雖然稅法上制定了代扣代繳、代收代繳的扣繳義務人，可是代為扣繳稅款畢竟是幫著國家在忙活，如果沒一點回報的話，僅憑法律、行政規定恐怕難以讓大家滿意，扣繳的積極性也難以維護，於是財行[2005]365號 《關於進一步加強代扣代收代徵稅款手續費管理的通知》就明確規定：
法律、行政法規規定的代扣代繳、代收代繳稅款，稅務機關按代扣、代收稅款的2％支付。 但是扣繳義務人取得這筆稅款應該如何入賬、是否繳納流轉稅及所得稅，一直存在爭議，這麼多年，國家層面上一直也沒有明文規定是否該徵稅，從各地區稅務局的實踐來看，也存在著很多差異，本人不揣淺陋，發表拙見如下：
一、扣繳義務人取得的扣繳手續費應該繳納增值稅
扣繳義務人實行扣繳手續，並非絕對意義上的義務，同時也取得了一定的回報，在這裡可以把稅務機關當做委託人，扣繳義務人也就成了受託人，二者就成了一種代理關係，執行代理業務也就順理成章的成為一種服務，可以按照經紀代理服務確定納稅義務。舉兩個例子：
1、甲企業為一般納稅人，本月收到代扣個稅手續費10600，分錄如下：
借：銀行存款 10600
貸：其他業務收入 10000
應交稅費-應交增值稅（銷項稅額）600
2、乙企業為小規模納稅人，本月收到代扣個稅手續費5150元，分錄如下：
借：銀行存款 5150
貸：其他業務收入 5000
應交稅費-應交增值稅 150
結轉成本略
二、企業取得的扣繳手續費應該繳納企業所得稅
《財政部國家稅務總局中國人民銀行參考關於進一步加強代扣代收代徵稅款手續費管理的通知》（財行[2005]365號）。第三項第六條規定“三代”單位所取得的手續費收入應該單獨核算，計入本單位收入，用於“三代”管理支出，也可以適當獎勵相關工作人員。
上述文件明確規定了手續費列為收入，用於支出，這就有了收入和成本核算的基礎，而且看文件規定，還有這專款專用的意思，但是實務中收入容易核算，支出哪有那麼清晰啊，代扣稅款辦理的費用和企業正常跑稅務辦事的費用很難清楚劃分，就算是用該筆收入獎勵相關工作人員恐怕和正常的工資、福利、獎金也沒有那麼涇渭分明吧，非要搞得那麼清楚難免加重企業核算的負擔，事實上也沒什麼單位獎勵給相關參與扣繳人員，這容易導致內部的不和諧，引起團結問題。
但是，手續費支出核算的不清晰不代表企業總體成本費用核算不準確，還是應該繳納企業所得稅。但是實際上，作為企業所得稅的納稅主體，可不僅僅包括一般意義上的公司，其他的事業單位、經濟組織、社會團體可都是名義上的企業所得稅納稅人，請問這些事業單位、經濟組織、社會團體可曾就扣繳手續費收入繳納過企業所得稅？
實務上，稅務局對手續費收入是否繳納企業所得稅這一塊基本上放任不管，畢竟沒有文件的明確規定，可一般公司的賬務處理上如果進入了損益類科目，不就順理成章的成為應稅所得了嗎？畢竟沒有文件規定該收入為不徵稅和免稅收入
三、個人取得的代扣代繳手續費免徵個稅，但是企業取得的扣繳手續費獎勵給個人那不能免徵個稅
有很多人都說，根據財稅【1994】20號文規定，企業將扣繳手續費獎勵給個人可以免徵個稅，可我查了這個財稅【1994】20號文，原文可不是這麼說的。
二、下列所得，暫免徵收個人所得稅
（一）外籍個人以非現金形式或實報實銷形式取得的住房補貼、伙食補貼、搬遷費、洗衣費。
（二）外籍個人按合理標準取得的境內、外出差補貼。
（三）外籍個人取得的探親費、語言訓練費、子女教育費等，經當地稅務機關審核批准為合理的部分。
（四）個人舉報、協查各種違法、犯罪行為而獲得的獎金。
（五）個人辦理代扣代繳稅款手續，按規定取得的扣繳手續費。
（六）個人轉讓自用達五年以上、並且是唯一的家庭生活用房取得的所得。
請注意，是個人辦理代扣代繳收款手續，按規定取得的扣繳手續費免徵個稅，這和企業取得扣繳手續費後獎勵給個人那是兩個完全不同的概念，請不要曲解！我的理解，個人辦理代購代繳稅款手續，指的是作為扣繳義務人的個人，也只有扣繳義務人，才能按規定取得扣繳手續費。如果企業作為扣繳義務人，那麼企業辦理相關手續的人員就不能再稱之為扣繳義務人了，這種情況下，是企業取得扣繳手續費，而相關人員取得的是相關獎勵（如果有的話），這種獎勵是企業給的（可有可無），不是稅務局給的（稅務局給扣繳義務人手續費是必須的）。
當然了，如果有的個人作為扣繳義務人取得扣繳手續費，那是免個稅的，畢竟他本人扣繳稅款也是有一定支出的，而個人目前很難全員進行個稅彙算清繳
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