中世紀是宗教佔統治地位的時代，宗教對人生活的方方面面都產生了影響，醫療當然也不例外。基督教會醫學和人類醫學一起構成了中世紀醫學。教會醫院是宗教功能的延伸，僧侶、修士充當著醫生的角色。如果你生病了，他們會帶你一起祈禱企求上帝的寬恕，因為他們深信生病是上帝對做錯事情的你的懲罰。這種精神療法可能會起作用，但是真正治好病的可能性不大。比較經典的案例就是，中世紀教廷遭遇黑死病時，發佈的治療方案是以祈禱反思罪孽為主，輔以防止神發怒的手段是將屠殺猶太人。正因為醫學處於附屬物尷尬地位，唯一的外科技巧放血療法自然也由教堂的神職人員操刀。而且在14世紀的醫療實踐混合著宗教信仰、無知和徹頭徹尾的騙術。流傳下的中世紀處方中有這樣一條：剪下《聖經》中的一段經文，用羊皮紙《聖經》把它磨碎，融在酒裡喝下去。這樣的治療方法當然對患者的疾病毫無幫助，僅僅能夠給虔誠的宗教信徒帶來點心理上的小小安慰罷了。
基督教的所謂診療方法，主要還是以宗教價值觀為為指導的自我修行主義，比如苦行、禁慾、節制以及自罰贖罪之類，除了心理暗示外並沒有多少實際意義。而中世紀醫療的三大獨門絕技：—放血、灌腸、催吐。中世紀的痔瘡病，又叫“聖菲亞克病”。因為那時的人們認為，之所以會得這種病，是因為沒有敬痔瘡神聖菲亞克的緣故。所以對痔瘡患者有兩種治療方法，一種是將他們送到愛爾蘭一座7世紀的修道院，讓他們坐在那塊著名的“聖菲亞克岩石”上。再比如尿檢此尿檢非彼尿檢，如今尿檢都要一道道的工序。中世紀的尿檢很簡單，“醫療人員”把病人的尿液放在陽光下，通過判斷尿液的顏色、氣味的，有的乾脆嘗一口味道。再根據他們所謂的“體液平衡”，再對病人治療。不光平民皇室也一樣，路易十四一生接受過上千次灌腸。快活王查理二世的死亡過程不僅不快樂還非常痛苦——醫生給他灌腸到幾近脫水，前前後後放血出三千毫升的血液，還在額頭上燙出幾個大水泡再把它戳破。總之即使技術有限，醫生們也不會閒著，必須做點什麼以表示在積極搶救。查理二世就這樣飽受折磨地離開了。
由於經濟衰敗和宗教的介入，基本放棄了源自希臘與羅馬的已經比較成體系的醫學理論，將它們拆解“自助式的小冊子”的行諸於世，摒棄了理論知識，僅簡要的記載診斷方法和治療方法，這無疑極大限制了醫學的發展，直到14世紀的翻譯運動興起，這一局面才得以改觀。醫院可以算中世紀時期醫學的一個閃光點，但，這時期的醫院是被基督教會所壟斷，限於教義以及技術，此時的醫院並沒有什麼介入性的治療措施，而是“接受洗禮、尊嚴地死去遠比多方施救回光返照來得重要”。但奉行巫術治病也是中世紀醫療的一大奇景。尤其是在催情以及房事類病症的治療上，中世紀醫術異想天開的程度令人震驚。比如中世紀曾經盛行的避孕藥方是將毛蜘蛛腦袋裡的兩條蟲子取出捆綁在鹿皮裡做護身符，很多婦女相信護身符的作用，但腹中仍舊珠胎暗結。當然，中世紀的愚昧結束於文藝復興，許多能提出真知灼見的聰明人也逐漸出現。解剖學之父安德雷亞斯·維薩里為了清除人體結構，夜裡盜屍，點著油燈偷偷解剖了一具具或許還沒斷氣的身體，終於匯成了《人體的結構》這本改變了外科學的著作。牙醫威廉·莫頓首次在外科手術中使用乙醚麻醉，併成功完成了首場麻醉手術，醫生們終於結束了趕急趕忙做手術的時代。截肢再也不是一斧頭的事情。
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