位於陝西省延安市子長縣（原安定縣）中山街鹽務局院內。
1935年2月以前，陝北存在著地域隔絕的兩個蘇區、兩個黨組織和兩支紅軍：陝甘邊蘇區設有陝甘邊特委，歸中共陝西省委領導，擁有紅26軍；陝北蘇區設有陝北特委，歸中共中央駐北方代表及河北省委領導，擁有紅27軍。1935年2月5日，雙方經過協商，在安定周家礆成立中共西北工作委員會（書記惠子俊）和西北軍事委員會（主席謝子長），實現了兩個蘇區黨組織和兩支紅軍的統一領導。謝子長逝世後，在劉志丹的指揮下，西北紅軍徹底粉碎了國民黨反動派對陝北蘇區的第二次“圍剿”，解放了安定、延川、延長、安塞、保安、靖邊六座縣城，兩個蘇區連成一片，面積擴大到3萬多平方公里，人口90萬，建立了20多個縣的蘇維埃政權。
1935年7月，中共中央駐北方代表及上海臨時中央局先後派原中共河北省委副書記朱理治、原中共中央秘書聶鴻鈞進入陝北革命根據地，組成中共中央北方局駐西北代表團，領導西北地區黨政軍工作，負責處理黨內的“右傾”問題。
代表團認為陝甘黨內存在著嚴重的“右傾取消主義”和“右派”活動，認為陝北形勢和全國一樣，正處在“偉大階級決鬥的前夜”，革命力量已超過反革命力量，要求陝北紅軍“全線出擊”，“不讓敵人蹂躪蘇區一寸土地”。
1935年9月7日，紅25軍到達陝北革命根據地的保安豹子川。9月18日，到達延川縣永坪鎮，程子華被吸收為中共中央北方局駐西北代表團成員。代表團下令取消西北工委，成立陝甘晉省委，改組西北軍委，將劉志丹等陝甘、陝北紅軍負責人排擠出主要領導崗位。
正值國民黨軍隊對陝北革命根據地發動第三次“圍剿”的緊急時刻，王明“左”傾主義者主觀武斷地認為陝甘紅軍和根據地的領導者是“右派”、“反革命”，開始了錯誤肅反。9月21日，陝甘晉省委發出“更加猛烈地反對反革命的右傾取消主義”指示，決定建立政治保衛系統，頒佈赤色戒嚴令，並派人分別到前方和陝甘邊逮捕幹部。
1935年10月初，勞山戰役剛結束，西北代表團以指揮北線作戰名義調劉志丹回瓦窯堡。劉志丹行至安塞真武洞時，路遇赴前線傳達命令的通訊員，從陝甘晉省委給前線的指示信裡看到逮捕紅26軍和陝甘邊領導人名單，他亦名列其中。為了使陝北革命根據地不致喪失，他原樣將信件封好，囑咐通訊員送往前線，自己星夜馳至瓦窯堡，希望說服省委停止肅反。10月6日凌晨，劉志丹剛進入省委大院，即遭保衛局逮捕。前線遂將高崗、習仲勳、楊森、楊琪、劉景範、馬文瑞等高級幹部秘密逮捕押至瓦窯堡保衛局，並紅26軍營以上、陝甘邊蘇維埃政府區以上領導幹部及國統區過來的青年知識分子200餘人殺害。
劉志丹等60餘人關押西北保衛局（原匯川通商號，今子長縣副食公司院）。保衛人員給他戴以重鐐，爬寬不盈尺磚壕，用灌辣椒水、做老虎凳等手段晝夜審訊，索取口供。
大規模的捕殺使陝北蘇區陷入人人自危的恐慌之中，引發了陝甘、陝北紅軍與25軍間的誤解，陝北革命根據地面臨嚴重危機。
中央紅軍到達吳起鎮後，毛澤東獲悉陝北正在肅反，且處於步步升級之中，立即派羅邁、賈拓夫帶一部無線電臺作為先遣隊找尋陝北紅軍和劉志丹。羅邁等在下寺灣遇到前來迎接中央紅軍的郭洪濤、程子華，得知劉志丹等關押瓦窯堡，隨即通過電臺向中央作了彙報。黨中央下令：停止逮捕，停止審查，停止殺人，一切聽候中央來解決。並指示王首道（中央保衛局長）、賈拓夫（中央軍委總政破壞部部長）、劉向山等先行到瓦窯堡接管西北保衛局，防止事態發展惡化。10月13日，王首道一行到達瓦窯堡，傳達了中央命令，接管了西北保衛局。11月7日，中央機關進駐瓦窯堡，並於當天下午首批釋放了劉志丹、高崗、楊森、楊琪、張秀山、習仲勳、劉景範、高景純、趙啟明、胡彥英、黃羅斌、郭寶珊、高朗亭、任浪花、孔令甫、朱奎、王聚德、王家娃（劉志丹警衛員）等18人。
西北中央局組成黨務委員會審查錯誤肅反，董必武任主任，王首道、張雲逸、羅邁、郭洪濤為委員。委員會審查了戴季英（西北保衛局局長）提供的案卷並進行了廣泛調查，認為劉志丹等不是“右派”、“反革命”，強加的罪狀不能成立。11月26日，中央組織部在瓦窯堡第二高小召開平反大會，洛甫主持，博古、鄧發、張浩、朱理治、聶鴻鈞、戴季英及黨務委員成員和陝北部分幹部參加。王首道宣讀《西北中央局審查肅反工作的決定》，指出：劉志丹等人是無罪的，應予以平反，重新分配工作。劉志丹在會上發言：這次肅反是錯誤的，同志們受了委屈，我們相信中央會弄清是非，正確處理的；也相信犯錯誤的同志會認識錯誤，改正錯誤，更希望受委屈的同志顧全大局，團結一致，共同對敵。會上由王首道宣讀中央《關於戴季英、聶鴻鈞二同志在陝甘區域肅反工作中所犯錯誤的處分決議》，決定給戴季英以最後警告、聶鴻鈞以嚴重警告處分。
毛澤東、周恩來到達瓦窯堡後，聽取了王首道處理肅反事件的彙報，嚴肅指出：“逮捕劉志丹同志是完全錯誤的，是 ‘瘋狂病’應立即予以釋放。”12月中旬，關押人員全部釋放。
關押劉志丹舊址，位於子長縣鹽務局院內，院內現存舊磚窯13孔，其中東有一排坐東向西的窯洞3孔，北有一排坐北向南的窯洞6孔，西有一排坐西向東的窯洞4孔。南面有一棟大樓。進入東北角上的巷道，內有一孔小窯洞，該窯洞寬1.6米，高1.8米，為關押劉志丹的地方。
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