克罗地亚独立战争于1991年至1995年在忠于克罗地亚政府的克罗地亚军队和塞尔维亚控制的南斯拉夫人民军（JNA）和当地塞尔维亚军队之间展开，直到1992年，克罗地亚军队结束了在克罗地亚的战斗行动。在克罗地亚，战争主要被称为“本土战争”（domovinski rat），也被称为“更大的塞尔维亚侵略”（velikosrpska agresija）。在塞尔维亚资料来源中，“克罗地亚战争”（phiraату谕рватско_/rat u hrvatskoj）和“krajina战争”（phiraатуКра_ини/rat u krajini）被使用。
大多数克罗地亚人希望克罗地亚离开南斯拉夫，成为一个主权国家，而许多生活在克罗地亚的塞尔维亚人，在塞尔维亚的支持下，反对分裂国家，并希望塞尔维亚声称土地与塞尔维亚处于同一个国家。大多数塞族人实际上在南斯拉夫联邦内寻求新的塞族国家，包括克罗地亚、波斯尼亚和黑塞哥维那等塞族人占多数或有重要少数民族的地区，并试图尽可能多地征服克罗地亚克罗地亚于1991年6月25日宣布独立，但同意将其推迟至布里欧。1991年10月8日，NI同意并切断与南斯拉夫的所有剩余联系。
JNA最初试图通过占领克罗地亚的全部领土来保持克罗地亚在南斯拉夫境内的地位，在此之后，塞尔维亚军队在克罗地亚境内建立了自称的塞尔维亚共和国Krajina（RSK）。1992年1月停火和国际承认克罗地亚共和国为主权国家后，前线已确立，联合国保护部队（UNFOR）已部署，随后三年内战斗基本上断断续续。在这段时间里，侦察卫星网覆盖了13913平方公里（5372平方英里），超过了克罗地亚的四分之一。
1995年，克罗地亚发动了两次重大进攻，称为“闪电行动”和“风暴行动”，这将有效地结束对其有利的战争。到1998年，联合国东斯拉沃尼亚、巴兰扎和西西里姆（安提斯）区的过渡当局已和平地重新融入克罗地亚。
这场战争以克罗地亚的胜利结束，因为它实现了它在战争开始时宣布的目标：独立和保护其边界[12][13]大约21-25%的克罗地亚经济遭到破坏，估计370亿美元的基础设施受损、产出损失和与难民有关的费用超过2万人被杀害。战争期间，双方都流离失所。塞尔维亚和克罗地亚政府开始逐步合作，但紧张局势仍然存在，部分原因是前南斯拉夫国际刑事法庭（ICTY）的裁决和各国对对方提起的诉讼。
2007年，前南斯拉夫国际刑事法庭（ICTY）对克罗地亚塞尔维亚领导人之一米兰·马蒂（Milan Marti_）作出有罪判决，指控他与斯洛博丹·米洛·埃维（Slobodan Milo_evi_）等人勾结，建立了一个“统一的塞尔维亚国家”。2008年至2012年，ICTY起诉了克罗地亚将军安特·戈托维纳（Ante Gotovina）、姆亚丁·M。阿卡和伊万·埃尔马克涉嫌参与与“暴风行动”有关的犯罪活动。_ermak被彻底宣判无罪，Gotovina和Marka_的判决随后被一个ICTY上诉小组推翻。国际法院驳回了克罗地亚和塞尔维亚2015年关于种族灭绝的共同主张。法院重申，在某种程度上，针对平民的罪行已经发生，但裁定不存在具体的种族灭绝意图。
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