漢武帝徵和二年（前91年），宮中發生了巫蠱之禍，衛太子劉據被誣陷。丙吉因為原來是廷尉右監被徵召到朝廷，漢武帝命他治理巫蠱。當時皇曾孫劉詢（即漢宣帝）剛剛出生幾個月，受牽連被關在獄中。丙吉在參與審理此案時，心知太子蒙冤，他幾次為此陳情，都被武帝呵斥，他同情劉詢的無辜，挑選謹慎厚道的女囚徒，命令她們護養劉詢。
丙吉的朋友生怕他為此遭禍，多次勸他不要惹火燒身，而且說：“太子一案，是皇上欽定的，避之尚且不及，你何苦對他的孫子優待有加？這要是傳揚出去，只怕會懷疑你是太子的同黨了？''
丙吉卻堅定地說：“做人不能處處講究心機，不念仁德。皇曾孫還是個娃娃，他何罪之有？我不忍心，縱是惹上禍患，我也顧不得了。”
後元二年（前87年），武帝病重，又聽望氣之人說長安獄中有天子之氣，於是便下令將長安的罪囚一律處死。內謁者令郭穰夜晚到皇曾孫所在的牢獄，丙吉卻不放郭穰進去。他氣憤道：“無辜者尚不致死，何況皇上的曾孫呢？我不會讓你們這樣做的。 ”
使臣勸他道：“此乃皇上旨意，你抗旨不遵，豈不自尋死路？你太愚蠢了！''
丙吉誓死抗拒使臣，決然道：“我非無智之人，這樣做只為保全皇上的名聲和皇曾孫的性命。事急如此，我若稍有私心，大錯就無法挽回了。 ” 雙方相持到天明，郭穰不能進去，於是回去報告武帝，並彈劾丙吉。漢武帝長久無聲，後長嘆說：“這也許是天意吧。 ”他沒有追究丙吉的事，反而從此有了不少悔意。他下詔大赦天下罪人，丙吉所管的犯人因他才都得以倖存。
多年之後，皇曾孫劉詢當了皇帝，是為宣帝。丙吉卻絕口不提先前他對宣帝的恩德，知曉此情的家人曾對他說：“你對皇上有恩，若是當面告知皇上，你的官位必會升遷。這是別人做夢都會想得到的好事，你怎麼能閉口不說呢？''
丙吉微微一笑，嘆息說：“身為臣子，本該如此，我有幸回報皇恩一二，若是以此買寵求榮，豈是君子所為？這樣的心思，我向來不考慮。 ”
後來宣帝從別人口中知曉丙吉的恩情，大為感動，敬重之下，封丙吉為博陽侯，食邑一千三百戶。最後官至承相。
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