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生物治水
用孔石藥和對蝦混養髮現孔石藥能吸收大量氮磷營養液，提高溶解氧含量，從而起到淨水功能；利用石藥淨化養殖循環水，發現除去氮磷的效率很高，並且回收的藻類又可以當魚貝類的餌料。由此可見，魚菜共生、魚藻共生實現了水產養殖的無廢化。另外，介紹幾種有效防治養殖自身汙染的方法：微生物修復法、水生植物修復法、水生動物修復法。
①微生物修復。在廢水處理、固體廢棄物處理等環境汙染防治方面微生物具有廣泛的應用。水產養殖業中，將芽孢桿菌安全有效運用到富營養化水質以及加強利用具有修復水體底質功能的微生物來控制底泥汙染是微生物修復手段所要研究的重要方向之一。
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②水生植物修復。水生植物通過控制底泥營養鹽的釋放、吸收水體中過剩的營養物質以及剋制浮游藻類的生長這三種方式對養殖水體進行修復。
③水生動物修復。“生物操縱”為水生動物修復常用的知識體系。它以改變魚類的共養種類以及密度來改善養殖環境的體系，例如，增加兇猛性水生生物的放養，以降低主要以浮游動物為食物的水生生物種群密度，使浮游植物生物量下降，進而改善了水質。
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合理規劃
實際調研所需水域情況、功能等，分析其對各營養元素如氮、磷等的實際負載的能力，以此為依據來計算養殖容量，實現對水域的科學規劃，並且在該條件下合理安排水產品種類密度、養殖的結構，從而使水體可持續利用。
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富營養化的治理
一是重視殘餌回收工作，然後用吸收泥質、投放石料、撒生石灰等方式改變底質。
二是在養殖的空閒期間，清理掉多餘的淤泥，保持池底的乾燥，最大限度地消除殘餌長期以來淤積而引發的富營養化。另外可以通過以魚養水，調控浮游生物的結構，降解氨氮。
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使用生態營養學飼料
為提高蛋白質的利用率，可以在飼料的組成中加入易消化的碳水化合物；為了減少飼料中氮的排洩應使飼料中的能量值與蛋白質的含量形成最佳的配比。適當添加植酸酶能夠促進對磷元素的吸收。另外，合理的投餵標準也很重要，它可以減少廢棄物的產生。
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合理使用藥物
在施用藥物的時候，必須考慮到其對養殖水體的影響，因此要減少藥物的使用量並且儘可能地使用天然藥或是綠色水產藥品以保持養殖水域的生態平衡。
水產養殖業不僅僅是一項漁業經濟開發，在提倡綠色經濟發展的今天，它與水資源的合理利用和保護緊密相連。而要實現綠色經濟和可持續發展的道路，必須重視水產養殖自身汙染所引起的環境問題，加強生態水產養殖基礎理論的研究，創新新技術和生產模式，建立低耗、無汙染的綠色水產養殖生態經濟體系。同時，對於水產養殖者，更要加強對他們環境生態方面的教育，使其意識到綠色水產養殖的重要性。
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