1898年9月21日，京城一片大亂，提督九門步軍統領衙門奉皇太后懿旨，以康有為結黨營私，莠言亂政，全城搜捕，並查抄張蔭桓家。此時，康有為已經逃往天津，只搜捕到了康有為的弟弟康廣仁，並抄出大量的信件，按名點查，其中涉及到地方封疆大吏和京城軍機處大員。九門提督沒有搜到康有為並沒死心，派兵數次搜捕了與康有為交往過密的張蔭桓和徐致靖家，但一無所獲。知道康早已逃亡天津，遂立即派出士兵到天津追捕康有為。
慈禧
9月22日，慈禧又命發電旨到北洋及山海、東海、江海緝拿康有為。當天，刑部主事唐煊在日記中寫道：“是日聞康有為已在天津獲住，將解到。”當時京城傳出康有為在天津被捕的消息。9月23日（八月初八）12點半，慈禧御駕仁壽殿，光緒皇帝率領王公大臣及四品卿以上官員朝服行禮。因為今天是慈禧皇太后正式訓政，光緒皇帝靠邊站的日子。9月24日，步軍統領衙門奉旨差拿御史楊深秀、四品卿銜軍機章京楊銳、譚嗣同、劉光第、林旭及戶部侍郎張蔭桓，均交刑部治罪。9月25日，派到天津追捕康有為的官員發來電報，因為康有為被英國人保護，不敢隨意拿獲。而當天光緒皇帝因為自己的理想破滅，身心備受打擊，四個月的病徹底爆發，差點駕崩。慈禧當天讓太醫呈上光緒脈案，到底她意圖是什麼也只有她自己知道。但是，當天慈禧還是下旨讓中外保薦好醫生，為光緒治病。
譚嗣同
9月26日，慈禧讓軍機大臣會同刑部都察院對所捕之人審訊，然而審訊只定了張蔭桓看管。審訊卻對其他人定何罪拿不定主意。9月27日，慈禧可能有些不耐煩了，特命添派御前大臣會審，並限定三天內拿出結果具奏。
9月28日，慈禧命榮祿在軍機大臣上行走，裕祿補授榮祿空下的直隸總督兼北洋大臣。也就在這一天，慈禧忽然命令將楊深秀、楊銳、譚嗣同、劉光第、林旭、康廣仁六人全部處死。因為處斬的命令嚇得太突然，以至於連當時繕旨的軍機大臣廖壽恆等人都懵了。廖壽恆在當天日記中記載：“餘初未之聞，乃告領班繕旨，大駭，以語夔老（王文韶），錯愕不勝，商之禮（禮親王世鐸）、剛（剛毅）、裕（裕祿），皆謂無術挽回，而楊、林、劉冤矣。呆瞪氣塞者半晌，刑之濫，罰之不公，至此而極。”
康有為
當時作為軍機大臣的廖壽恆經歷了那驚魂的一刻。突然聽到六人將被斬，廖壽恆還想聯合王公大臣去向慈禧求情，沒有想到別人都認為已經無可挽回。廖壽恆不敢想象，前兩天還在審訊，連結果都沒出，還不知定什麼罪，今天卻突然要斬六人。這讓廖壽恆錯愕不已，懵了半晌，痛恨濫施刑罰，判決不公。此時，軍機處正在忙於繕寫斬首六人的諭旨，而刑部也炸開了鍋。
康廣仁
擔任刑部主事的唐煊也目睹了當天發生的一切。他看到滿漢提調上了刑部大堂，舉止驚慌，並讓回事的諸司全部退下，並厲聲喚堂書吏趕快出來。身為刑部主事的唐煊也是懵圈，以前從沒出現過這樣慌慌張的局面。他在日記中寫道：“予回司白同人譏笑，秋讞諸君有何事而致做如是舉措。”當時唐煊也是啥事不知，還和同事笑談，這次秋讞為何如此慌慌張張，以前沒有這樣的陣勢。這時，唐煊又聽到門外喧鬧不已，百姓往刑部衙門擁擠，皂役阻攔，並大聲說：“汝等候差事出來再看也。”這時，軍機處的處決諭旨傳到刑部衙門。張、徐兩人另侯旨，楊深秀、楊銳、譚嗣同、劉光第、林旭、康廣仁六人即行處斬。有人說慈禧命劊子手用鈍刀斬首純屬無稽之談。
楊深秀
剛毅為監斬大臣，九門提督崇禮，早已調京旗各營健卒，為預防不測，遍佈正陽門和宣武門巡邏。當時所有出現不測的地方派重兵把守之後，刑部傳齊五城司坊官，預備了囚車，劊子手，青衣各差。滿漢提調分班到南北所監視押出六人。其中南所押著譚嗣同和楊深秀、楊銳，北所押著劉光第、林旭、康廣仁。北所三人先被押出，等候南所三人，一同押到提牢廳，跪聽宣讀上諭，之後青衣差官將六人帶赴法場。
林旭
當時九門提督崇禮之所以先把各個路口布置重兵把守，尤其封鎖正陽門和宣武門。因為當時京城中有傳言，康有為黨徒大約四百多人將在宣武門或正陽門處劫法場。當時朝中與康有為有聯繫的二三品大員尤其漢官員相當之多。有的甚至拜康有為為師，倡導保中國不保大清之說。慈禧之所以忽然下達斬首六君子的命令，就是因為怕這些官員會節外生枝。當時有四百人意欲劫法場並不是不可能，所以負責京防的九門提督崇禮相當謹慎，生怕出現亂子。最後，劫法場的人並沒有出現，但他們並沒有放棄反抗慈禧。為了抹黑慈禧，他們很快讓《紐約時報》報出慈禧與榮祿有兩個孩子，之後又與重臣李鴻章結為夫妻。兩年後，慈禧想廢光緒，他們又宣稱慈禧要廢皇帝，必須要先和在海外的康有為商量。
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