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生物治水
用孔石药和对虾混养发现孔石药能吸收大量氮磷营养液，提高溶解氧含量，从而起到净水功能；利用石药净化养殖循环水，发现除去氮磷的效率很高，并且回收的藻类又可以当鱼贝类的饵料。由此可见，鱼菜共生、鱼藻共生实现了水产养殖的无废化。另外，介绍几种有效防治养殖自身污染的方法：微生物修复法、水生植物修复法、水生动物修复法。
①微生物修复。在废水处理、固体废弃物处理等环境污染防治方面微生物具有广泛的应用。水产养殖业中，将芽孢杆菌安全有效运用到富营养化水质以及加强利用具有修复水体底质功能的微生物来控制底泥污染是微生物修复手段所要研究的重要方向之一。
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②水生植物修复。水生植物通过控制底泥营养盐的释放、吸收水体中过剩的营养物质以及克制浮游藻类的生长这三种方式对养殖水体进行修复。
③水生动物修复。“生物操纵”为水生动物修复常用的知识体系。它以改变鱼类的共养种类以及密度来改善养殖环境的体系，例如，增加凶猛性水生生物的放养，以降低主要以浮游动物为食物的水生生物种群密度，使浮游植物生物量下降，进而改善了水质。
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合理规划
实际调研所需水域情况、功能等，分析其对各营养元素如氮、磷等的实际负载的能力，以此为依据来计算养殖容量，实现对水域的科学规划，并且在该条件下合理安排水产品种类密度、养殖的结构，从而使水体可持续利用。
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富营养化的治理
一是重视残饵回收工作，然后用吸收泥质、投放石料、撒生石灰等方式改变底质。
二是在养殖的空闲期间，清理掉多余的淤泥，保持池底的干燥，最大限度地消除残饵长期以来淤积而引发的富营养化。另外可以通过以鱼养水，调控浮游生物的结构，降解氨氮。
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使用生态营养学饲料
为提高蛋白质的利用率，可以在饲料的组成中加入易消化的碳水化合物；为了减少饲料中氮的排泄应使饲料中的能量值与蛋白质的含量形成最佳的配比。适当添加植酸酶能够促进对磷元素的吸收。另外，合理的投喂标准也很重要，它可以减少废弃物的产生。
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合理使用药物
在施用药物的时候，必须考虑到其对养殖水体的影响，因此要减少药物的使用量并且尽可能地使用天然药或是绿色水产药品以保持养殖水域的生态平衡。
水产养殖业不仅仅是一项渔业经济开发，在提倡绿色经济发展的今天，它与水资源的合理利用和保护紧密相连。而要实现绿色经济和可持续发展的道路，必须重视水产养殖自身污染所引起的环境问题，加强生态水产养殖基础理论的研究，创新新技术和生产模式，建立低耗、无污染的绿色水产养殖生态经济体系。同时，对于水产养殖者，更要加强对他们环境生态方面的教育，使其意识到绿色水产养殖的重要性。
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