在《關於深化增值稅改革有關政策的公告》中，對執行免抵退辦法的出口企業在執行退稅率過渡期間的表述中有這麼一句話“適用增值稅免抵退稅辦法的,執行調整前的出口退稅率,在計算免抵退稅時，適用稅率低於出口退稅率的，適用稅率與出口退稅率之差視為零參與免抵退稅計算。”
這個“適用稅率低於出口退稅率的，適用稅率與出口退稅率之差視為零參與免抵退計算”是什麼意思呢？
這是對採用免抵退辦法辦理出口退稅的出口企業，由於在2019.4.1後執行新的稅率，但對於原稅率為16%且退稅率為16%、原稅率為10%且退稅率為10%的貨物勞務及跨境應稅服務的一個特殊規定。
由於這類貨物勞務、跨境應稅行為在2019.6.30前出口或銷售的繼續按原退稅率辦理退稅，但4.1號後稅率又下調為13%和9%，這就造成這類貨物勞務及跨境應稅服務在計算免退稅過程中由於徵退稅率不同產生了不得免徵和抵扣稅額，且根據免抵退辦法的計算公式所計算的不得免徵和抵扣稅額出現負數，就會導致出口財稅通企業對不得免徵和抵扣稅額做轉出時轉出負數了(間接增加了期末留抵稅額)。
例如退稅率16%的商品，在4.1後稅率下調為13%，生產企業計算的不得免徵和抵扣稅額=FOB*(13%-16%)=-3%FOB，如果按計算公式計算出的不得免徵和抵扣稅額為負數，即要轉出負數的進項稅了，那生產企業豈不是賺大了，平白無故多了留抵稅額。因此39號公告規定對於該類貨物勞務及跨境應稅服務在2019.6.30前出口的，在申報免抵退稅時，該不得免徵和抵扣稅額直接按0處理，也即在錄入退稅申報數據時，稅率欄繼續按調整前的稅率錄入，退稅率也按調整前的退稅率錄入，這樣就解決了不得免徵和抵扣稅額為負數的情況。
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