元朝后期，以蒙古族贵族为主的统治阶级，对各族特别是汉族人民的掠夺和奴役十分残酷。他们疯狂地兼并土地，把广阔的良田变为牧场，如大臣伯彦得赏赐土地就达2万顷。大地主广占土地，“驱役佃户”（赵天麟元中统五年奏疏称：“又江南豪民广占农地，驱役佃戸，无爵邑而有封君之贵，无印节而有官府之权”）。农民失去土地沦为奴婢。官府横征暴敛，苛捐杂税名目繁多，全国税额比元初增加20倍。
元顺帝至正十一年，很多平民百姓都被召集到黄河治理水患，但问题在于元朝的统治者们并没有给农民们足够的粮食，农民们天天饿着肚子干活，这给谁也受不了啊。当时北方白莲教首领韩山童和刘福通等决定在这个高压时期发动武装起义。
韩山童和刘福通先是在百姓中传播“弥勒下生”、“明王出世”的言论，让百姓们觉得自己的救星来了，紧接着他们趁着修河的时机将一个独眼石人放入暗道，并四处传播”石人一只眼，挑动黄河天下反“的民谣。待独眼石人挖出后，他们登高一呼，周围百姓无不跟从，在很短的时间里就聚集了大量的百姓，战火瞬间被点燃！根据清代孙承泽《春明梦馀録》记载：“元末任非其人，酷刑横歛，台温处之民树旗村落曰：天高皇帝远，民少相公多。一日三遍打，不反待如何？由是黄岩方谷珍因而肇乱江淮，红巾徧四方矣。”
在红巾军的影响下，全国各地农民纷起响应。人数较多的有蕲水的徐寿辉部、萧县的芝麻李部、南阳的布王三部、荆樊的孟海马部、濠州的郭子兴部等。一时间，中华大地处处烽烟，元统治者应接不暇，元末农民起义的大幕就此拉开。
1355年，刘福通于安徽亳州立韩山童的儿子为“小明王”，建国号“大宋”。1357年，刘福通决定进行北伐，此次北伐分兵三路。东路由毛贵率领，经山东、河北进攻大都；中路由关铎、潘诚等人带领，从山西、河北一带，经大同直捣元上都，放火烧毁“富夸塞北”的蒙古皇宫，继续转战辽东各地；西路由大刀敖、白不信、李喜喜率领，直趋关中，攻下兴元、凤翔，转战四川、甘肃、宁夏各地。农民起义军节节胜利，官府无力应对，只能找元政府求救。为了剿灭红巾军，元朝统治者先是派遣回军、汉军应对，结果大败而回，无奈之下派出大将也先帖木儿进行对抗，结果也先帖木儿大败而归。在岌岌可危的情况下，元朝不顾一切，动用一切力量与红巾军战斗。
红巾军毕竟是比较仓促的农民起义，占领地盘后不懂得如何防守，行军打仗也没有详细的计划和方案，三路北伐又分散了兵力，给了元朝可乘之机，在元朝的翻几下，三路兵马被各个击破，至正十九年，汴梁城破，至正二十三年二月，张士诚趁其不备，将安丰攻破，首领刘福通遇难，自此红巾军起义结束。
纵观历史，红巾军起义长达十二年之久，可以说在在根本上损坏了元朝的统治，为后来的各处起义打下了基础。
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