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黑番茄是顏色發暗發黑的番茄。在國外，還有“藍番茄”“紫番茄”，在中文裡一般也都叫做“黑番茄”。
黑番茄的品種很多，可以分為三種情況：
第一種，是普通番茄發生了基因突變，導致青番茄成熟時葉綠素不能正常降解，會造成脫鎂葉綠色累積。脫鎂葉綠素和類胡蘿蔔素混合在一起，就呈現有暗黑的顏色。下面是一個這類“黑番茄”品種，其實並不算很黑。
第二種是經過人為選育雜交，使得番茄中具有表達花青素的基因。跟前一種“黑”不同，這種黑番茄的“黑”來自於花青素。下面是美國俄勒岡大學培育的一個品種。
這個品種的番茄在陽光照射的地方會完全變黑，如果被遮住了光，也會保持紅色。而且，它只是表皮和接近表皮的果肉是黑色的，就像下面這張照片。
第三種是經過轉基因操作，轉入了高效表達花青素的基因。其花青素含量很高，能達到第二種黑番茄的10倍以上。而且，它不僅表皮變黑，整個果肉也都是黑的。
（轉基因黑番茄和普通番茄的對比）
中國市場上出現的黑番茄一般是第二種類型。
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