元朝残馀力量北逃后，是为北元，北元又分裂为鞑靼和瓦剌二部。其中鞑靼衰退，瓦剌遂成为中国北疆的最大威胁。此后由于与明朝的长期战争及内乱、内战不休，元气大伤，蒙古人逐渐丧失了进取中原的雄心。但在失去了原农业地区的支援和调节，单一的原始畜牧业和不发达的手工业使蒙古人的生活陷于困境。获取汉地的物资成为蒙古部落的期盼。而朝贡和打仗都是获取物资的手段，因而鞑靼、互剌诸部及兀良哈三卫不断袭扰明朝边地，往往是大掠之后自动退兵，形成历史上所谓的“北虏之患”。随着明朝吏治腐败程度的不断加深，边防力量渐趋削弱，“北虏之患”日益加重。
瓦剌也先汗在1449年(明英宗正统十四年)入寇中国，是为土木堡之变。蒙古在此后百年的内斗，鞑靼重夺主宰地位，鞑靼土默特部的俺答脱颖而出，于明嘉靖年间独立建国，进而威胁中原。
嘉靖年间，鞑靼诸部屡屡入犯，兵力动辄数万，甚至数十万，明王朝的腐败军队根本抵挡不住蒙古人骁勇善战的骑兵。1546年(嘉靖二十五年)，俺答称汗，遣使议和并求通贡市，明世宗屡次拒绝。1550年(嘉靖二十九年)六月，鞑靼首领俺答率领所部数万精兵犯大同、蓟镇，大破古北口入塞，一直攻到北京城下。而明军不仅京营官兵毫无斗志，各路“勤王”之师也怯懦不敢战，听任鞑靼军队在京师周围肆意劫掠八日，满载而去，史称“庚戌之变”。俺答以武力成功逼使明廷答应开市，但北部边境蓟辽地区的滋扰直到1553年(嘉靖三十二年)方始消停。
1567年(隆庆元年)，俺答数犯边地，而土蛮亦同时入寇，进犯蓟州，蹂躏昌黎、抚宁、乐亭、卢龙，使人民的生命财产遭受严重损失，边境形势极为严峻。朝廷商议对策，工科给事中吴时来提议调两广总督谭纶、福建总兵戚继光、广西总兵俞大猷到北方“专督练边兵”。福建巡抚涂泽民则恳求：“戚继光才猷超迈，忠勇性成，功勋茂著，八闽爱戴，如出一口。……盖一日有闽即不可无此官，乞将戚某专心料理闽事”。兵部意见：“戚某与谭纶向在福建，文武相资，练兵御寇，立有成效，应取回京，共修戎政。”明穆宗朱载垕决定：“速召戚某同谭纶回京，训练兵马，以备缓急之用。”
戚继光于1568年(隆庆二年)二月任神机营副将;五月，总理蓟、昌、保练兵事务，节制三镇与总督同;三年正月，破例以总理兼任蓟镇总兵，镇守蓟州、永平、山海关等处。谭纶则于1568年(隆庆二年)三月任蓟辽总督;四年十月为兵部左侍郎，协理京营戎政;六年七月为兵部尚书，入掌兵部。戚继光兼任蓟镇总兵后，在长期的亲密战友谭纶的极力举荐和倾力支持下，在内阁大学士张居正(隆庆六年六月出任首辅)的高度赏识和极度信任下，开始了军事生涯的又一次辉煌。
1570年(明穆宗隆庆四年)，俺答为救孙儿把汉那吉，与明朝开始和谈，次年达成协议，明朝封俺答为顺义王，开放十一处边境贸易口岸，史称俺答封贡。北虏问题至此告一段落，封贡换来北疆过百年和平，直到满清崛起时，九边烽烟再现。可以说，蒙古人自从被朱元璋逐回草原那一天起，无时不想着“光复中原”，对于明朝的统一政策，必然是拼死反抗，和平统一是不现实的，明朝开通马市互惠蒙古人，其实也是养虎为患。随着满清的崛起，和蒙古人一拍即合，在战略上挤压明朝的空间，互通声势，曾经强大的明朝在这样的内忧外患中风雨飘摇，一直到灭亡。
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