在水产养殖过程中，由于疏于预防造成的疾病经常会给养殖者带来巨大的经济损失。因此，必须贯彻“预防为主，防重于治”的方针。所谓“预防为主”，就是要把预防水产养殖疾病提到主要日程，从而不断加强水产养殖疾病的预防。
所以在鱼病多发的秋季，我们更应该重视鱼病的预防，而不是只能做到“头痛医头，脚痛医脚”，治标不治本。
那么，如何预防水产养殖中的疾病呢？预防疾病可不是简单的多用药的事，而是要从多方面改善环境才能有效预防鱼病，要是真以为多用药才能预防疾病，那也就怪不得挣不到钱了。
一、注重改善底质
部分养殖户过分强调对水体本身的调节管理，而忽视了对池塘底质的改善。池塘底质直接影响着水质，底质的土壤种类，酸碱度，营养盐类，有毒有害物质，病毒细菌，淤泥厚度等，直接影响水体相应的各项指标。比方说淤泥少的沙土池，往往会出现水质瘦，肥效短，水质不稳定等情况;有的池塘长年施用粪肥，或多年没有清淤，底质淤泥厚，有毒有害物质多，鱼发病率高，水质怎么调，都很肥，特别是在高温季节，易发生翻塘现象，或是水肥藻相不好而致白鲢不长。
一般老池塘每年都需要清除池底淤泥，只保留底泥10～15cm即可。老鱼塘致病因子较多，应注重清塘杀菌防病，这是控制养鱼少生病的关键。应选择晴好天气进行清塘消毒工作。
二、改善养殖环境
进入秋季，在池鱼未出现发病症状之前进行新塘转换，这是改善养殖环境的最佳方案。若条件限制，也可以把大量老化池水换掉，补充新鲜江河水来保持良好的水质，同时，早晚应适当多开增氧机，保证充足的溶氧。若已出现发病症状或缺少换水条件，则可使用生石灰调水，过氧化钙增氧和二氧化氯等化学方法处理，还可使用微生态制剂或中草药制剂改良，总之，必须确保鱼类有良好的生态环境。
EM菌在水产养殖中的使用效果被广泛认可。但是EM菌发酵好的原液使用起来成本较高，而且经过厂家经销商长时间储存，菌的活力也会下降。近几年市场上比较受到养殖户欢迎的是EM菌菌种。养殖户购买回去后可以自己扩培。自己发酵的EM菌菌液使用起来成本低，而且现发酵的的菌液数量多活性好。那么在选择EM菌菌中的时候大家要关注菌种的好坏。一般而言，判断菌种好坏有一个最简单的指标pH值。因为EM菌种的乳酸菌含量最多，EM菌菌液的pH值较低说明乳酸菌含量丰富，也就意味着整体的EM菌活性较高。一般而言pH值在3.5以下就算是好菌种，如果可以达到3以下就算是质量特别好的EM菌种了。
三、控制饵料肥料的投放
投饵工作在保持池塘水质方面起着重要的作用。投饵过多就会造成水体污染，水质富营养化，有毒物质积累，水环境恶化，病原微生物繁殖，使鱼生病。可以在计算鱼体重测算投饵量的前提下，通过设置饵料台，观察鱼类摄食情况，根据剩料多少来调整投喂量。饵料要求质量高。饵料及其原料绝对不能发霉变质，饵料的营养成分要全，特别不能缺乏各种维生素和矿物质，应是对环境污染少的环保饲料。
在喂养中，部分养殖户认为鱼吃饱，生长快，鱼的抵抗力就强，特别是在鱼价上涨的年度或季节，养殖户感到有利可图，加大投饲量，促使鱼体快速增长，结果往往事与愿违。
鱼类过饱摄食，必然会出现以下几大不利之处，一是鱼体表面上生长速度快，但抗病力却下降，患肝胆综合症;二是部分饲料没能完全消化，饵料消化利用率低，饲料成本高;三是鱼排出的粪便对池塘污染大，水质过肥，易发生细菌性传染病。鮰鱼，草鱼，青鱼等鱼类在二龄鱼种阶段，一旦因投饲过量而发病，带来的鱼的发病率和死亡率极高，有的近乎灭顶之灾。
在控制饵料投放的同时，也要注意合理施肥。通过适度培肥，使浮游生物处于良好的生长状态，增加水体中的溶解氧和营养物质，从而培育出良好的水质，辅助鱼类生长。
四、增强鱼类自身抗病力
秋季，池鱼同时面临上市和越冬的压力，如没有足够的免疫力是很难抵御各种病虫害入侵的，因此，秋季饲养管理，除保持饲料营养均衡、科学投喂外，还应适当补充维生素Vc、Vb、Ve和微量元素等，还可适量添加保健性中草药进行病害预防。
维生素是维持生命的必要元素，人类每天也需要补充大量的维生素。由于人类肠道的构造，消化能力较强，一般的维生素制造为普通的颗粒。但是水产动物，如小龙虾、螃蟹和南美白对虾等动物肠道较短、吸收能力较差，因此维生素的颗粒越小越容易吸收。国外最新的技术是将维生素制造为纳米级别的颗粒，这样水产动物的吸收率就大大提高。其次，纳米级的维生素水溶性好，无论是拌料还是泼水使用效果都要好很多。
五、使用药物防治
虽然药物防止不是预防发病的全部，但也是其中的重要一部分。我们需要以防为主，做好消毒工作。做到定期、定时消毒预防。
但是我们也不能滥用药物，要通过水质情况决定是否使用药物，用什么药物，用多少药物。部分养鱼户不论鱼的健康情况怎样，从清明节前后开始，对鱼体定期喂药，对鱼池定期杀虫杀菌，使用药物剂量也大，这种情况下鱼不发病则已，一旦发病，虫体和细菌的耐药性强，治疗难度大，只有依靠更换药物品类，加大药物剂量，延长用药时间等措施来弥补，这样一来易产生药害，药物对鱼体的损害，药物对水质的破坏，造成恶性循环，最严重的后果是，鱼不是病死的，而是药害而死。
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