道光二十一年（1842）年，林世功出生在琉球国久米村，为闽人三十六姓林胤芾八世孙。在“两千年未有之变局”中生于一个弱小的国家，无疑是一件很悲哀的事。
士族出身的他从小就深受儒家教育的熏陶，1865年，23岁的他因精通诗文而被选为官生（官费留学生），与毛启祥、葛兆庆、林世忠一同在1868年前往清朝国子监留学，当告别亲人登船前往的时候，林世功没有想到他们将是琉球国派往中国的最后一批留学生。
在留学期间，林世功因诗词出众而在京师小有名气，曾以《琉球诗刻》和《琉球诗录》刊行于世，得到“详雅有中朝馆阁气象”的称赞。五年后，业满毕业的林世功随贡使向德裕、蔡大鼎离开京师，踏上归国的路途，和他一同来华的毛启祥、葛兆庆、林世忠则在留学期间相继病死。
回国后的林世功受到重用，在1875年9月中城王子尚典的讲解官，当时普遍认为他将在尚典即为后担任国师执掌朝政。可惜，时代变了，连宗主国大清国都已是日暮西山行将就木了，在这个残酷的时代里，琉球实在是太弱小了，而弱小就是原罪。
1871年，琉球上贡船队五十四人遭台湾原住民杀害，次年，日本强行将琉球国改为琉球藩，并在1874年以此事为借口发难清朝出兵台湾。1875年7月，日本逼迫琉球与中国断交关系；1879年1月，勒令琉球国王遵守日本宪法；同年4月，将琉球改名为冲绳县。
对于林世功而言，这无疑是一件天崩地裂的事。为了拯救琉球，他跟随向德宏（紫巾官）奉国王尚泰之命秘密出使清国，在1877年到达福州将密信呈交闽浙总督何璟。从何璟那得到消息的大清朝才知道琉球已将灭国了，然而，在清廷看来，琉球小国耳价值不大，仅出于保住宗主国的面子而对日本”以情理相辩驳“后便不再管事，并勒令林世功等人尽快回国，不准进京。
对于清廷的态度，日本当然表示很高兴，两年后，琉球国王尚泰、世子尚典等王室成员被掳往东京软禁，琉球国亡。从1372年琉球诸国通使明朝请求册封以来，这是琉球成为中国藩属国的第508个年头。
得到亡国噩耗后，向德宏、林世功等人并未听从命令回国，在接到尚典要他们北上求救的密函后，向德宏于1879年6月先行北上到天津求见李鸿章，1879年9月，林世功等人亦从福州北上到北京求救。
从1879年10月23日至1880年11月18日，林世功等人先后九次向总理衙门及礼部请愿，请清廷讨伐日本恢复琉球，总理衙门等只是回复让他们进口回福州。除此外，他们每天在百官上朝必经的东华门守候，见到官员就跪地哭诉，很多大臣被其感动，但只能安慰他们莫要哭出声，免得被日本人知道。
在林世功到处哭诉求救时，在美国调和下清廷正在和日本就琉球进行秘密外交，日本提出“分岛改约案”，即将琉球南部的先岛群岛让与中国，换取清廷修改《中日修好条规》并给予日本片面最惠国待遇。清政府被此条件所打动，有意接受，便派使与日本开始谈判。
闻听此消息后，林世功多次向总理衙门上书反对此事，称琉球国小贫瘠，先岛群岛更是匮乏无物，不能立国，请求恢复琉球全境。总理衙门于1880年10月21日与日本草签了”分岛改约“的协定。然其后朝廷内部围绕此事发生争论，隐隐察觉到此事的林世功做了一个决定。
1880年10月21日上午，林世功于总理衙门前挥剑自杀，并留下两首绝命诗：
古来忠孝几人全，忧国思家已五年。一死犹期存社稷，高堂专赖弟兄贤。
廿年定省半违亲，自认乾坤一罪人。老泪忆儿双白发，又闻噩耗更伤神。
清政府感其忠义，下赐200两银子，将其厚葬于通州张家湾（今北京通州区张家湾立禅庵村），后被村民误认为日本人的墓而破坏。或许是被林世功殉国而震动的关系，清政府宣布推翻”分岛改约案“，不再签字，日本公使宍（ròu）户玑以清国毁约为由拒绝继续谈判并归国。自此琉球事宜被搁置，久而久之琉球也就被默认成了冲绳县，并再二战后经美国之手彻底成了日本的领土。
林世功自杀前所上奏折：
“琉球国陈情通事林世功谨禀，为一死泣请天恩，迅赐救亡存国，以全臣节事：窃功因主辱国亡，已于客岁九月，随同前往进贡正使耳目官毛精长等改装入都，叠次匍叩宪辕，号乞赐救各在案，惟是作何办法，尚未蒙谕示。昕夕焦灼，寝馈俱废，泣念奉王命抵闽告急，已历三年，敝国惨遭日人益肆鸱张，一则宗社成墟，二则国王、世子见执东行，继则百姓受其暴虐。皆由功不能痛哭请救所致，已属死有余罪，然国主未返，世子拘留，犹期雪耻以图存，未敢捐躯以塞责，今晋京守候，又逾一载，仍复未克济事，何以为臣？计惟有以死泣请王爷暨大人俯准，据情具题，传召驻京倭使，谕之以大义，威之以声灵，妥为筹办，还我君王，复我国都，以全臣节，则功虽死无憾矣！谨禀。”
林世功给同伴所留遗书：
“此禀并无与人牵涉之语，虽递无妨，祈诸公裁夺施行。如曰无补于事，不必投递，则功亦末如之何。虽然，与其事后递禀，有名无实，曷若事前以死请救，以全臣节哉？再，功谓奉主命告急，五载于兹。乃上不能救君，下不能存都，何以覆主命，何以对国人？世子如问父王，又将何以为对？此功所以捐生请救也，伏望诸公怜其愚而宥其罪。临命痛哭，笺此谨白。”
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