發生在漢武帝晚年的巫蠱之亂，是西漢時期非常重大的歷史事件。此案引起了漢武帝晚期政治的重大轉變。但是，為什麼會發生此案，則一直撲朔迷離，異說紛紜，成為武帝一生歷史中的一個巨謎。
長安城巫蠱之亂
所謂“巫蠱”，即巫鬼之術或巫詛（咒）之術。《漢書》謂巫蠱起自胡巫。巫蠱之術，其源實來自匈奴民族所信之薩滿巫術。巫蠱之術的具體方法，就是以桐木製作小偶人，上面寫上被詛咒者的名字，生辰八字等，然後施以魔法和詛咒，將其埋放到被詛咒者的住處或近旁。行此術者相信，經過這樣的魔法，被詛咒者的靈魂就可以被控制或攝取。
徵和二年（公元前91年），有人舉報丞相公孫賀的兒子公孫敬聲以巫蠱之術詛咒皇帝。（公孫賀武士出身，青年時代是衛青的好友，曾多次追隨衛青征伐匈奴，以戰功封侯。他娶衛子夫之姊君孺為妻，與漢武帝有連襟之親，因而一度深受重用。先為太僕，太初二年（前103年）繼石慶為丞相。）他的兒子公孫敬聲接替了其太僕的職務，父子並居公卿位，一時寵貴莫比。但公孫敬聲“將家族親貴之勢”，“驕奢不奉法”，擅自挪用“北軍錢千九百萬”，案發後被捕。公孫賀向武帝請求以立功贖子罪，自請追捕早被通緝但一直未歸案的陽陵大俠朱安世以交換兒子。朱安世被公孫賀捕得後，仰天大笑：“你殺我一個，我滅你一族。”於是自獄中上書首告，“舉報公孫敬聲與陽石公主私通，及使人巫詛上，於皇宮甘泉馳道埋偶人，詛咒皇帝。” 徵和二年春正月，公孫賀被捕下獄。後，公孫賀父子死在獄中，被滅族。數月後，衛皇后的女兒諸邑公主、陽石公主皆坐‘巫蠱’死。公孫賀一案，遂成為點燃巫蠱大案和長安政變的導火索。
在糾治公孫賀案時，武帝已染病。長安“獨皇后、太子在”。但是，武帝卻不信任他們，而把糾治公孫賀案的責任，全權委託給了新任丞相劉屈氂和御史章贛。具體察辦此案的則是一個政治背景複雜可疑的寵臣江充。（江充是趙國邯鄲人，本出身於市井無賴。年輕時他將貌美的妹妹嫁給趙太子劉丹而成為趙王的座上客。後又與趙太子發生齷齪，即入長安舉報太子丹有種種不法事。根據江充的舉報，趙太子獲罪死獄中。）漢武帝讚許江充，任命他以謁者的官職出使匈奴。江充在匈奴中活動了近一年。歸後得到重用，武帝委任他擔任欽差無定所的檢查官“直指繡衣使者”，負責京師治安，“督三輔盜賊，禁察逾制”。
公孫賀案結束後，武帝為疫病所困，長居遠離長安的甘泉宮中。江充目睹武帝已年老，怕他死後太子繼皇位報復自己，在丞相劉屈氂的支持下，決定借公孫賀一案羅織陷害太子和衛皇后（衛子夫）。他面見武帝，說武帝生病的原因是由於遭受巫蠱。於是武帝授權江充成立專案，對“巫蠱”徹查。案子愈查愈大，以致武帝“疑左右皆為蠱詛”。江充乘機指使胡巫檀何欺騙武帝說：“皇宮中大有蠱氣，不除之，上疾終不差（病不愈）。”武帝相信其言，指令江充入宮窮治。江充接受在長安大規模調查“巫蠱”一案的指令後，任用了一批來自匈奴和西域的“胡巫”。（值得注意的是，這些胡巫多來自漢朝的敵國匈奴。）“胡巫”與江充相勾結，羅織陷害，株連牽引數萬人，通過查“巫蠱”，把一個長安城搞得烏煙瘴氣。
最終，則將調查矛頭引向皇宮中的衛太子和衛皇后。結果，江充果真在太子宮中掘出了桐木人和寫有咒語的帛書，他得意洋洋地宣告：“於太子宮得木人尤多，又有帛書，所言不道，當奏聞。”其實，太子宮及皇宮中所發現的巫偶，全部都是江充指使胡巫及宮人所預先設置。眼看冤案就要羅織到自己和母親衛皇后身上，太子情急，徵求左右幕僚的意見。太子少傅石德勸太子劉據誅殺江充。他說：“先前的公孫賀父子、兩位公主及衛伉家人都已受陷害被殺。現在胡巫又來陷害太子，已挖到了木偶。皇上不會知道這是胡巫所設計，會認為我們真在詛咒他，我們無法自白洗清。與其坐而等死，不如動手殺掉江充和胡巫。難道太子忘掉前朝秦太子扶蘇受冤而死的事情了嗎？”石德用秦太子扶蘇的悲劇警示劉據，並指出衛皇后及太子都已失去武帝信任。太子回答師傅：“我是皇上的兒子，不能這樣擅自去做。我還要見皇上陳情。”太子仍想面見武帝，陳情辯白。但是，太子晉見武帝的途徑早已被江充封堵。而江充則通過他們不斷誣陷太子，向武帝報告太子要造反且“反形已具”。當發現自己已無可能面見皇帝后，面臨生與死的選擇，劉據不得不採用了石德的話，下決心除掉江充。徵和二年七月，太子命客詐稱武帝使者，帶兵將江充逮捕。江充的助手按道侯韓說拒捕被殺死。
太子將全部怒火集中於江充，親自監臨，將其斬首。臨刑前，他責斥江充：“趙虜！亂乃國王父子不足邪！乃復亂吾父子邪！”與此同時，又將協助江充製造巫蠱案的胡巫燒死於上林苑中。匈奴背景的胡巫在巫蠱一案中扮演了一種神秘而重要的角色。他們是否具有政治背景，史未明言，我們今日也難以深考。
太子殺掉江充後，並沒有就此罷手。他派兵攻入丞相府，去捉拿幕後指使江充的丞相劉屈氂。但是，劉屈氂逃脫了。他派右丞相（丞相長史）乘驛站車馬直奔甘泉宮向武帝告變。同時，江充的另一個助手御史章贛在混亂中受傷突圍，逃到甘泉宮向武帝告變。武帝在甘泉宮起初聽到章贛等來告變，尚不認為是太子發動叛亂，而認為可能是江充逼太子過甚，所以太子殺掉了江充。直到丞相劉屈氂來報，他才相信太子實際是謀反叛亂，可能要篡位奪權。
於是，武帝下令丞相劉屈氂率正規軍殺回長安，討伐太子。武帝為此賜璽書說：“捕斬反者，自有賞罰。以牛車為櫓，毋接短兵，多殺傷士眾。堅閉城門，毋令反者得出。”接著，武帝本人也由甘泉宮來至長安城西的建章宮，親自指揮對太子的軍事行動。武帝下詔發三輔近縣兵馬以及朝中二千石以下官員，統由丞相統帥，討伐太子。並遣使收繳衛皇后璽綬，迫使皇后衛子夫含憤自殺。太子除長安宮中衛隊外，手中並無正規軍隊。他曾派人調任安指揮的北營軍馬，但任安接受調令後卻緊閉營門，拒絕出兵。（任安是衛青舊部。由於他接受了太子的調令，儘管沒有出兵，武帝認為他首鼠兩端，後來還是殺了他。臨死前他曾寫信給好友司馬遷求救，司馬遷回信即著名的《報任安書》。）太子手中無軍隊，只能以皇帝名義“矯制”釋放長安中都官獄中關押的數萬罪徒，散給武庫兵器，命石德統帥，與劉屈氂指揮的正規軍對戰。太子劉據以仁善知名，在民間比較得人心。他殺江充的舉動得到長安市民的支持，許多市民參與了太子的軍隊。太子軍與丞相劉屈氂率領的政府軍“合戰五日，死者數萬人，一時間，長安城內，刀光劍影，殺聲震天，血肉紛飛。經過五天的動亂和廝殺，太子被擊敗，不得不逃離長安。漢武帝下旨嚴令各地緝拿。
衛太子劉據
太子帶著家人逃亡至湖縣（今河南靈寶西），藏在泉塢裡一戶友人家。主人家貧，讓家人織草鞋，為了生計，太子使人去尋覓一個富裕的故人，結果被朝廷派出的密探發覺，太子遭到地方官吏的圍捕。縣卒張富昌破門而入，太子不願被捕後遭受小吏的欺辱，上吊自盡。其友人與來兵格鬥而被殺害，跟隨太子的兩個皇孫也在混亂中被殺死。捕太子的地方官新安令史李壽及張富昌皆因此立功封侯。
巫蠱之禍，延綿數年，牽連誅死者有皇太子、衛皇后，公孫賀及劉屈氂二丞相，諸邑、陽石二公主及三皇孫，還牽涉到許多公卿大臣和重要人物，如江充、韓說、章贛、蘇文、石德、趙破奴、任安、朱安世等，都城長安在這次政治動亂中致死者數以萬計。其結果，導致了漢帝國統治上層一次嚴重的政治危機，釀成武帝后期政局空前之鉅變。
後續：
後來，漢武帝派人調查，才知道衛皇后和太子劉據從來沒有埋過木頭人，這一切都是江充蘇文等人栽贓陷害。在這場禍亂中，他死了一個太子和兩個孫子，又悲傷又後悔。於是，他就下令滅了江充的宗族，宦官蘇文被活活燒死。其他參與此事的大臣也都被處死。最後，漢武帝越想越難過，就派人在湖縣修建了一座宮殿，叫作“思子宮”，又造了一座高臺，叫作“歸來望思之臺”，藉以寄託他對太子劉據和那兩個孫子的思念。
在後續：
“巫蠱之禍”爆發時，太子劉據、史良娣、史皇孫、王夫人和這一家族的其他人先後遇害，只有年僅一歲的劉據之孫劉病已保住了一條活命，被送進了監獄。後來有人說長安獄中有天子氣，武帝命令處死所有犯人，典獄官邴吉據理力爭，保住了劉病已的性命。第二天武帝就撤銷了這道命令。由於他還是個嬰兒，邴吉在獄中挑選兩位女囚做他的奶孃。
漢宣帝劉病已
劉據一案平反後，在劉病已5歲這年，邴吉再一次把他抱上了自己的車座，送到了魯國他的祖母史良娣家族寄居。史良娣的母親貞君對這個可憐的孩子非常疼愛，不顧年老體衰親自照料他的生活。邴吉還及時將劉病已已被赦免的消息上報給了掖庭宮廷官署。從此，劉病已的名字被記在了宗室的族譜上，他的生活費用也全由朝廷提供。這時的掖庭令張賀，原來曾當過太子劉據的家吏，顧念主人的舊恩，對這位皇曾孫關懷備至。他用自家的私錢為劉病已延師受學。眼看劉病已一天天長大，掖庭令張賀開始為這個落魄皇孫的終身大事著急，為劉病已聘下了掖庭監獄的典獄長許廣漢的女兒許平君為妻（即後來的許皇后）。於是，17歲的落難皇孫劉病已娶了許平君，一年後就有了兒子劉奭（即後來的漢元帝）。
前74年，漢昭帝（武帝小兒子）駕崩，其侄子昌邑王劉賀被擁立為帝。27天后，劉賀因荒淫無道被大將軍霍光（大將霍去病的弟弟）廢黜。時任光祿大夫的邴吉此時向霍光推薦劉病已，於是時年19歲的劉病己成為皇帝，是為漢宣帝(就這樣，時隔18年，故太子劉據的血脈又繼承了劉氏江山)。
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