李自成和張獻忠率饑民起兵，先後轉戰大江南北10多個省份，各自麾下兵力鼎盛時期分別達到100萬和40餘萬之眾，但是他們建立起穩固大後方根據地了嗎？基本上沒有，而這既是他們的戰術優勢，也是其最大的戰略弱點。
無論李自成還是張獻忠，起兵10多年間，都失敗過無數次——李自成戰敗了上百次，其中被打得近乎全軍覆沒的慘敗就至少有3次，特別是崇禎十一年（1638年）孫傳庭和洪承疇潼關設伏，李自成僅剩18騎逃入商洛山。但明廷卻以為大功告成，沒有派兵繼續搜剿農民軍殘部，導致1年多後李自成就重整旗鼓再次出山。
張獻忠比李自成狡詐得多，他在遭到明軍左良玉部重創後馬上接受明廷招安，卻保留兵權、畫地為牢，暗中休整部隊、壯大軍力，如果明廷及時採取強有力措施將張獻忠所部分化、瓦解，又怎麼可能讓其在接受招安2年後就重新起兵，以至於短時間內席捲湖南、湖北、江西、四川等大片區域呢？
可見，明廷“剿匪”最大的問題就在於不夠堅決、徹底，總是給自己留後患。但是等到清軍入關後，前者對於農民軍可就沒那麼客氣了，而是將“兵貴神速、除敵務盡”作為最高作戰原則。
以清軍追殲李自成大順軍為例，作戰時間表都是以天來計算的，根本不給對手任何喘息之機。
1644年4月23日，清軍在一片石擊潰李自成所部。4月30日，李自成率部放棄京師西撤，2天后清軍就佔領北京，並安排順治帝遷都北京，同時安撫明朝軍民以籠絡人心。緊接著，清軍就以吳三桂所部為先鋒，阿濟格、多鐸等親王率主力督後，開始窮追大順軍。從5月2至3日，李自成部隊連續被追兵擊敗，退入山西，其原本奪取的山東、河北、晉北、豫東等地區不出1個月就丟了個乾乾淨淨。
同年7月，稍微緩過一口氣的李自成開始局部反攻，卻在這個節骨眼上高層爆發內訌，傑出將領李巖兄弟遭誣陷被殺，農民軍內部更加矛盾重重。結果，到1644年10月大順軍反攻失敗，山西全境落入清軍手中。山西一丟，李自成老家陝西門戶洞開。2個月後（1644年底）清軍發起西征，從邊外繞道綏德一路攻克延安等重鎮，於1645年元月攻至西安城下。因為無法堅守立足，李自成只好繼續率兵撤退，出武關南下至襄陽、武昌、九江
由於清軍追擊太緊，農民軍根本得不到絲毫喘息，結果連戰連敗，士氣越來越低落，終於在1645年5月上旬李自成進入九宮山後遭地方武裝襲擊身亡，大順軍餘部也潰散四方。可見，要想真正打敗擅長流動作戰的明末農民軍，說到底要訣就一條——死纏爛打。
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