清順治元年（公元1644年），滿清攝政王多爾袞在吳三桂開關獻城的情形下，率大軍南下幫助吳三桂擊敗了李自成的大順軍，消息剛傳到南明小朝廷時，許多明朝官員甚至歡欣鼓舞，稱讚吳三桂有計謀，居然使得驅虎吞狼之計，能夠借來清軍為崇禎皇帝報仇。
清軍入關時形勢
可惜他們想的還是太天真了，在赫圖阿拉山溝裡出來的滿清政權被中原富饒的花花江山晃花了眼，來了就不肯走了，在滿清封官拜爵的刺激下，原本與起義軍一接即潰的原大明官軍也變得作戰勇敢起來，在以吳三桂、耿精忠、尚可喜為首的漢族藩王率領之下（還有一個被李定國幹掉的孔有德），滿清平定了南明各部的割據勢力，基本統一原明朝管轄範圍。
而在北方地區，從努爾哈赤時期就已經拉攏科爾沁蒙古，皇太極時期則擊敗了喀爾喀蒙古，收編了林丹汗的領地和部落，因為皇太極的突然去世和對中原地區的作戰，所以西北地區依舊是蒙古貴族的勢力範圍。
準噶爾汗國
在西北地區佔據統治地位的當時是西部蒙古衛拉特部，在清朝他們也叫做厄魯特部，而在明朝時期他們有個響亮的名字叫做瓦剌，他們在天聖可汗也先的帶領下，在土木堡幾乎是全殲了明英宗朱祁鎮親率的五十萬大軍，並俘獲了明英宗，隨後他們抓著明英宗叩關並直逼北京城下，關鍵時刻於謙（不是抽菸、喝酒、燙頭那位）組織了北京保衛戰，又為大明續命一百多年，但是正是土木堡之變它使得武將與勳爵的精英基本損失殆盡，破壞了朱元璋設想的文官、武將、勳爵相互制約的權力平衡，間接造成了後期明朝文官政治的輝煌，有人說明亡於萬曆或是嘉靖，其實在土木堡之後，明朝的滅亡的病根已經埋下了。
土木堡之變
康熙年間，準噶爾部出了一位傑出的人物，他的名字叫做噶爾丹，源自於藏語“甘丹”，是“兜率天”的意思，兜率天是藏傳佛教經典裡釋迦牟尼成佛之前住的地方，也是未來佛彌勒佛居住的地方，在道教傳說裡太上老君就住在三十三天裡的兜率宮裡，也算是異曲同工之妙。
噶爾丹
噶爾丹生於順治元年，也就是與清軍入關一年，他的父親是準噶爾部的著名領袖巴圖爾琿臺吉，藏蒙二族都是信仰喇嘛教，噶爾丹不到十歲的時候，西藏地區的黃教上層特意派人前往準噶爾部，認定噶爾丹是西藏一位大能的轉世靈童，隨後便帶噶爾丹到日喀則的扎什布倫寺學習佛法。
但是噶爾丹開始並不是汗位的繼承人，直到他的哥哥僧格被對頭的車臣汗部落派人刺殺，噶爾丹則從黃教還俗，並在黃教的支持下當上了部落首領，並且積極備戰，終於擊敗了刺殺僧格的車臣汗及卓特巴巴圖爾的勢力，並在眾人的擁戴下登上了準噶爾汗的位子。
噶爾丹部落
而這時候的康熙也是非常忙碌，先是除鰲拜，後來又是撤三藩，然後又是收復臺灣，好一陣忙碌，雖然也聽聞西北的準噶爾部有些動靜，無奈鞭長莫及，再加上精力有限，也就沒顧得上。
好不容易等到中原無事，還沒等康熙收拾噶爾丹呢，噶爾丹這邊就又捅婁子，在俄國政府的支持和慫恿之下，噶爾丹派兵喀爾喀蒙古的土謝圖汗部，後來更是藉口追擊土謝圖汗部的人馬，進入到清政府直轄的區域烏珠穆沁附近，與清政府軍發生了軍事磨擦。
康熙
筆者曾經在《漢武帝的軍事眼光獨到，首開經營西域，後世盛世王朝都照此辦理》一文中曾經提到過，自古華夏王朝的威脅都是來自北方，不是東北就是西北，清政府的老巢在東北地區，所以西北地區的蒙古人是他們防範的重中之重，滿清對蒙古一直實行抑制政策，終滿清一朝，蒙古人口也未能突破百萬之眾。
康熙二十九年(公元1690年)，康熙帝玄燁親率大軍於烏蘭布通與噶爾丹交戰，後來又經過兩次決戰，終於擊敗噶爾丹的勢力，噶爾丹眾叛親離，其侄子策妄阿拉布坦也背叛了他佔據了他的根據地伊犁，並投靠康熙兩面夾擊，噶爾丹在絕望中服毒自殺。
雍正
後來雍正時期策妄阿拉布坦也背叛中央朝廷，雍正派大將年羹堯平定，此後準噶爾時戰時和，最後在乾隆二十二年（公元1757年）徹底平定準噶爾部，共歷時三朝68年，中央政府完全消除叛亂，維護了帝國的領土完整。
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