二战后期，随着美军对日本本土空袭的加剧。为了应对空袭。日本东京上野动物园加强了防火演练和动物脱逃演练的训练，而且越来越频繁。进入1942年后，随着上野动物园园长古贺忠道在前一年应召入伍，越来越多的饲养员也走上了日本侵略的前线。在这样的情况下，上野动物园制定了在紧急状况下，毒杀园内动物的计划，还进行了致死量的调查。
尽管在战争的阴云之下，但东京上野动物园的参观人数，却并没有减少。在战争爆发以前到1936年，每年上野动物园的参观人数，都突破了200万。1940年的时候，参观人数达到了329万，1942年则达到了337万，呈现出逐年增加的趋势。
因为战争的爆发，动物园里的马和鸽子越来越少，大部分都被用于战争。整个日本的娱乐活动也越来越少，虽然社会呈现出这样的状况，但动物园里却形成了奇妙的对比。与日本战时要求的气氛格格不入，也让军部许多人很不满意，认为这不利于“最后决战”。
1943年7月，上野动物园所在的东京市，因出于“强化帝都防卫”的理由，与东京府合并为东京都。上野动物园也置于日本内务省的直接管辖之下。东京都制定了速战速决的首都防卫计划，并开始围绕它进行平民的防卫方案研究。
8月6日，上野动物园代理园长福田三郎被上司叫到了公园绿地课长办公室，要求他对动物园内的27头猛兽全部处理掉，包括当时动物园里极具人气刚出生的幼崽。为了让这些动物能够活下来，上野动物园向仙台、大阪、名古屋等动物园发出了协助疏散求援信。仙台动物园很快回信表示愿意接收，但当时的东京都长官也是战后的甲级战犯大达茂雄当即否决了转移方案。随后大阪、名古屋等地的动物园也不敢接收，回信拒绝了东京上野动物园的请求。
没有办法之下，在东京上野动物园里，棕熊，狮子、老虎等猛兽相继遭到了毒杀。那些嗅觉灵敏感觉到食物有问题的动物则遭到了刺死或被勒住脖子绞杀。
9月4日，在对动物痛下杀手之后，东京都还假模假样的举行了慰灵仪式。这时候应该要求处理的27头猛兽仅有两头母象和豹子没有被处死。尤其是那两头母象，因为体型过大并拒绝吃加有毒药的饲料，不得不将它们活活饿死。在此期间，尽管有饲养员忍不下心偷偷给它们喂食，但到9月21日，一切都结束了。两头大象也在饥饿中离开了。
这时候的东京上野动物园里除了一条狗以外，已经没有什么动物了，曾经热闹非凡的动物园也就此冷清了下来。
处死上野动物园里的猛兽是东京都执行军部一切为战争服务命令的一部分，表面上尽管是担心猛兽在空袭中逃脱以及饲料的筹措困难等原因，实际上最根本的就是不符合日本战时全民体制。因此这些可怜的动物也成为了日本军国主义狂热下的牺牲品，就连疏散转移方案都遭到了拒绝，认为只有将他们全部杀死才能安定日本民心。
二战结束以后，当东京上野动物园再次出现大象，已经是1949年的事情了。
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