公元1646年，南明政权的局势越发不利，而对于郑芝龙郑成功父子来说，同样是一个艰难的决绝。最终，他们虽为父子、同为明臣，却做出了截然不同的选择，在郑成功等人群情高昂、渴望北伐的时候，郑芝龙却偷偷投降了清朝、受到世人的唾弃；他的子弟郑成功等人则带着部下相继下海，扛起了抗清的大旗。为什么父子二人做出了这样一个不同的选择呢？
郑芝龙从小追随自己的父亲下海经商，后来逐渐做大，成为了东南海域一带有名的商贾，甚至郑芝龙后来还隐隐有了海外华侨领袖的味道。也因此，郑芝龙得到了当时日本政府的重视，后来日本的诸侯之一松浦氏，亲自为他建新房，并将自己部下的女儿田川松嫁给了他。
在天启四年，田川松生下了长子郑森，也就是后来的郑成功；又过了五年，生下了次子七左卫门。
在日本期间，郑芝龙结识了福建人颜思齐，加入了海盗团伙。在郑成功出生的那一年，他们占据了台湾的北港，不仅从事海上经商，还化身海盗、建立了一支强大的海上势力。这不仅为后来郑成功收复台湾打下了基础，单从郑芝龙建立起的海上势力，可以说从其200年前郑和船队退出海上以后，郑芝龙又重新夺回了海上的主导权。
明朝政府无力剿灭郑芝龙，再加上荷兰殖民者的威胁，最终招降了郑芝龙。在公元1644年的时候，郑芝龙被南明政权封为南安伯，负责担任福建的抗清事项。
但很显然，郑芝龙并不想冒着风险来北伐，对于他来说：明朝清朝一回事，不就是换个主子吗？
在1646年，这只龙带着仅愿追随的五百士兵，投降了清朝，在他走的时候，郑成功还在苦苦劝求他。但是郑芝龙心意已决，被清朝的“闽粤总督”给迷住了眼，最终还是投向了清朝。而郑成功见父亲决意降清，只能含泪告别：若父亲一去不回，孩儿将来自当为父报仇。
随后，郑成功接过了抗清的大旗，而郑芝龙并未如愿成为什么“闽粤总督”，他一开始被编入清朝的汉军正红旗。当郑成功逐渐崭露头角的时候，郑芝龙便被清朝变相的软禁起来，想要以此来胁迫郑成功投降。
公元1661年，郑成功打败荷兰人，逐步收复台湾。而郑芝龙则被当时的清朝辅政大臣苏克萨哈下令斩杀，郑芝龙在北京的一家老小一个都没能留下。
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