太平天國運動堅持鬥爭14年,烽火燃及18省,先後攻克城池600餘座,建立了一個與清王朝相對峙10餘年的農民政權。所謂，一山不容二虎。太平軍最高指揮機構的6個王府,不僅行使政治、軍事指揮權,而且也行使宗教權威的獨特的權力機構
起初，楊秀清只是普通成員，還未站到反清鬥爭的前列。1847年2月底，馮雲山在桂平因帶領會眾搗毀廟宇入獄，洪秀全返回廣州營救。在這當口，拜上帝會突然受到地主勢力的迫害，會中又陷於沒有首腦主持的癱瘓狀態，人心動搖。
1851年2月，洪秀全在武宣東鄉登基，自封天王，封楊秀清為軍師，正式宣佈建立太平天國。
1851年底，洪秀全在永安分封諸王，楊秀清領東王封號，並擔任太平軍統帥，正式掌管兵權。
1852年4月，楊秀清指揮太平軍從永安勝利突圍，北取桂林，途中在龍寮嶺大峒山谷地成功伏擊並殲滅了清軍四個總兵共二千餘兵力。
1852年6月，為號召全國各地革命勢力合力反抗清王朝，楊秀清與西王蕭朝貴會銜發佈了《奉天誅妖救世安民諭》、《奉天討胡檄布四方諭》和《救一切天生天養諭》共三篇檄文，聲討清王朝。
1852年7月，楊秀清率太平軍圍攻長沙。2個月後，因長沙久攻不下，領導集團內部對下一步戰略行動產生分歧。楊秀清分析形勢，提出進軍江南的戰略方針，得到了包括天王洪秀全在內的大多數領導人贊同
進駐南京後，楊秀清首先整頓營規，立法安民。待洪秀全抵達後，他與洪秀全商定，正式宣佈改南京為天京，並定都於此，正式建立起與清王朝相對峙的太平天國農民革命政權。
1853年5月，楊秀清由天京分派兩路精兵，分別北伐京師和西征湘贛。 [6] 北伐軍後因孤軍深入，缺乏後援，於1855年在山東馮官屯全滅。而西征軍前鋒在1854年初曾抵達湘潭，遭遇曾國藩湘軍後連遭重挫，從湘潭一路退守到湖口。關鍵時刻，楊秀清命翼王石達開前往增援，並於1854年底取得了湖口大捷，西征軍藉機重新攻佔湖北、江西的廣大地區。
1853年底，在太平軍主力投入北伐和西征戰場的時候，清軍開始在天京外圍囤積兵力，構建江北、江南兩座大營，並對天京發動不間斷的進攻。為改善天京處境，楊秀清決定從西征戰場抽調部隊，摧毀兩座大營。1856年2月，燕王秦日綱破江北大營。連月征戰下，這支部隊十分疲勞，破江北大營後秦日綱本想率兵迴天京休整，但楊秀清考慮到江南大營勢孤，應一鼓作氣將其攻下，於是嚴令秦日綱繼續進攻江南大營，即使陳玉成、李秀成申述也沒能動搖他的決心。1856年6月，太平軍攻破江南大營，威脅天京長達3年的江南、江北兩座大營終被摧毀。
1856年太平軍攻破江南大營後，楊秀清聲望一時無兩，集教權、政權、軍權於一身的他實質上已經是太平天國的最高統治者
但是就是這樣一個風雲人物卻有著悲壯的結局，可能是對權力的慾望過於膨脹才導致了這場霍亂的發生！
自1853年建都天京後，楊秀清頻繁使用代天父傳旨的特權，其中大多是為了處理內部矛盾，排擠異己。 1856年8月，在指揮太平軍攻破江南大營後，楊秀清以此大功為由，假借代天父傳旨，要求洪秀全把他由“九千歲”加封為“萬歲”。以此事為引，內官統領陳承瑢向洪秀全告密，說楊秀清要謀朝篡位。洪秀全得知後立刻派出密詔，讓領兵在外的北王韋昌輝、翼王石達開等人返回天京誅殺楊秀清。
1856年9月2日，天京事變爆發，韋昌輝乘夜率三千兵眾突襲東王府，楊秀清及其家屬、部眾幾乎盡遭屠戮。
太平天國軍師洪仁玕評論說：“過去東王在世時，拓土開疆，猶有日闢百里之勢，而今進寸退尺，戰勝攻取，大遜於往時
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