在微生物的基础研究和应用研究中，选育一株理想菌株是一件艰苦的工作，而要保持菌种的遗传稳定性更是困难。菌种退化是一种潜在的威胁，因此引起人们的研究与重视。
菌种退化现象
菌种退化（ degeneration ）是指群体中退化细胞在数量上占一定数值后，表现出菌种生产性能下降的现象。常表现为，在形态上的分生孢子减少或颜色改变，甚至变形，如放线菌和霉菌在斜面上经多次传代后产生了“光秃”型，从而造成生产上用孢子接种的困难；在生理上常指产量的下降，例如，黑曲霉的糖化能力、抗生素(antibiotic)生产菌的抗生素(antibiotic)发酵单位下降等。造成菌种退化的原因主要有：
1、自然突变
微生物与其他生物类群相比最大的特点之一就是有较高的代谢繁殖能力，在 DNA 大量快速复制过程中，因出现某些基因的差错从而导致突变发生，故繁殖代数越多，突变体的出现也越多。一般来说，微生物的突变常常是负突变，是指使菌种原有的优良特性丧失或导致产量下降的突变。只有经过大量的筛选，才有可能找到正突变。
2、环境条件
环境条件对菌种退化的影响，如营养条件，有人把泡盛曲霉的生产种，在 3 种培养基上连续传代 10 次，发现不同培养基和传代次数对淀粉葡萄糖苷酶的产量下降有不同影响，说明营养成分影响菌种退化的速度。环境温度也是重要的作用因素。例如，温度高，基因突变率也高，温度低则突变率也低，因比菌种保藏的重要措施就是低温。其他环境因子，如紫外线等诱变剂也可加速菌种退化。
3、衰退的防止：①控制传代次数；②创造良好的培养条件；③利用不同类型的细胞进行接种；④采用有效的菌种保藏方法。
4、退化菌种的复壮
因为在退化的菌种中仍有一些保持原有菌种特性的细胞，故有可能采取一些相应措施，使这些细胞生长、繁殖，以更新退化的菌株，称之为菌种的复壮。常用方法是①纯种分离；②通过宿主体内生长进行；③淘汰已衰退的个体。
希望研发团队能针对性的改变菌种的状态，选育强化菌种，培育出活性更强，对养殖更有益的菌种
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