清廷对曾国藩的猜忌
咸丰四年（1854年）秋，湘军顶着炎炎烈日，以破竹之势一举攻克武昌，这是曾国藩组建湘军以来第一次攻克名城，当然不久后又被太平军夺回。消息传到京师，咸丰帝喜形于色，先是下旨擢升曾国藩代理湖北巡抚，几天后又在军机大臣前夸赞说：“想不到曾国藩一介书生，竟能建此奇功！”一旁的大学士祁寯藻却泼了盆冷水：“曾国藩以一停薪留职的在籍侍郎，即无实权又无军饷，却能一呼百应，跟随者上万，这恐怕不是国家的福气啊！”寥寥几句话断送了曾国藩朝思暮想的地方督抚实权。
清文宗咸丰皇帝
此后几年，曾国藩在江西以客帅身份统领湘军作战，被江西官员处处掣肘，甚至州县一级的官员都敢于质疑曾国藩的钦差关防。得不到地方官员的支持，湘军在江西作战处处失利，长江下游重镇九江久围不克，反而折损了名将塔齐布，江西的地盘也越打越小，全省十三府一直隶州竟有三分之二掌控在太平军手里。曾国藩枯坐南昌，绕室彷徨，闻城外秋风怒号则肝胆欲裂，困顿不堪，好在他的父亲死得及时，借回籍守丧的机会离开了江西。
咸丰七年（1857年）二月，曾国藩因父丧向清廷请假三个月。临行前，上书清廷抱怨说，自己督师的身份在江西得不到认同，地方官员既不能听从自己调遣，又不能接济钱粮。以目前的局势，督师必须兼任地方巡抚，对下级官员有直接管辖的权力，否则纵然能治理好军队，却筹不到军饷，于大局无补。清廷自然明白曾国藩的苦衷，但出于畏忌，不但没有委以封疆之任，反而接受他的请求，开销一切职务，安心回老家守丧吧。咸丰九年（1859年），湖北巡抚胡林翼为湘军大局着想，频繁游说湖广总督官文，两人联名上书清廷，建议曾国藩到相对富庶、筹饷容易的四川出任总督。但清廷仅下达旨意以让曾国藩以钦差身份督师四川，再无任何表示。
次年四月，被清廷委以重任的江南大营出乎意外的再次被太平军击垮，主将张国梁战死，统帅和春自杀。这下清廷慌了，环顾全国唯有湘军尚可依靠，因此再也顾不得猜忌，任命曾国藩以钦差大臣身份主持江南军务，署理两江总督，不久改为实授。至此，曾国藩自出山办理湘军八年后，方才得到封疆大吏的实权。“辛酉政变”后，清廷眼见东南事急，于是改弦更张，掌权的两宫太后和恭亲王奕再度对曾国藩委以重任，擢协办大学士，加太子少保衔，命其节制苏、浙、皖、赣四省军务，以此期望湘军早日攻克天京，荡平太平天国。对于清廷的前倨后恭，曾国藩既感恩又畏惧，名满天下，谤亦随之，因此竭力推脱，清廷不允。部下们对此任命倒有另一番看法，他们痛恨清廷以前的刻薄寡恩，安庆攻克不久，水师统领彭玉麟即派心腹传来小纸条，“东南半壁无主，涤丈岂有意乎？”这是部下的第一次试探与劝进。
湘军的饷章制度和督抚专权
满清以十万八旗劲旅而得中国，纵横天下无敌手，入关后以征服者自居，迅速腐化堕落，不复之前的勇悍。多尔衮死后，顺治收拢兵权，将八旗改为皇帝私家军队，国家常备军由六十四万汉军充任，在全国险要关隘、重要城市分七十一镇驻扎，有事可供征战，无事足资防御，使用绿色旗帜，因此又称“绿营”。“三藩之乱”时，八旗已不堪使用，康熙主要依靠张勇、赵良栋、孙思克（《鹿鼎记》中这几人都是韦小宝的结拜兄弟）等人指挥的绿营部队，最终取得了胜利。但是清廷为了防止统兵大将的尾大不掉滋生野心，设立了一套军事羁縻制度，即“将无常兵，兵无常将”，遇有战事则从各地拼凑绿营兵，再由中央下派统兵大臣前往指挥，作战时号令不一，无法形成有效攻击，绿营兵彼此不熟悉，败不相救，一战则溃。所以嘉庆年间川楚白莲教起义，绿营已起不到镇压作用，最后还得依靠汉族地主们的民兵组织---乡勇团练来平息起义。
绿营采用的是征兵制，相当于义务兵，湘军则是募兵制，以高薪招兵，加以训练成为职业军人，在“国不知有民，则民不知有国”的晚清时代，孰优孰劣，可想而知。“兵由将选，兵归将有”这是湘军的基本制度，即湘军大帅组建湘军时，最先招募的不是士兵，而是高级军官，再由高级军官招募下级军官，下级军官招募作战士兵。统帅与军官间，军官与士兵间，都是亲友、师生、乡邻，人际关系相错杂，军官一旦战死，所部士兵立即遣散，所以作战时能够如臂使指，拼死相救。
湘军的战斗力是毋庸置疑的，统帅们的苦恼在于筹饷，湘军不是国家正规部队，出境作战只能依靠统帅筹饷，那时候看湘军大帅们的本事，主要在于筹集粮饷的手段如何。湘军的粮饷早期主要依靠湖南湖北的捐输和厘金，但是两湖地脊民穷，收到的粮饷根本不敷使用，后来曾国藩坐困于江西，就是因为在江西设卡抽取厘金与巡抚陈启迈闹翻，得罪了江西大小官员。所以，曾国藩取得东南四省军事指挥权，实授两江总督后，湘军几乎不再担心粮饷问题，两江膏腴之地征集上来的钱粮以及广东的厘金悉数供给湘军使用，不再解压至京师。胡林翼、左宗棠、李鸿章、李续宜、刘长佑等人出任督抚后，与曾国藩如出一辙，以所辖之境的钱粮养自己的军队，而原先负责财赋民政、刑事等权、只对中央六部负责的布政使和按察使逐渐沦为督抚的下属，湘军大帅们取得了地方上的人事和经济大权，犹如中晚唐的节度使，形成了督抚专政的格局。
马新贻被刺的前因后果
据说，湘军攻克天京后，九帅曾国荃再次试探，在他的大哥手中写了“赵”字，暗示曾国藩只要愿意学赵匡胤，他就可以奉上黄袍，曾国藩思考了半天，说出一句底气不足的话：“人家毕竟对我们兄弟不错！”随后，新上任的江宁将军富明阿拜会曾国藩，打探太平天国遗留在天京的藏宝，言语间暗示清廷对曾氏的失望；接着，因攻克天京有功被封为男爵的福建陆路提督萧浮泗，在押运满船珠宝回湖南老家时，被江西巡抚沈葆桢奉旨扣押。既然不敢造反，为了消弭清廷日益紧迫的猜忌，那么只有自剪羽翼，以示效忠吧。攻克天京的次月，曾国藩裁掉湘军二万五千余人，同时让曾国荃辞去浙江巡抚，回籍养病，尚未赴任的官缺则由安徽布政使
马新贻接替。
同治四年（1865年）五月，咸丰皇帝的老表、蒙古亲王僧格林沁被捻军设计杀死于山东高楼寨，他是清廷最为信任的统帅，因此朝野震悼，急调曾国藩北上。此刻，距离天京攻克不到一年。再次带兵出境作战的曾国藩不愿重蹈覆辙，他奏调江苏巡抚李鸿章署理两江总督，以保障粮饷按时输送。捻军作战以流动为主，兼有大量骑兵，素来是打得赢就打，打不赢就走，来去如风，纵横中原数千里。曾国藩仔细研究捻军的作战方式，认为自己一贯沿袭的结硬寨，打呆仗，仍然是对付捻军的最好手段，因此沿河防建围墙堵截捻军。曾国藩的方法后来证明是行之有效的，只是需要时间，心急如焚的清廷眼见师久无功，决定换帅，让李鸿章到前线指挥，曾国藩进京述职。
消息传来，幕僚们吓坏了，他们分析清廷此举有可能会将曾国藩软禁在京城，曾国藩自己也忧心忡忡。关键时刻，曾国藩多年来苦心培养的李鸿章终于投桃送李，他上奏清廷说，只有让曾国藩坐镇两江为前方部队调集粮饷，自己才能安心作战。李鸿章是崭露头角的政治新星，早就引起朝野关注，清廷也希望利用他来牵制曾国藩，自然满足他的要求。因此，曾国藩后来写信给李鸿章说，自己晚年的富贵与名声都是李鸿章及其淮军保全的，诚不虚言。
捻军活动接近尾声的时候，曾国藩被清廷再次调离两江，出任直隶总督，遗缺由闽浙总督马新贻接任，不久李鸿章实授湖广总督。这样，号称天下财赋半出其中、素有“钱袋子”的两江重地终于让一个与湘淮军全无瓜葛的人所掌控了。对于这次安排，李鸿章颇有微词，他预言说不是出自于老师曾国藩门下的人，绝对干不好两江总督这一职。
马新贻是道光二十七年（1847年）的进士，与李鸿章、郭嵩焘、张之万等人是会试同年，他中进士后没能进入翰林院，而是直接分发到安徽当知县，可见他的会试成绩不是很好。但他是个精明干练的人，安徽的大员翁同书、袁甲三等人都很赏识他，太平天国大起义后，安徽沦为兵灾之地，文武官员都要带兵打仗，马新贻亦以军功起家，至太平天国失败后接替曾国荃出任浙江巡抚，此次再次接替曾国藩坐镇两江。马新贻既被委以重任，自然感恩戴德，决意励精图治，干出一番成绩来。此刻被裁撤的湘军尚有很多人留在江宁，这些人无处可去加上游手好闲，不可避免的会骚扰百姓，马新贻是带过兵的人，深知散兵游勇对地方的危害性，因此下手狠辣，诛杀了不少湘军。马新贻的激进手段必然招致报复，尤其身处“湘半城”的江宁。
清同治九年（1870年）七月二十六日，两江总督马新贻考核督标中军后，在回督署的途中被刺客张文祥于光天化日之下刺杀，这是清朝开国以来从没有过的事。刺客的身份非常复杂，干过捻军、太平军、湘军、海盗甚至开过典当行，被抓后曾喊过“养兵千日，用在一朝”，说明背后有人指使，审讯时却一口咬定刺杀马新贻是出于私人恩怨，并无人指使。案子尚未审出个结果，坊间已谣言四起，都是对马新贻的个人攻击，私德方面说他“渔色友妻”，政治方面说他维护洋人教会、勾结西北回民起义，而刺客却被塑造为讲义气的英雄人物。
马新贻被刺前，湘淮军大佬们步履维艰，如履薄冰。左宗棠用兵西北，原本曾国藩督两江时竭尽粮饷供应他，此刻主要依靠老部下浙江巡抚杨昌浚输送浙饷；曾国藩出任直隶总督这一有名无实的职位，靠近京师，上有朝廷下有顺天府尹，位尊而权轻，清廷只是一味让他练兵保护京畿，而关于吏治民生全然施展不开手脚，此刻因“天津教案”被廷臣弹劾，士民讥讽；李鸿章则虚悬湖广总督位置上无所事事，曾一度被安排去贵州镇压苗民起义；曾国荃回籍后复出任山西巡抚，不久转任湖北巡抚，因防堵捻军一事与总督官文闹翻，被摘去顶戴，再次告病开缺。
湘军大佬们既然不便公开对抗清廷，那么他们的积怨必然要找个发泄对象，马新贻这颗半路杀进的“拐子马”就此沦为牺牲品，当然，马新贻的死还可以带来意外之喜。我们可以假设湘军系统的统帅们经过多次推演得出一个结论，解决当前唯一困境的只有让曾国藩回到两江，远离京城是非之地，曾国藩能够得以保全，曾氏家族和门生故吏以及湘军系统也就有了依靠，左宗棠西征的军饷自然不是问题，善于做官的李鸿章或可离开湖北到两广或直隶大展拳脚。假如上面假设成立，接下来就是执行问题，而负责马新贻安全及进出校场阅兵路线都是由喻吉三安排的。喻吉三以总兵身份充任督标副将，他早年当过曾国藩心腹亲兵，靖港之战时，曾国藩投水自杀，下去捞救人的就是喻吉三。马新贻被刺杀时，他并不在现场，事后闻讯赶来，所以“刺马”一案中他仅得到降两级处分的轻微惩处。
“刺马”案最终以私人恩怨罪将刺客张文祥凌迟处死，虽然草草收场，但是负责办案的朝廷大员都一身轻松，湘军大佬们终于得到他们想要的结果，倒逼清廷退了一步。
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