1983年12月31日，尼日利亚政局发生巨变，一批高级军官以反对贪污腐化、挽救国家经济崩溃为号召，推翻了存在仅仅四年的第二共和国。军事政变主要策划者有两位，分别是陆军参谋长巴班吉达将军和最高司令部参谋长伊迪亚邦将军，他们势均力敌，一番折冲后推举参加政变的布哈里将军为国家元首。布哈里将军执政后，采取铁腕治国方式，重拳出击反腐败，严打违规经济行为，无奈积重难返，经济不但仍无起色，而且进一步恶化，使得社会问题越来越尖锐。与此同时，军政府内部矛盾不断激化，布哈里地位虚弱、处境艰难，1985年4月遂以健康原因提出了辞职。
布哈里提请辞职，使得巴班吉达将军和伊迪亚邦将军争权斗争趋向白热化。巴班吉达属于北方豪萨·富拉尼族，得到陆军支持；伊迪亚邦属于西部约鲁巴族，支持者是海军、空军。布哈里的辞职一时未得到军事委员会批准，但允许将行政大权交给了伊迪亚邦，两雄交锋巴班吉达暂时处于劣势。为了夺取最高权力，巴班吉达决定铤而走险，当年8月27日，他乘伊迪亚邦出国访问之际，发动军事政变废黜了布哈里将军，夺取了国家最高权力，成立了新的军政府。在整个军事行动中，巴班吉达采取避免流血的和平手段，也没有以往大规模地打击前政权人员的做法，从而使得新政权快速稳定下来。
与过去历届军政府一样，巴班吉达首先对参与政变的军官论功行赏，按功劳和势力大小排座次，同时照顾了各军兵种的权益以及地区和部族的利益。相较于布哈里的严厉和果断，巴班吉达的执政风格更加注重灵活和策略。但是，面临经济危机以及由此产生的一系列社会和政治问题，巴班吉达也没有任何高明做法。为了刺激经济增长，巴班吉达通过贬值货币来提升出口行业的竞争力，虽在一定程度推动了经济增长，但是大幅度贬值货币代价很大，城市阶层实际收入锐减，在不断抗议声中不得不终止这一政策。尼日利亚的经济经过这一折腾，破坏严重。
新军政府成立初期，针对“还政于民”这一问题，巴班吉达表现很不主动，他曾表态："我们每个人，特别是军官团的每个成员都非常熟悉治国之道。”不过，迫于国内外压力，巴班吉达不得不给国民一个交代，他慢腾腾拿出一个"还政于民”计划，承诺1992年成立第三共和国文官政府。为此，巴班吉达“钦定”全国推行两党制，由军政府发起、组织并提供经费，成立了两个官办政党——社会民主党和国民共和大会党。社会民主党主要代表南方势力，国民共和大会党主要代表北方势力。1992年7月，国民议会参众两院举行了选举，社会民主党取胜，在上下两院中均占多数席位。
翌年六月，两党各自推出了总统候选人参加角逐，大选初步结果揭晓后，社会民主党候选人得票数处于领先地位。对于这一选举结果，国民共和大会党表示质疑，指责社会民主党和选举委员会存有勾结，巴班吉达本来不情愿将权力移交给文官政府，乘机以大选中存在舞弊为由，宣布这次总统大选无效，终止"还政于民"计划。这一决定公布后，立即在全国范围内引起强烈反响，成千上万群众走上街头，抗议巴班吉达违背承诺取消大选，强烈要求还政于民。一时间，全国上下社会动荡，政治危机四伏。迫于国内外压力，当年8月17日，巴班吉达被迫宣布辞去总统等全部职务，将政权移交给临时政府，结束了他8年军政府的执政生涯。
然而，由于仓促移交权力，全国临时政府根本无力支撑局面，仅仅执政82天就宣告垮台。在混乱局势下，巴班吉达麾下最凶悍的将军、国防部长萨尼·阿巴查接管了政权，开始了新的军事独裁统治，就这样，尼日利亚第三共和国尚未诞生就胎死腹中，巴班吉达难辞其咎。阿巴查上台后，实行铁腕治国，使尼日利亚实现了政局稳定和经济大幅增长，但同时也把尼日利亚政府的专制和腐败推向了一个新的高度。不过，随着1998年阿巴查的猝死，尼日利亚黎明前最后一段黑暗时期神奇般结束，一年后历经坎坷的尼日利亚第三共和国终于诞生。
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