二戰後期，隨著美軍對日本本土空襲的加劇。為了應對空襲。日本東京上野動物園加強了防火演練和動物脫逃演練的訓練，而且越來越頻繁。進入1942年後，隨著上野動物園園長古賀忠道在前一年應召入伍，越來越多的飼養員也走上了日本侵略的前線。在這樣的情況下，上野動物園制定了在緊急狀況下，毒殺園內動物的計劃，還進行了致死量的調查。
儘管在戰爭的陰雲之下，但東京上野動物園的參觀人數，卻並沒有減少。在戰爭爆發以前到1936年，每年上野動物園的參觀人數，都突破了200萬。1940年的時候，參觀人數達到了329萬，1942年則達到了337萬，呈現出逐年增加的趨勢。
因為戰爭的爆發，動物園裡的馬和鴿子越來越少，大部分都被用於戰爭。整個日本的娛樂活動也越來越少，雖然社會呈現出這樣的狀況，但動物園裡卻形成了奇妙的對比。與日本戰時要求的氣氛格格不入，也讓軍部許多人很不滿意，認為這不利於“最後決戰”。
1943年7月，上野動物園所在的東京市，因出於“強化帝都防衛”的理由，與東京府合併為東京都。上野動物園也置於日本內務省的直接管轄之下。東京都制定了速戰速決的首都防衛計劃，並開始圍繞它進行平民的防衛方案研究。
8月6日，上野動物園代理園長福田三郎被上司叫到了公園綠地課長辦公室，要求他對動物園內的27頭猛獸全部處理掉，包括當時動物園裡極具人氣剛出生的幼崽。為了讓這些動物能夠活下來，上野動物園向仙台、大阪、名古屋等動物園發出了協助疏散求援信。仙台動物園很快回信表示願意接收，但當時的東京都長官也是戰後的甲級戰犯大達茂雄當即否決了轉移方案。隨後大阪、名古屋等地的動物園也不敢接收，回信拒絕了東京上野動物園的請求。
沒有辦法之下，在東京上野動物園裡，棕熊，獅子、老虎等猛獸相繼遭到了毒殺。那些嗅覺靈敏感覺到食物有問題的動物則遭到了刺死或被勒住脖子絞殺。
9月4日，在對動物痛下殺手之後，東京都還假模假樣的舉行了慰靈儀式。這時候應該要求處理的27頭猛獸僅有兩頭母象和豹子沒有被處死。尤其是那兩頭母象，因為體型過大並拒絕吃加有毒藥的飼料，不得不將它們活活餓死。在此期間，儘管有飼養員忍不下心偷偷給它們餵食，但到9月21日，一切都結束了。兩頭大象也在飢餓中離開了。
這時候的東京上野動物園裡除了一條狗以外，已經沒有什麼動物了，曾經熱鬧非凡的動物園也就此冷清了下來。
處死上野動物園裡的猛獸是東京都執行軍部一切為戰爭服務命令的一部分，表面上儘管是擔心猛獸在空襲中逃脫以及飼料的籌措困難等原因，實際上最根本的就是不符合日本戰時全民體制。因此這些可憐的動物也成為了日本軍國主義狂熱下的犧牲品，就連疏散轉移方案都遭到了拒絕，認為只有將他們全部殺死才能安定日本民心。
二戰結束以後，當東京上野動物園再次出現大象，已經是1949年的事情了。
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