1900年6月，八國聯軍攻佔天津，局勢急劇變化。清朝中央以載漪、剛毅為代表，主張頑固排外政策，主導了朝政。光緒帝、榮祿與許景澄等剿拳和洋的主張，未被頑固派和西太后接受。在中央兩派爭鬥的同時，各省督撫也各持不同主張。以李鴻章、劉坤一、張之洞和袁世凱等結成一團，堅持對內鎮壓、對外議和。直隸總督裕祿、山西巡撫毓賢等則緊跟朝廷諭旨，撫拳仇洋。在這種情勢下，袁世凱與張之洞、劉坤一、盛宣懷等確定東南互保之策，穩定了大清半壁江山。
袁世凱一方面密切和榮祿聯繫，掌握了清朝中樞的政治動向，另一方面密切和李鴻章、劉坤一等地方督撫的聯繫，慎重從事，在清政府宣戰前後、政局尚不明朗之際，當他收到宣戰與撫團上諭後，他拿不定主意，急電李鴻章、劉坤一等商籌對策。在李鴻章率先聲明:“宣戰、招撫上諭，概系“矯旨，粵斷不奉”，劉坤一、張之洞宣佈長江流域“只有可剿之會匪，並無可招之義民”後，袁世凱確定了方略，宣佈山東境內的義和團己赴天津助戰，並無義民可招，只有可剿之匪徒。在《東南互保章程》簽訂後，袁世凱決定“南附，擁兵自衛”。終於選擇了東南互保，保障了山東的安寧，他保護山東的政治作用也得到東南封疆大吏的高度認可，成為日後的一大功勞。
在直隸地區的電線被毀壞之後，東南督撫的電報不能直達京師，南北方的電報得先發到濟南，然後轉呈中樞和分發給各地。山東因緣際會，成為上傳下達的樞紐，由於位置關鍵，又掌握了信息優勢，袁世凱成為一時風雲人物。據《容庵弟子記》中載“而直隸拳匪將東路電線拆斷，處處設卡阻攔，文報等均須繞越傳遞，困難已極……拳匪復將西路電線拆毀，招商局輪舶不能抵津。於是東南督撫電奏，悉請公(袁世凱)裁定繕發。”
面對這種情況，袁世凱採取了積極的應對方略，辛勤處理往來電文，保證了南北信息樞紐的暢通。一方面“與江、鄂兩督請傷各省修護電線”，另一方面“此數月中，東南電奏電商之件，電或日數萬字，奏或日數十件，均由東省轉遞。公戎略殷湊，機牙四應，目視手揮，至廢寢饋”。雖然《容庵弟子記》中的說法可能有些誇大，當時袁世凱保境安民、聯通南北的功績確實受到中外人士的一致好評。
當時有一則材料可以說明袁世凱的政治形象和聲望。在庚子事變後，東南督撫應列強的要求上書彈勃載漪、載勳、剛毅、載瀾、英年、趙舒翹等，要求嚴厲懲辦。劉坤一曾經比較過李鴻章的奏疏和袁世凱的不同特點，認為李鴻章“已發電奏，抵合聽之，然甚佩其魄力沈毅，第不若慰帥電意之婉轉，恐致留中耳”。這說明，在劉坤一眼中，袁世凱已經與李鴻章並駕齊驅。而與李鴻章相比，袁世凱更多了些靈活婉轉的手腕，更高一籌。
辛丑訂約期間，袁世凱也積極參與期間。當時清廷授予李鴻章為直隸總督，讓他處理訂約事宜。而“李公聞親貴用事政柄下移，徘徊滬上，遲疑不即進。公(袁世凱)與劉坤一、鄂督張之洞等合詞請政府授予李相以全權，就近與各國商緩進兵”。此外，袁世凱還聯絡劉坤一、張之洞等人請求清政府懲辦禍首，為《辛丑條約》的順利簽訂打下了基礎。
這一時期，傳教士李佳白對袁世凱有一個總結性的評價，他稱讚袁世凱“獨具慧眼，是非分明”。袁世凱也對這一時期自己的表現非常滿意，曾經對幕僚說:“此次變亂，各督撫中如無我輩四人(張之洞、劉坤一、李鴻章)嗜柱，國事尚可問乎?”
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