第一次出使歸來後，皇帝親自下令嘉獎班超，晉升他為軍司馬，並指示他繼續完成使西域諸國歸附東漢的使命。
他謝絕了增派給他的部下，因為他知道陌生的異域，靠的是威信、智慧和果敢，如果這些不起作用，一旦遇到危險，再多的人數也只能意味著更多的犧牲。他仍舊率領著經歷激烈戰鬥而毫髮無損、已經完全臣服的三十六名部下繼續西行，走上了第二次出使的道路。
班超等人向西域進發，不久，到了于闐國（今新疆和田）。當時，于闐王廣德剛剛攻破莎車國（今新疆莎車），在天山南道稱雄，北匈奴派使者駐在於闐，對外說是監護其國，實際上掌握著于闐的大權。
班超到達于闐後，于闐王對他並不很禮貌，態度頗為冷淡。于闐的巫風興盛，巫師對於闐王說：“天神發怒了，你們為什麼想去歸順漢朝？漢使有一匹嘴黑毛黃的好馬，你們趕快把它弄來給我祭祀天神！”于闐王派宰相私來比向班超討要那匹馬，班超早已清楚事情原委，痛快地答應了。但是提出要巫師自己來牽。等到巫師到來後，班超不由分說，將他殺死，並逮捕了私來比，痛打數百鞭。把巫師的首級送還於闐王，說明利害，以道義責備他。
于闐王早就聽說過班超在鄯善國誅殺匈奴使者的作為，因此頗為惶恐，當即下令殺死北匈奴使者，重新歸附漢朝，班超重賞了于闐國王和他的臣子，成功鎮撫于闐。西域各國因此全都派出王子入朝為人質，西域與漢朝中斷了六十五年的關係，至此才恢復大半。
就在當時匈奴人扶立的龜茲（今新疆庫車縣城東郊）國王倚仗匈奴的勢力在天山道肆無忌憚，他派兵攻破疏勒國（今新疆喀什市），殺死其國王，另立龜茲人兜題為疏勒王，疏勒國實際掌握在龜茲人手中。
永平十七年春天，班超帶手下人從小道向疏勒國進發。班超行至兜題居住的架橐城九十里的地方，派手下吏員田慮去招降兜題。班超指示說：“兜題並不是疏勒人，疏勒國民一定不會為他盡忠效命的，他如果不肯投降，就將他扣押起來。”田慮隻身來見兜題。兜題見田慮勢單力孤，根本沒有投降的意思。田慮乘其不備，搶上去劫持了他。在這種突發事件下，兜提手下都驚懼奔走。
田慮趁機乘馬疾馳，回到班超處覆命。班超當即來到架橐城，把疏勒文武官員全部集中起來，向他們陳說龜茲國種種不公平的行徑，宣佈另立原來被殺掉的疏勒國君的侄兒忠當國王，疏勒人非常高興。新王和一班官員要殺死兜題，他不吝於顯示鐵腕，但更懂得如何爭取人心，相對匈奴人的殘酷和貪婪，他表現出仁慈和寬容。他沒有殺被廢掉的疏勒王，而只是把他逐回龜茲。剛柔並濟的手段增添了他的威望。
于闐和疏勒都是天山南麓的大國，他們投向漢朝的決定，使周圍其它國家也都有心歸於漢朝的管轄下。
至此，班超兩次出使，憑藉智勇，已先後使鄯善、于闐、疏勒三個國家恢復了與漢朝的臣屬關係。
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