本質上，妥懽帖睦爾在位期間就是如何喪失天命的一次教訓，不過這並不全是他的錯，因為許多問題都是他繼承來的。1368年，紅巾軍顛覆了元朝，從紅巾軍的一支中發展而來的明朝（1368—1644）剛剛建立，末代元帝妥懽帖睦爾自中原逃入蒙古草原。據傳說，40個萬戶中只有6個得以逃走，餘下的或是戰死，或最終投降。儘管明朝對蒙古人十分厭惡，但蒙古戰士太過重要因而不能屠殺。如果這個傳說是真的，一些學者指出，這也暗示著蒙古草原上有大量人口損失。但我們必須記住，這40個萬戶並非駐守在蒙古草原上，因此不能認為蒙古草原損失了大量人口。事實上，他們中的許多人構成了所謂的“雲南蒙古人口”，在現代中國仍然存在。
妥懽帖睦爾帶回蒙古草原的人大部分是士兵，因此他擁有相當數量的軍隊，約40,000~60,000人。儘管退回了蒙古草原，他仍然將自己視為統治者，但他失去了長城（後來由明朝修建）以南的地區。他撤向斡難河-怯綠連河谷地（蒙古人傳統的故鄉），以維護自己的權威。同時，明朝軍隊繼續追擊，以確保蒙古人無法發動反攻。儘管蒙古人失去了大片領土，但我們有理由假定，元朝能夠在蒙古草原重整旗鼓並有可能發動反攻。這只是一個虛幻的想法。儘管妥懽帖睦爾駐軍在蒙古草原，但他在那裡無法找到對自己作為統治者的支持。對皇室長達幾十年的厭惡主要存在於阿里不哥的後裔中，他們是蒙古草原上最有勢力的人物。除了阿里不哥和忽必烈之間依舊一觸即發的夙怨，蒙古草原上的蒙古人也將妥懽帖睦爾與歸來的蒙古人視為外人—基本上視之為漢人和非蒙古人。因此，雙方之間的戰爭爆發了。
西蒙古草原上阿爾泰山脈周圍的瓦剌成為捲入爭鬥的第三方因素。他們在蒙古帝國史的大部分篇幅中都是一個邊緣集團，與皇室沒有什麼聯繫，因為瓦剌人的血統與成吉思汗無關。隨著其力量在14世紀後期逐漸增強，他們開始覬覦汗位，並凌駕於其他蒙古人之上，令人深惡痛絕。事實上，一些瓦剌人將他們的祖先追溯到了克烈部的汗脫斡鄰勒。不過，瓦剌（斡亦剌）是槐因亦兒堅部落之一，與克烈部無關。
在14和15世紀的大部分時間裡，戰爭都是局部性的。明朝皇帝屢次攻入蒙古草原，結果喜憂參半。儘管他們打敗了蒙古軍隊，但明朝軍隊一出發就會遭到連續不斷的攻擊。使問題複雜化的因素是，明朝因後勤問題無法在草原上長期駐軍。明朝除了試圖讓蒙古草原上的許多派別互相攻擊，還採用了漢族用於草原的傳統對外政策，即將名號授予統治者以使之合法化。明朝的最終目的是通過分化和控制的政策削弱蒙古人，然而其努力並非總能成功。明朝並不在意合作對象是誰，無論是黃金家族還是瓦剌首領。但同時也存在一個威脅，即一名首領可能聚集足夠的力量來攻擊明朝。這些攻擊並不足以顛覆明朝，但無論如何也是一個威脅。一個例子就是極端危險的瓦剌首領也（1439—1455年在位），他創造了一個從巴爾喀什湖綿延至明朝邊境的遊牧帝國。
在他去世後，蒙古草原又爆發了內戰，具體而言就是由黃金家族統治的蒙古人與瓦剌人之間的戰爭。直到達延汗（1479—1517年在位）崛起，並被選為成吉思汗的第28任繼承者，蒙古草原才重獲和平。達延得益於他的叔父滿都魯（1473—1479 年在位）統一了喀爾喀蒙古（黃金家族蒙古族群之一），打敗了瓦剌人並將他們逐出蒙古草原。然後達延汗開始攻擊明朝，併成為明朝真正的威脅，直至其死去。
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