《三國志》是《魏書》《蜀書》《吳書》的合稱，其中《魏書》30卷，《蜀書》15卷，《吳書》20卷，共65卷，記載了公元220年至公元280年期間的歷史。
在寫法上，《三國志》沿用了紀傳體體例，將帝王的傳記稱“紀”，其他人的傳記稱“傳”。在整個三國時代，真正做過皇帝的有十幾位，但《三國志》中只有曹操、曹丕、曹叡、曹芳、曹髦、曹奐等6人的傳記稱為“紀”，這是因為《三國志》尊曹魏為正統，不承認劉備、孫權建立的政權，劉備、孫權以及他們繼任者的傳記只稱“傳”。
這個容易理解，陳壽雖出身於蜀漢，但後期在晉朝做官，晉朝是在曹魏禪讓基礎上建立的政權，所以晉朝官方只認可曹魏，而將蜀漢、孫吳視為非法，有人以此批評陳壽沒有歷史學應有的原則，歷史為政治服務，不能堅持原則，在這一點上比不了以後出現的、尊蜀漢為正統的史書《漢晉春秋》。
其實這沒有多少道理，既然存在“正統”問題且“正統”只能有一個，作為晉朝官員的陳壽就只能選擇曹魏。《四庫全書總目提要》說得很中肯：“以理而論，壽之謬萬萬無辭；以勢而論，則鑿齒帝漢順而易，壽欲帝漢逆而難。”陳壽是西晉官員，《漢晉春秋》的作者習鑿齒是東晉官員，東晉南渡偏安，形勢如蜀漢，正統觀發生了改變，尊蜀漢為正統沒有外部壓力，以此爭論《三國志》與《漢晉春秋》孰高孰低毫無意義。
雖然尊崇曹魏為正統，但陳壽並沒有完全受此約束，而是最大程度地尊重了歷史事實。比如，從公元220年到公元280年的這60年間，事實上存在著3個政權並立的狀態，陳壽是承認這種狀況的，《三國志》書名的確立就是最好證明。《三國志》的書名並非後人所加，《晉書》說陳壽“除著作郎，領本郡中正。撰魏吳蜀《三國志》，凡六十五篇”，清代學者朱彝尊就此評論說“壽獨齊魏於吳、蜀，正其名曰《三國》，以明魏不得為正統”，也就是說，陳壽名裡尊曹魏為正統，實際尊三者都為正統。
曹魏政權是在漢魏禪代基礎上建立的，公元220年魏文帝曹丕代漢獻帝劉協而自立，這是一件大事，相關勸進表、辭讓詔書、文告等可謂汗牛充棟，這類文書通常是正史所重點收錄和保存的內容，但陳壽對此似乎視而不見，人們從裴松之為《三國志》作的注才看到了那些篇幅浩瀚的內容。反觀劉備稱王漢中及後來武擔山稱帝，《三國志》對相關文字卻有大篇幅的收錄，從中似乎可以看出陳壽在正統觀上的真實態度。
還有其它的例子，比如《三國志》中對劉備、孫權等人的稱謂。《三國志》中非帝王以外的普通人物傳記，要麼以姓名相稱，如《諸葛亮傳》《陸遜傳》《周瑜魯肅呂蒙傳》，要麼以各人姓氏聯結相稱，如《程郭董蔣劉傳》《王樓賀韋華傳》，但《三國志》沒有稱劉備的傳記為《劉備傳》，稱孫權的傳記為《孫權傳》。在陳壽看來，劉備、孫權等人就是事實上的帝王，如果把他們的傳記和普通人一樣處理，無疑貶低了他們的地位，但如果破例稱他們的傳記為“紀”，又難以得到官方認可，為此陳壽發明了一個說法，稱他們為“主”。
陳壽稱劉備為“先主”，稱劉禪為“後主”，不少人認為這與陳壽及其父親早年在蜀漢的經歷有關，其實陳壽這樣做並非出於私義，而是陳壽歷史觀的另一個獨特表達，因為“主”的稱謂不僅對蜀漢適用，對孫吳也是一樣，《三國志》中劉備的傳記是《先主傳》，劉禪的傳記是《後主傳》，孫權的傳記稱《吳主傅》，孫權之後的孫亮、孫休、孫皓三位皇帝的傳記稱《三嗣主傳》。
春秋戰國時代諸侯王的傳記稱“世家”，其後帝王們的傳記稱“本紀”，除此之外者歸為“列傳”，在陳壽之前只有2個人享受過特殊對待，一個是項羽，《史記》裡有《項羽本紀》；一個是孔子，《史記》裡有《孔子世家》。人們稱讚司馬遷，認為他對項羽、孔子表達了尊重，陳壽在《三國志》裡用“主”這個稱謂，同樣是值得肯定的。
“主”是什麼呢？有人認為，它的意思是“先生”，所謂“主公”，就是“尊敬的先生”，所謂“明主”，就是“明智的先生”，但這樣理解有些寬泛。“主”的意思，除“家中的男主人”外，《康熙字典》裡還有一條：“又大夫之臣，稱其大夫曰主。”這種用法在春秋戰國時代已較普遍，《左傳·昭二十八年》成鱄對魏舒曰：“主之舉也，近文德矣。”
於是，“主”衍生出“主上”、“主公”、“明主”等說法，其中“主公”、“明主”在三國時代已廣泛使用，是臣下對君主及割據群雄的稱呼，或者僕役對其主人的尊稱，如《三國志》法正傳：“或謂諸葛亮曰：‘法正於蜀郡太縱橫，將軍宜啟主公，抑其威福。’”與“帝”、“王”相比，“主”這個稱呼並不那麼正式，既表達了想說的意思，同時又可以將正統與非正統這種的嚴肅問題進行含糊處理，這個做法應該說是非常聰明和得體的。
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