第一次出使归来后，皇帝亲自下令嘉奖班超，晋升他为军司马，并指示他继续完成使西域诸国归附东汉的使命。
他谢绝了增派给他的部下，因为他知道陌生的异域，靠的是威信、智慧和果敢，如果这些不起作用，一旦遇到危险，再多的人数也只能意味着更多的牺牲。他仍旧率领着经历激烈战斗而毫发无损、已经完全臣服的三十六名部下继续西行，走上了第二次出使的道路。
班超等人向西域进发，不久，到了于阗国（今新疆和田）。当时，于阗王广德刚刚攻破莎车国（今新疆莎车），在天山南道称雄，北匈奴派使者驻在于阗，对外说是监护其国，实际上掌握着于阗的大权。
班超到达于阗后，于阗王对他并不很礼貌，态度颇为冷淡。于阗的巫风兴盛，巫师对于阗王说：“天神发怒了，你们为什么想去归顺汉朝？汉使有一匹嘴黑毛黄的好马，你们赶快把它弄来给我祭祀天神！”于阗王派宰相私来比向班超讨要那匹马，班超早已清楚事情原委，痛快地答应了。但是提出要巫师自己来牵。等到巫师到来后，班超不由分说，将他杀死，并逮捕了私来比，痛打数百鞭。把巫师的首级送还于阗王，说明利害，以道义责备他。
于阗王早就听说过班超在鄯善国诛杀匈奴使者的作为，因此颇为惶恐，当即下令杀死北匈奴使者，重新归附汉朝，班超重赏了于阗国王和他的臣子，成功镇抚于阗。西域各国因此全都派出王子入朝为人质，西域与汉朝中断了六十五年的关系，至此才恢复大半。
就在当时匈奴人扶立的龟兹（今新疆库车县城东郊）国王倚仗匈奴的势力在天山道肆无忌惮，他派兵攻破疏勒国（今新疆喀什市），杀死其国王，另立龟兹人兜题为疏勒王，疏勒国实际掌握在龟兹人手中。
永平十七年春天，班超带手下人从小道向疏勒国进发。班超行至兜题居住的架橐城九十里的地方，派手下吏员田虑去招降兜题。班超指示说：“兜题并不是疏勒人，疏勒国民一定不会为他尽忠效命的，他如果不肯投降，就将他扣押起来。”田虑只身来见兜题。兜题见田虑势单力孤，根本没有投降的意思。田虑乘其不备，抢上去劫持了他。在这种突发事件下，兜提手下都惊惧奔走。
田虑趁机乘马疾驰，回到班超处复命。班超当即来到架橐城，把疏勒文武官员全部集中起来，向他们陈说龟兹国种种不公平的行径，宣布另立原来被杀掉的疏勒国君的侄儿忠当国王，疏勒人非常高兴。新王和一班官员要杀死兜题，他不吝于显示铁腕，但更懂得如何争取人心，相对匈奴人的残酷和贪婪，他表现出仁慈和宽容。他没有杀被废掉的疏勒王，而只是把他逐回龟兹。刚柔并济的手段增添了他的威望。
于阗和疏勒都是天山南麓的大国，他们投向汉朝的决定，使周围其它国家也都有心归于汉朝的管辖下。
至此，班超两次出使，凭借智勇，已先后使鄯善、于阗、疏勒三个国家恢复了与汉朝的臣属关系。
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