第一任校長｜孫家鼐【任職時間】1898年7月—1900年春 孫家鼐，安徽壽縣人，咸豐九年高中狀元。曾與翁同龢共同輔導光緒帝，享有“一代帝師”美譽。
第二任校長｜許景澄【任職時間】1899年7月—1900年7月 許景澄，浙江嘉興人，同治七年進士，著名外交官，先後出任十國公使。
第三任校長｜張百熙【任職時間】1902年1月—1904年2月 張百熙，湖南長沙人，同治十三年進士，曾任山東學政、廣東學政、吏部尚書、戶部尚書等職。
第四任校長｜張亨嘉【任職時間】1904年2月—1906年2月 張亨嘉，福建福州人，光緒九年進士，曾任湖南學政、浙江學政等職。
第五任校長｜李家駒【任職時間】1906年2月—1907年7月 李家駒，廣東駐防漢軍正黃旗人，光緒二十年進士，曾任湖北學政、學部右丞等職
第六任校長｜朱益藩【任職時間】1907年7月—1907年12月 朱益藩，江西萍鄉人，光緒十六年進士。曾做過光緒和溥儀兩代皇帝的老師。
第七任校長｜劉廷琛【任職時間】1907年12月—1910年9月 劉廷琛，江西九江人，光緒二十年(1894年)進士。曾任翰林院編修、陝西提學使等職。
第八任校長｜柯劭愍【任職時間】1910年9月—1911年11月 柯劭愍，山東膠州人，光緒十二年進士，曾任湖南學政、國子監司業等職。
第九任校長｜勞乃宣【任職時間】1911年11月—1912年2月 勞乃宣，浙江桐鄉人，同治十年進士，曾任江寧提學使等職。
第十任校長｜嚴復【任職時間】1912年2月—1912年10月 嚴復，福建侯官人，畢業於福建船政學堂和英國皇家海軍學院。引進西學第一人。
第十一任校長｜章士釗【任職時間】1912年10月—1912年12月 章士釗，湖南長沙人，畢業於英國阿伯丁大學，作家、教育家和政治活動家。
第十二任校長｜何燏時【任職時間】1912年12月—1913年11月 何燏時，浙江諸暨人，東京帝國大學畢業，是第一個在日本大學畢業的中國留學生。
第十三任校長｜胡仁源【任職時間】1913年11月—1916年12月 胡仁源，浙江吳興人，畢業於仙台第二高等學校與推爾蒙大學。
第十四任校長｜蔡元培【任職時間】1916年12月—1927年8月 囊括大典，網羅眾家。兼容幷包，思想自由。
第十五任校長：劉哲 第十六任校長：李煜瀛 第十七任校長：陳大齊 第十八任校長：蔡元培 【任職時間】 1927年8月—1930年12月期間，北大屢經波折。 合併事件，引起北大師生強烈反對。1929年8月，國民政府迫於壓力，決定將北大學院脫離北平大學獨立設置，恢復為國立北京大學
第十九任校長｜蔣夢麟【任職時間】1930年12月—1937年7月 蔣夢麟，浙江餘姚人，畢業於加州大學、哥倫比亞大學，教育家。
第二十任校長｜傅斯年【任職時間】1945年10月—1946年8月 傅斯年，山東聊城人，北大畢業後，又留學愛丁堡大學、倫敦大學、柏林大學，著名歷史學家
第二十一任校長｜胡適【任職時間】1946年9月—1948年12月 胡適，安徽徽州人，畢業於康奈爾大學、哥倫比亞大學。
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