金莎江朵
回答这个问题前有必要先说一下明朝宦官的组织架构。
明朝负责管理皇宫内务的分为十二监，四司、八局，统称二十四衙门。他们职责不同地位也是天差地别，其中司礼监，由于掌握披红和盖章的权力而居“二十四衙门”之首，而像“浣衣局”这样负责清洗衣物的部门，连皇帝面都见不到只能做苦力，地位可想而知。
在这些部门中只有主管才能被称之为“太监”官阶为正四品，其下还有少监和左右监丞等，所以说太监是宦官中出位高权重者，不是所有宦官都是太监。
说完明朝的宦官机构我们言归正传，秉笔太监和掌印太监按字面意思就可以解释，一个负责签字（披红）一个负责盖章，因为负责盖章的太监有最终决定权，所以掌印太监实权力打过秉笔太监，被称为“内相”。
不过根据《明史职官》中的记载“司礼监，提督太监一员，掌印太监一员，秉笔太监、随堂太监、书籍名画等库掌司、内书堂掌司、六科郎掌司、典簿无定员。”实际上在掌印太监之上还有提督太监。但是提督太监一般不设，也没听说过谁担任过提督太监。
魏忠贤的准确职务是司礼监秉笔太监监掌东厂，在他之上还有一名掌印太监，当时魏忠贤的顶头“上司”为掌印太监王体乾，那么魏忠贤为什么不当掌印太监呢?
原因有三
首先，根据惯例，司礼监秉笔太监还兼任东厂掌印太监，东厂在明朝是令人谈之色变的特务机关，不但可以直接向皇上汇报还拥有独立的司法权凌驾于国法之上。对于魏忠贤来说掌握东厂是实权，而掌印太监不过是虚位。
其次，当时的司礼监掌印太监王体乾实则是魏忠贤的走狗，王体乾能够当上掌印太监全凭魏忠贤和客氏的运作，王体乾也将自己位置摆的很正，一意附忠贤，为之尽力，所以对于魏忠贤来说没必要争掌印太监。
此外还有一个原因，根据《明史》记载“忠贤寻自惜薪司迁司礼秉笔太监兼提督宝和三店。忠贤不识字，例不当入司礼，以客氏故，得之。”魏忠贤不识字，进入司礼监已经是破例，如果在担任司礼监首席掌印太监，恐怕落下口实，再加上已经掌握实权，所以掌印太监虚名不要也罢。
一点点历史
魏忠贤其实才是最大的幕后玩家，在其担任司礼监秉笔太监的时候，司礼监掌印太监是王体乾，但魏忠贤这个司礼监中首席秉笔太监是提领东厂的实权者，这在当时也算是改变了司礼监的权利构架，因此魏忠贤的秉笔太监之地位并不比掌印太监低。
明朝太监机构
众所周知，明朝宫廷设有内十二监，与四司八局统称二十四衙门，这十二监就是司礼监，内官监，司设监，御马监，尚膳监，御用监，直殿监，印绶监，尚衣监，都知监，神宫监，尚宝监。这些机构统一由宦官管理，十二监的总领事称为提督太监，但并不是所有阉割的人都能叫做太监，十二监里只有管事的宦官才能叫太监，并且位居四品，十二监中权力最大的就是司礼监。
朱元璋时期的宦官是不允许干政的，但自永乐时期开始，宦官开始登上政治舞台，比如下西洋的郑和。永乐十八年时设立了著名的特务机构东厂，由宦官执掌，掌管太监只对皇帝负责。明宣宗时，打破了朱元璋制定的太监不许识字的制度，在宫内设内书堂，提升太监的文化水平。成化十三年又设立西厂，置提督，与东厂并立。
明朝宦官专政真正起始于明英宗时的王振，也就是土木堡惨剧的始作俑者，汪直、刘瑾、魏忠贤这些权宦也成为大明王朝政治结构中的一大祸患。
司礼监的权变
宣德时期，直接影响司礼监权位变化的关键事件，是宣宗令内阁条旨和伴随而来的批红。德宗改变以往的奏章批阅流程，以内阁杨士奇等人为皇帝分担政务，批阅章奏。章奏由内阁大臣先行过目，将批改建议写在纸上，贴于奏疏背面进呈皇帝，再由皇帝御批，这也就是我们所知的票拟。面对这些票拟，皇帝是需要进行朱批的，但这样的工作量也是难以完成的，因此德宗就下令由阁臣或是宦官代为批红，加之太监此时已经受过宫廷内的文化教育，因此代替皇帝批红的专职人员，即司礼监秉笔太监就顺理成章的诞生了，秉笔太监遵照阁中票拟的字样，用朱笔楷书代皇帝进行批阅，也为此后的权倾朝野埋下了祸根。
明英宗即位之时年幼，太皇太后张太后主政，但按照大明律历，后宫人员不能与内阁面议取旨，因此内阁就实际上掌握了票拟权， 与此同时的批红权就成了司礼监秉笔太监的专职，秉笔太监审阅完了之后还要提交给掌印太监审阅通过后才能盖章。
“司礼今为十二监中第一署，其长与首揆对柄机要，睑书、秉笔与管文书房，则职同次相。其僚佐及小内使，俱以内翰自命，若外之词林。内官监视吏部，掌升造差遣之事。今虽称清要，而其权俱为司礼矣。”——《万历野获编》
到正统以后，司礼监将二十四衙门的实际大权揽于手中，诸如镇守太监的调派、提督京营，东厂掌控，在形式上，掌印太监和首席秉笔太监是司礼监的首脑，两大首脑与内阁部院形成了朝廷顶层的官僚体系。这里的司礼监也就走向了权力的顶峰，这个时期的司礼监其实就是另外一个内阁了，司礼监掌印太监也就是与内阁首辅相对应的“内相”了。
“最有宠者一人，以秉笔掌东厂，掌印秩尊视元辅，掌东厂权重，视总宪兼次辅，其次秉笔，其次随堂，如众辅焉。”——刘若愚明武宗时期，掌印太监不在提领东厂，而是由首席秉笔太监掌管，这就加强了秉笔太监的实权，虽然此时的掌印太监还是相当于首辅，但首席秉笔因为实权的加大，也就成了次辅。
魏忠贤的算盘
“故事，司礼掌印者位东厂上。体乾避忠贤，独处其下，故忠贤一无所忌”。——《明史》魏忠贤确实没有担任司礼监的一把手掌印太监，而是做了提领东厂的秉笔太监，此时的掌印太监是王体乾，而他的这个职位据清朝人记载，是魏忠贤和朱由校的奶妈客氏（也传言为魏忠贤相好）抬上来的，并且对魏忠贤百依百顺，相当于魏忠贤的傀儡了。
既然有傀儡可用，那么批红这么繁琐的工作就让王体乾去办吧，有重要的奏折再报给魏忠贤定夺就好了，出了差错，世人骂的是王体乾，而不是魏忠贤。而东厂这种特务机构，掌握着重要的机密信息，又享有皇帝给予的特权，当然要握在手里，用于排除异己，收集情报，最大限度的为自己争取利益。
棍哥观史
魏忠贤是秉笔太监。当时的掌印太监是王体乾。
魏忠贤不是没当上掌印太监，而是他不想当。
明熹宗朱由校即位之后，魏忠贤由惜薪司升为秉笔太监。天启三年冬，“兼掌东厂事”。可知，魏忠贤在司礼监的序列里，是秉笔太监兼管东厂。这个兼管东厂，是实打实的权力，而且是无边的权力。
说个故事。有一次，有四人夜里在密室饮酒，其中一个人喝醉了，谩骂魏忠贤，另外三个人吓得不敢出声。那个人还未骂完，东厂番子将四人押到魏忠贤的住所，立即将骂的人处寸磔，而慰劳另外三个人金子，三个都被吓得魂飞魄散不敢动。你看，这个提督东厂，权力多大！
那有比他还大的太监吗？
理论上讲，有。
《明史职官》写得明明白白，“司礼监，掌印太监一员，秉笔太监、随堂太监……无定员”。
本来，掌印太监比秉笔太监职位高，但王体乾很懂事，因为他的这个职位，是通过魏忠贤以及朱由校的奶妈客氏运作得来的，因此，他甘做魏忠贤的小弟。
而实际上，如果他翻脸不认人，以掌印之位压魏忠贤，那他应该分分钟就会挂掉。
王体乾很聪明，甘居魏忠贤之下，导致魏忠贤“一无所忌”。
咱们举一个例子。国民党军统局局长是谁？一般人一定会脱口而出：“戴笠！”其实，戴笠是副局长，局长先后是贺耀组、钱大钧、林蔚等人。可军统谁说了算？还不是戴笠么。为什么这么安排呢？因为戴笠在国民党内的资历太浅，而且在黄埔学生中的期别也低（第六期），蒋介石怕别的部下不服气，同时为了给戴笠找个挡箭牌，所以叫他任副局长，局长由委员长侍从室主任兼任。
懂了吗？
宰少
朱由校继位后不久，乳母客氏和太监李进忠倍受宠幸，客氏封为奉圣夫人，儿子兄弟都鸡犬升天任锦衣千户。这时候李进忠才被恢复的“魏”姓，赐名“忠贤”，“李进忠”是魏四入宫时的化名，同时被提拔为司礼监秉笔太监。
魏忠贤原本是伺候朱由校生母王才人膳食的，一个烧火做饭的一下就窜上了宫里高级太监职位。可魏忠贤无赖出身，大字不识一个，司礼监秉笔要同随堂的太监一起掌管奏章文书，照内阁票拟批朱。不然怎么说明熹宗糊涂蛋呢，由于客氏和魏相好，她在熹宗面前极力推荐魏忠贤，才破例任命魏忠贤为司礼监秉笔。
随着魏客二人的相互勾结，他们在宫里的势力越来越大。天启元年五月，司礼监掌印太监卢受去世，论资排辈这把太监二十四衙门头把交椅应该由老资格的大太监王安来坐，熹宗也有意让王安就位。但这老王安按常规“客气”地退让一番，另外说法是王安为人本分不愿意和魏客等同伍（貌似有点假），客氏趁机顺杆爬，向熹宗进言司礼监事多繁杂，既然王安以年老推辞，那皇帝就不要再难为他了。
王安非但就这样失去了掌印太监的职位，魏忠贤还唆使别人弹劾王安，最后他被发配边地客死在那里。
魏忠贤和客氏在熹宗面前一唱一和双簧演地天衣无缝，宫内外所有和他们作对的人都非贬即死。魏忠贤推荐王体乾接替司礼监掌印太监，李永贞为秉笔太监，在魏忠贤的周围形成一个强大的势力集团，宫中任何人都不敢冒犯。
在熹宗朝，司礼监之首掌印太监的职位都引不起魏忠贤的兴趣，他和客氏只是文盲村妇一对，只要把熹宗控制在手里，朝廷的任何官员官阶都由他们说了算。肩膀摊上具体职务非但干不来还嫌烦，有贪欲要整人时向有司打个招呼就行。当时的魏忠贤狐狗满布中外，干孙义儿充斥朝野。
（一家之言，欢迎指正。）
看遍山川
掌印不掌厂空有头衔，魏忠贤可是建生祠的人，漫漫长河有几个人权臣做到这一步的。就好比如《人民的名义》中赵德汉人家用部长换他这个处长他都不换，实权才是王道。就好比如曹操加九锡称王而不废帝，戴雨农至死才是个陆军少将副局长，要那些个虚名干啥呢是吧。
樾镪
规定是掌印比秉笔高，秉笔兼管东厂。
而太监头子，靠裙带关系，谁和皇帝好谁老大。所以明朝好些大太监头子只当秉笔，不当掌印
寧劍
秉笔兼提督东厂，掌印也不是一人说了算，需要几个秉笔共同批红呈掌印
