春秋戰國時期，此地先後屬吳、越。秦時建東陽縣，屬東海郡。漢為東陽、平安、射陽三縣地，先後屬臨淮、廣陵郡。隋初置安宜縣。唐上元三年農曆四月十六日（762年5月14日）因真如獻寶，肅宗傳旨上元三年改為寶應元年，安宜縣更名為寶應縣。南宋期間，先後升為寶應州、寶應軍，領寶應、鹽城、山陽、淮陰等縣。
明隸高郵州。清屬揚州府。民國期間先後屬淮揚道、淮陰行政督察區。縣境解放時，屬蘇皖邊區第二行政區。中華人民共和國建立初，先後屬蘇北行政公署揚州、泰州專區。1953年1月寶應隸屬江蘇省揚州專區。1960年初，析寶應湖以西置金湖縣。1983年3月，隸屬揚州市。
1996年，寶應縣面積1467.5平方千米，人口91萬人。轄13鎮17鄉：城鎮、子嬰河鎮、天平鎮、射陽湖鎮、山陽鎮、小官莊鎮、夏集鎮、望直港鎮、魯垛鎮、西安豐鎮、氾水鎮、曹甸鎮、廣洋湖鎮、黃浦鄉、石橋鄉、黃塍鄉、城郊鄉、氾光湖鄉、長溝鄉、郭橋鄉、蘆村鄉、韋鎮鄉、下舍鄉、柳堡鄉、小尹莊鄉、水泗鄉、涇河鄉、中港鄉、獐獅蕩鄉、沿河鄉。縣政府駐城鎮。
2000年，寶應縣進行鄉鎮行政區劃調整：撤銷中港鄉，將其原轄區域併入安宜鎮；撤銷天平鎮，將其原轄區域併入射陽湖鎮；撤銷子嬰河鎮、郭橋鄉，將這兩個鄉鎮的原轄區域併入夏集鎮；撤銷廷柏鎮（即小尹莊鄉）、蘆村鄉、柳堡鄉，將這三個鄉鎮的原轄區域合併，設立柳堡鎮；撤銷氾光湖鄉、石橋鄉、韋鎮鄉，將這三個鄉的原轄區域併入氾水鎮；撤銷獐獅蕩鄉，將其原轄區域併入望直港鎮；撤銷下舍鄉，將其原轄區域併入曹甸鎮；撤銷長溝鄉，將其原轄區域併入山陽鎮；撤銷黃浦鄉，將其原轄區域併入涇河鄉。調整後轄14個鎮、2個鄉。
2000年第五次人口普查，全縣總人口869972人，其中：安宜鎮171789人，氾水鎮77769人，夏集鎮58721人，柳堡鎮51202人，射陽湖鎮54942人，廣洋湖鎮31601人，魯垛鎮34014人，小官莊鎮29223人，望直港鎮56440人，曹甸鎮63782人，西安豐鎮33630人，山陽鎮55526人，黃塍鎮26092人，涇河鄉57492人，水泗鄉32204人，沿河鄉35545人。
2001年，江蘇省民政廳（蘇民區[2001]61號）批准同意撤銷涇河鄉，以原轄區域設立涇河鎮，實行鎮管村的體制（2002年揚府復[2002]6號文件和2002年1月17日寶應縣人民政府寶政發[2002]6號文件批覆同意）。
2002年，寶應縣總面積1461平方千米，其中建成區面積13.09平方千米；轄15個鎮、1個鄉：安宜鎮、範水鎮、山陽鎮、曹甸鎮、魯垛鎮、西安豐鎮、望直港鎮、小官莊鎮、夏集鎮、射陽湖鎮、廣洋湖鎮、柳堡鎮、黃塍鎮、涇河鎮、沿河鎮、水泗鄉，共有53個居委會、235個村委會。
2003年10月，射陽湖鎮與水泗鄉合併設立新的射陽湖鎮。合併後，射陽湖鎮面積194平方千米，人口9.35萬人，轄33個行政村、3個居委會，鎮政府駐橋南村。2003年底，寶應縣總面積1461平方千米，其中建成區面積13.09平方千米；轄15個鎮：安宜鎮、範水鎮、夏集鎮、柳堡鎮、射陽湖鎮、廣洋湖鎮、魯垛鎮、小官莊鎮、望直港鎮、曹甸鎮、西安豐鎮、山陽鎮、黃塍鎮、涇河鎮、沿河鎮，共有51個居委會、234個村委會。
2004年底，寶應縣總人口91.99萬人，轄15個鎮：安宜鎮93.91平方千米/93000人，範水鎮167.55平方千米/84058人，夏集鎮122.00平方千米/61074人，柳堡鎮167.34平方千米/54028人，射陽湖鎮面積181.50平方千米/92899人，廣洋湖鎮面積90.20平方千米/37935人，魯垛鎮61.30平方千米/34809人，小官莊鎮面積46.00平方千米/30774人，望直港鎮面積90.00平方千米/59843人，曹甸鎮100.00平方千米/70984人，西安豐鎮面積58.54平方千米/36742人，山陽鎮123.43平方千米/57786人，黃塍鎮42.00平方千米/28323人，涇河鎮83.17平方千米/60790人，沿河鎮47.44平方千米/39302人。（數據來源於《江蘇省統計年鑑》）
2005年10月，經江蘇省政府批覆同意（蘇政復[2005]89號文件），沿河鎮與安宜鎮合併設立新的安宜鎮，鎮政府駐安宜。行政區劃調整後，新的安宜鎮行政區域面積153平方千米，人口19.95萬人，轄21個居委會、21個村委會。至此，寶應縣轄14個鎮：安宜鎮、範水鎮、夏集鎮、柳堡鎮、射陽湖鎮、廣洋湖鎮、魯垛鎮、小官莊鎮、望直港鎮、曹甸鎮、西安豐鎮、山陽鎮、黃塍鎮、涇河鎮。
2009年末，寶應縣總面積1461平方千米、總人口29.98萬戶、91.61萬人。其中：安宜鎮141.35平方千米/126000人，範水鎮167.55平方千米/90151人，夏集鎮122平方千米/63000人，柳堡鎮167.34平方千米/51787人，射陽湖鎮181.5平方千米/90220人，廣洋湖鎮90.2平方千米/36706人，魯垛鎮61.3平方千米/33339人，小官莊鎮46平方千米/30736人，望直港鎮90平方千米/60645人，曹甸鎮100平方千米/61671人，西安豐鎮58.39平方千米/35588人，山陽鎮122.77平方千米/55011人，黃塍鎮42平方千米/27275人，涇河鎮83.17平方千米/59536人。（數據來源於《江蘇省統計年鑑》）
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