股權轉讓計稅依據明顯偏低的判定方法如下:
①申報的股權轉讓收入低於股權對應的淨資產份額的。其中,被投資企業擁有土地使用權、房屋、房地產企業未銷售房產、知識產權、 探礦權、 採礦權、股權等資產的，申報的股權轉讓收入低於股權對應的淨資產公允價值份額的;
②申報的股權轉讓收入低於初始投資成本或低於取得該股權所支付的價款及相關稅費的;
③申報的股權轉讓收入低於相同或類似條件下同一企業同一股東或其他股東股權轉讓收入的;
④申報的股權轉讓收入低於相同或類似條件下同類行業的企業股權轉讓收入;
⑤不具合理性的無償讓渡股權或股份;
⑥主管稅務機關認定的其他情形.
對以下情況的股權轉讓價格偏低屬於有正當理由,可以按照股權交割價格確認:
①能出具有效文件，證明被投資企業因國家政策調整,，生產經營受到重大影響，導致低價轉讓股權;
②繼承或將股權轉讓給其能提供具有法律效力身份關係證明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孫子女、外孫子女、兄弟姐妹以及對轉讓人承擔直接撫養或者贍養義務的撫養人或贍養人;
③相關法律、 政府文件或企業章程規定, 並有相關資料充分證明轉讓價格合理且真實的本企業員工持有的不能對外轉讓股權的內部轉讓
;④股權轉讓雙方能夠提供有效證據證明其合理性的其他合理情形.
對於自然人轉讓股權價格明顯偏低且無正當理由的個人所得稅核定,主管稅務機報依次按照下列方法核定股權轉讓收入:
1.淨資產核定法。股權轉讓收入按照每股淨資產或股權對應的淨資產份額核定。被投資企業擁有土地使用權、房屋、房地產企業未銷售房產、知識產權、 探礦權、 採礦權、股權等資產佔企業總資產比例超過20%的,主管稅務機關可參照納稅人提供的具有法定資質的中介機構出具的資產評估報告核定股權轉讓收入。 6個月內再次發生股權轉讓且被投資企業淨資產未發生重大變化的，主管稅務機關可參照上一次股權轉讓時被投資企業的資產評估報告核定此次股權轉讓收入。
2.類比法.參照相同或類似條件下同一企業同股東或其他股東股權轉讓收入核定；參照相同或類似條件下同類行業企業股權轉讓收入核定。
3.其他合理方法。主管稅務機採用以上方法核定股權轉讓收入存在困難的，可採取其他合理方法核定。
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