圣母殿高台之上端坐的就是晋祠的主神圣母。神像台座下的琉璃雕饰和高台上的圣母无关，而是一位男士骑马弯弓、驰骋疆场的风采。供奉主神和牌匾所述不是同一个人，这是中国古代祭祀的寺庙祠堂中从未出现过的现象。

传说赵光义是为了模糊晋祠的唐叔虞崇拜，改变和铲除晋祠祭祀的主题思想，从而消除晋阳城危及宋朝统治的心理基础。所以他打算换掉圣母殿主神唐叔虞。

现在晋祠的圣母身份众说纷纭，有人说她是唐叔虞与其哥哥周成王的母亲、周武王的妻子、姜子牙的女儿邑姜。在晋祠发掘的石碑上有这样的记载：“惟圣母之发祥兮，肇晋室而开基”，这就暗示了圣母周朝建立时的功臣——周武王妻子邑姜，即唐叔虞的母亲。

但是圣母身边侍立的男女侍从展现的则是北宋时代的宫廷生活，甚至还有宦官。从这些细节看，圣母是真实的宫廷人物。

在重修晋祠五十年后，北宋王朝进入了他的儿媳刘娥刘太后垂帘听政时期。有说法认为唐叔虞像是这段时间被迁出的。赵光义的后继者完成了他的心愿，而且圣母像正是以皇太后刘娥为原型来塑造的。

刘娥（968年—1033年），章献明肃皇后，宋真宗赵恒皇后，宋朝第一个临朝称制的女主，常与汉之吕后、唐之武后并称，后世称其“有吕武之才，无吕武之恶”。

刘太后虽然贵为皇后，但是因为是平民出身受到不少人挤兑。刘娥因此想巴结刘姓贵族认亲，但是她看中的开封“市长”刘综等刘氏贵族拒绝认皇后这个亲戚。刘娥没办法，只能自己查了个祖居晋阳的魏晋南北朝时代建立前赵的刘氏皇族。该族早已败落，已经查不清底细，刘娥就认下这门子刘氏贵族祖先。

戏文中著名的《狸猫换太子》，刘娥就是主角。讲述宋真宗时，刘妃与内监郭槐合谋，以剥皮狸猫调换李宸妃所生婴儿，李宸妃随被打入冷宫。真宗死后，仁宗赵祯即位，包拯奉旨赴陈州勘察国舅庞煜放赈舞弊案。途中，包拯受理李妃冤案并为其平冤，迎李妃还朝的故事。

历史上的刘娥对李妃还是不错的，以皇后之礼下葬。她的养子宋仁宗后来经过调查发现刘娥并未曾加害李妃，于是为其名誉昭雪，大张旗鼓祭祀刘太后，表达自己疑心的歉意。

刘娥生前就有大臣暗示她效仿武则天称帝，但是刘太后严词拒绝。这也足见刘娥权倾朝野，地方官为巴结刘太后，就把晋祠的唐叔虞像换成刘娥的圣母像，来彰显刘太后的功业。

后来在涉及宋真宗的诏书中发现时年唐叔虞晋祠发生倒塌，废墟把池塘都堵塞了。圣母殿南墙根的一个石碑透露了线索：“水漂火劫山移步，五十年来帝母临”。由此可见当年发生了悬瓮山地震和山体滑坡，唐叔虞祠因此倒塌。当地官吏重修晋祠后，把唐叔虞祠规模缩小，即现今圣母殿旁边的小唐叔虞祠堂。而原先旧址建了刘太后的圣母殿，这就是当地人利用自然灾害迎合了朝廷的心思。