公元330年君士坦丁大帝將羅馬帝國的首都從羅馬遷到君土士坦丁堡，教會也被分為羅馬、君士坦丁堡，安提阿、耶路撤冷和亞歷山大五個宗主教區，分別由一名長老（即宗主教）分掌教務。從教義和神學的權威性上講，這五個宗主教區完全平等，但羅馬的宗主教位於同儕之首。
5世紀的歐洲人口大遷移期間，羅馬先後遭到哥特人(410年)、汪達爾人(455年)和勃艮第人(472年)的入侵和洗劫。羅馬的陷落造成政治真空，羅馬教會的首領開始執掌世俗權力並擁有更大的神職權威，這難免引起其他宗主教的不滿。
一些其他因素也進一步加劇了這種隔閱。首先，羅馬教會（西方教會）使用拉丁文，其他教會（東方教會）使用希臘文。其次，西方教會硬將晦澀難懂難懂的教義強加給目不識丁的普通民眾，而在東方，民眾的識字率更高，教會還把《聖經》翻譯成淺顯易懂的大眾語言，並且鼓勵廣泛開展神學研討。這些造成了東西方教會在哲學和禮拜儀式上的分歧。羅馬教皇日益膨脹的專制權力加上雙方對教義的不同看法成為東西方教會的矛盾焦點。
6世紀上半葉，羅馬教會在西班牙的某些教區違背了東西教會關於沒有主教會議的同意不得修改《尼西亞信經》的協議，對《尼西亞信經》擅自進行了修改，在其中“我信自父而發的聖靈、主和生命的賦予者”這何話裡添加了“和子”，即變為“我信自父和子而發的聖靈、主和生命的賦予者”。這樣做的目的是反駁西班牙阿里烏斯派的觀點。這一派別認為聖靈發自聖父，而不是聖子，因為聖父是神性的唯一來源。這樣一來，聖子就不是完全的上帝， 聖父是上帝本身，是造物主、聖子是耶穌，是上帝在世人面前的顯像，人世間可見聖子、不可見聖父、聖靈是上帝的意志之聲，無形無影，但可以進入世人的心裡，引導人重生。三者就並不同等，也就暗示著我們將無法在聖子或聖靈身上直接感受到上帝。
尼西亞會議通過了《尼西亞信經》
這次修改被西方教會普遍接受，但其他四個宗主教區卻拒絕承認。他們認為，首先，強調聖靈自子而發意味著聖子也為神性的源頭之一，這就破壞了基督教教會最根本的真神唯一論。其次，他們還質疑羅馬教皇是否有權擅自對教義進行修改。
雙方的爭論在9世紀時進一步白熱化，導火索是羅馬教皇對君士坦丁堡宗主教佛提烏的任命提出異議，並堅持要在保加利亞教區的教義中加人“和子”句，而君士坦丁堡一向將保加利亞視為其所轄教區，因此認為羅馬教皇越權。作為回應，佛提烏不但公然遣責羅馬教皇尼古拉斯一世插手君士坦丁堡事務，而且以尼古拉斯所犯的一系列“錯誤”（包括堅持神甫獨身和擅自修改《尼西亞信經》）為由開除其教籍。這就是史上有名的佛提烏分裂事件，它進一步加深了羅馬教會與其他教會之間的分歧。
公元11世紀初期，羅馬教會宣稱聖彼得擁有基督所給予的特殊權力和地位，羅馬教皇是聖彼得的繼承人，也就是基督的代理人。這樣就把教皇置於基督教其他主教之上。其實，之前召開的主教會議已經公開駁斥過這種說法，這次再提出來，勢必引起東方教會的不滿，他們將此舉視為篡權。於是公元1054年，君士坦丁堡宗主教色路拉里烏斯寫信給意大利特拉尼的主教，列舉出羅馬教會對教義作出的單方面修改，譴責其中的一些修改是罪惡的。他還要求特拉尼的主教公開這封信的內容並儘可能擴大宣傳。
第四次十字軍東征攻陷君士坦丁堡
作為回應，羅馬教皇利奧九世派代表前往君土坦丁堡，宣佈廢黜君士坦丁堡宗主教，並要求君土坦丁堡承認羅馬是教會之首。君士坦丁堡宗主教拒絕與代表見面，代表憤然離去，但在離開前進入聖索菲亞大教堂，將一份判決色路拉里烏斯絕罰（即開出教籍）的教皇詔書放在了祭壇上。色路拉里烏斯也不甘示弱，也開會宣佈開除羅馬教皇和他的跟隨者的教籍。東西教會至此徹底裂，雙方（羅馬天主教和希臘東正教）均稱自己為正宗。之後發生的一些事又加深了這一鴻溝。教皇英諾森二世於公元1204年發動的第四次十字軍東征本是要從斯林手中奪回埃及，但卻轉而是攻陷了君士坦丁堡，並在城內將數百座教堂洗劫一空，把東正教會大量無價之寶搬回西歐，主要是羅馬的梵蒂岡。
天主教教皇弗朗西斯和東正教普世牧首巴塞洛繆
公元1870年，梵蒂岡第一次大公會議召開，通過了宣佈教皇首席權和不能錯誤性的《永遠司祭》，又進一步強化了教皇的至高無上地位。這無疑是無助於拉近東西教會距離的舉動。幾百年來也曾有過試圖彌合雙方裂痕的努力ーー比如1965年，天主教和東正就彼此廢除了加給對方的絕罰，但他們之間在教義和禮儀方面還有很多分尚待解決。
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