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根据《关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第13号）规定：
“纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，不属于增值税的征税范围，其中涉及的货物转让，不征收增值税。”
合并前存在多次转让的均不征收增值税
纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债经多次转让后，最终的受让方与劳动力接收方为同一单位和个人的，仍适用《国家税务总局关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》(国家税务总局公告2011年第13号)的相关规定，其中货物的多次转让行为均不征收增值税。
——《国家税务总局关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2013年第66号）
转让不动产、土地使用权不征收增值税
在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，其中涉及的不动产、土地使用权转让行为属于不征收增值税项目。
——《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件二《营业税改征增值税试点有关事项的规定》第一条第（二）项第5点规定
增值税留抵税额处理
增值税一般纳税人在资产重组过程中，将全部资产、负债和劳动力一并转让给其他增值税一般纳税人，并按程序办理注销税务登记的，其在办理注销登记前尚未抵扣的进项税额可结转至新纳税人处继续抵扣。
——《国家税务总局关于纳税人资产重组增值税留抵税额处理有关问题的公告》（国家税务总局公告2012年第55号）
期权之家
没太理解企业合并和增值税没关系呀！各承担各自的部分，之前肯定是独立核算的缺进向票都很正常！你是问企业价值增值部分吧，无形资产、专利、技术很难有准确估值，那要两家公司控股股东协商了
