汉武帝征和二年（前91年），宫中发生了巫蛊之祸，卫太子刘据被诬陷。丙吉因为原来是廷尉右监被征召到朝廷，汉武帝命他治理巫蛊。当时皇曾孙刘询（即汉宣帝）刚刚出生几个月，受牵连被关在狱中。丙吉在参与审理此案时，心知太子蒙冤，他几次为此陈情，都被武帝呵斥，他同情刘询的无辜，挑选谨慎厚道的女囚徒，命令她们护养刘询。
丙吉的朋友生怕他为此遭祸，多次劝他不要惹火烧身，而且说：“太子一案，是皇上钦定的，避之尚且不及，你何苦对他的孙子优待有加？这要是传扬出去，只怕会怀疑你是太子的同党了？''
丙吉却坚定地说：“做人不能处处讲究心机，不念仁德。皇曾孙还是个娃娃，他何罪之有？我不忍心，纵是惹上祸患，我也顾不得了。”
后元二年（前87年），武帝病重，又听望气之人说长安狱中有天子之气，于是便下令将长安的罪囚一律处死。内谒者令郭穰夜晚到皇曾孙所在的牢狱，丙吉却不放郭穰进去。他气愤道：“无辜者尚不致死，何况皇上的曾孙呢？我不会让你们这样做的。 ”
使臣劝他道：“此乃皇上旨意，你抗旨不遵，岂不自寻死路？你太愚蠢了！''
丙吉誓死抗拒使臣，决然道：“我非无智之人，这样做只为保全皇上的名声和皇曾孙的性命。事急如此，我若稍有私心，大错就无法挽回了。 ” 双方相持到天明，郭穰不能进去，于是回去报告武帝，并弹劾丙吉。汉武帝长久无声，后长叹说：“这也许是天意吧。 ”他没有追究丙吉的事，反而从此有了不少悔意。他下诏大赦天下罪人，丙吉所管的犯人因他才都得以幸存。
多年之后，皇曾孙刘询当了皇帝，是为宣帝。丙吉却绝口不提先前他对宣帝的恩德，知晓此情的家人曾对他说：“你对皇上有恩，若是当面告知皇上，你的官位必会升迁。这是别人做梦都会想得到的好事，你怎么能闭口不说呢？''
丙吉微微一笑，叹息说：“身为臣子，本该如此，我有幸回报皇恩一二，若是以此买宠求荣，岂是君子所为？这样的心思，我向来不考虑。 ”
后来宣帝从别人口中知晓丙吉的恩情，大为感动，敬重之下，封丙吉为博阳侯，食邑一千三百户。最后官至承相。
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