，死海古卷中卻有不同的記載：“以色列眾人聽見掃羅攻擊非利士人的防營，又聽見以色列人為非利士人所憎惡，就幫掃羅進攻非利士人。”
死海古卷和中世紀定本的不同在於，前者是以色列人主動幫助掃羅出戰，後者是以色列人聚集在掃羅周圍，一個是主動出擊，一個並未主動出擊，這一區別，改變了以色列人的形象。從撒母耳記上的兩個例子中可以發現，中世紀教廷的《聖經》定本書寫者在歪曲《聖經》原文時，都在朝一個方向努力：盡一切可能抹黑以色列人。而他們會有這樣的舉動，是不足為奇的。
前文說過，基督教根植於唯靈論和耶穌基督。柏拉圖哲學思想體系中的唯靈論，是哲學中唯心主義派別的重要理論。這一理論強調，世界的本源是精神，是上帝，而非物質，是精神創造物質，而非物質創造精神。基督教利用唯靈論，向基督教統治區的人們常年灌輸宇宙和世間萬物都是由神創造的這一思想。而基督教宣揚耶穌基督的獨一性和神性，是為了向人們灌輸符合基督教的道德善惡觀念。在這兩種思想長年累月的灌輸下，基督教徒們逐漸內化了一系列深刻的信念：世界是由神創造的，耶穌是神派向人間的使者，如果想死後升入天堂，就必須做那些符合基督教教義的事情，反之，死後就要入地獄。當然，這些教義，都是教廷制定的。
與基督教教義相反，猶太教則認為只有猶太人是上帝的子民，而上帝曾經為猶太人預言的那位降臨的彌賽亞，已經在耶穌到來時實現了。彌賽亞降臨後，所有猶太人的原罪已經被拯救，除猶太人外的人種和民族，永遠不能得到拯救。猶太人這種觀念，深深刺痛了基督教和基督教徒。於是，整個中世紀基督教史，演變為了一部反猶史。而基督教教廷對經文的篡改，正是他們反猶行徑中的重要一步。
當然，根據死海古卷與中世紀教廷定本經文的對比發現，不知出於什麼原因，中世紀教廷在有些地方不但沒有抹黑以色列人，反而充分證明了他們的優越性——通過將以色列人和耶穌聯繫起來達到這一目的。例如，《福音書》中著名的篇章《耶穌在海面上行走》這樣記載：“夜四更天，以色列受洗者耶穌在海面上走，往門徒那裡去。門徒看見他在海面上走，就驚慌了，說：‘是個鬼怪。’便害怕，喊叫起來。耶穌連忙對他們說：‘你們放心，是我，不要怕！’”
這段記載，在死海古卷中也被發現，只不過記載在殘片上，並不完整：“……受洗者（耶穌）過去後，就踏在革尼撒勒湖上，並且拋錨在那裡……”。“拋錨在那裡”，說的是耶穌帶領十二使徒穿越以色列地四處傳教時，被基督教迫害者四處追殺。有一次，耶穌讓使徒們乘船到水面上去，白天在船上捕魚為生，夜晚在船上躲避追殺，並告訴他們自己將會在一個夜裡，出現在他們之中。十二使徒聽從耶穌的忠告，在水上生活了很久，最後由於淡水缺乏，心力交瘁，快不行時，在一個夜晚看見耶穌從水面上走向他們。第一個看到這一幕的，是聖約翰。
死海古卷中這句經文，並沒有說耶穌是在海上行走，而是說在湖面上行走。然而這處篡改卻頗讓人疑惑。首先，基督教廷將湖面行走改為海面行走，凸顯出耶穌的力量。同時又在原文“受洗者過去後”的前面，加上了“以色列”，使耶穌成了以色列受洗者。而將耶穌確定為猶太人，在當時的基督教世界裡是匪夷所思的。基督教世界始終認為是猶太殺了耶穌，而耶穌並不是一位猶太人。基督教教廷通過將耶穌的身份定格為以色列猶太人，抬升了猶太人的地位。
死海古卷的發現，在世界考古學界和聖經學界引發了長達半個世紀的地震效應。古卷中為數眾多的與中世紀教廷定本相悖的文字，不但影響了基督教教義和歷史，更揭露了梵蒂岡的許多陰謀。從這個角度看，當年那位牧羊人不經意的發現，讓人類兩千年來的眾多謎團，終於迷霧散去，重現青天。
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