1644年清軍入關後，經過幾十年征戰，到1683年攻佔臺灣，消滅明鄭政權，實現了對中國內地的統一。之後，清軍與西北的蒙古準噶爾部進行了近百年的戰爭，到1759年終於將之滅亡，統一了新疆地區。
清朝與準噶爾汗國
清朝統一新疆，是從公元9世紀初唐朝安西都護府被吐蕃攻陷之後，在近千年時間裡，中原與新疆首次完全統一在一個政權控制之下，具有重大的歷史意義。但另一方面，鮮為人知的是，清朝統治新疆後，並未採取措施促進新疆與內地的融合，而是對其採取了與中原內地分而治之，相互隔離的策略，造成了表面統一的清朝內部的裂痕，為後世新疆不斷髮生的分裂活動和動亂埋下了隱患。
唐安史之亂後的安西都護府
從1759年清朝統一新疆至1884年新疆建省之前，清朝在新疆實行了全方位的隔離制度，尤其是對“回疆”（今南疆地區）最為嚴苛。
首先，清朝在新疆實行了內地隔絕的行政管理制度。
清朝統一新疆之後，並未在新疆建省，沒有引入內地的行政制度，而是保留了當地原有的“伯克”制度。伯克是世襲統治的地方首領，父死子繼，兄終弟及。清朝對新疆“回部”聚居區“因俗而治”，繼續保留了伯克制度，只是將伯克制定品級，發給朝廷印綬。
清朝回疆地區
在這種情況下，內地經科舉產生的官員，並不能進入回疆進行治理。新疆本身也不舉行科舉，本地民族精英也不能進入上層官僚機構，不能進入中央或內地任職。內地與新疆之間的官員和知識精英流動是不存在的，本地人很難對內地產生認識和了解，缺乏認同感。
此時，朝廷派出的治理回疆的官員僅為各地駐紮大臣，負責管理各城伯克。這些辦事大臣並不直接過問當地的民政事務，只是通過各級伯克實行間接統治，因此回疆的普通回人平時很難與清政府派駐當地的官員發生聯繫，當地回人只知伯克，不知清朝政府，整體的國家意識十分淡薄。這成為後來新疆發生分裂動亂的一個誘因。同時，清朝派駐新疆的官員除少數蒙古人外，基本上都是滿人，這些人一方面不信任當地的回人，同時也對漢族人懷有強烈的防範心理，他們強烈反對回人與漢人交往，反對漢文化在新疆傳播，這對中華統一國家認同感的形成造成了阻礙，為境外勢力的滲透和入侵提供了機會。
竄入新疆的阿古柏軍
直到1884年新疆建省後，伯克制才被正式廢除 。
第二，清朝在新疆實行各民族分別居住的隔離制度。
清朝在新疆駐軍中貫徹了民族隔離制度。駐疆清軍由八旗兵和綠營兵組成，總數在三萬左右，其中北疆約有二萬幾千人,南疆僅有五六千人。這些軍隊基本不錄用回人，回人無法通過參軍來進入清朝政府機構，也無法到內地任職，進一步減少了對清政府的認同。
新疆清軍抓獲張格爾
清朝在回疆還採取了將駐軍及漢族百姓與當地居民隔離居住的政策。依照該政策，清朝在喀什噶爾、葉爾羌、和田、阿克蘇、庫車等地修築了新的城池, 滿漢官員、駐軍以及普通漢族百姓居住其中，這些城被稱作“漢城”。回人各級伯克和百姓則住在原來的城裡，這些老城被稱為“回城”。漢、回兩城人員往來受到嚴格限制。漢滿官兵及百姓 ,除不許進入“回城”外，也不許進入回人村莊。
喀什老城
“漢城”與“回城”居民之間的商業交易只能在中間地帶的“買賣街”進行，不允許漢回百姓進入對方城內。
清朝的這種隔離制度阻礙了回人與其他民族，特別是漢族的交往。
第三，清朝在經濟上也對新疆採取了隔離制度。
回疆地處古代絲綢之路要道 ,自古以來就是商貿發達之地, 當地回人以善於經商聞名，經商是他們與外界交流的主要方式。但清廷為了隔離漢、回民族，在回疆實行了經濟隔離政策。
為了孤立回疆的經濟,清政府在新疆實行了貨幣雙軌制，南疆繼續使用當地舊有的“普爾錢”,而不使用內地通用的圓形方孔錢，這妨礙了回疆與內地的商業往來。
普爾錢
清政府還嚴格限制外界商人，主要是漢商進入回疆經商貿易，同時也限制回商出疆貿易。漢族商人進入回疆只准單身前往，需攜帶官方發給的票證方可進入，且不得攜眷安家。在回疆的漢人不得購買當地土地，只准租種官地。回疆居民外出經商也必須領取路票 ,沒有路票隨意走動者，一經查獲，要嚴厲治罪。
清政府還限制內地漢人進入回疆屯墾，以避免漢人移民到回疆。一直到道光十二年(1832年)，清朝才准許漢人在喀拉赫伊、巴爾楚克等地區屯墾。
清朝在回疆實行的經濟隔離 ,造成了回疆與內地經濟聯繫的人為割斷，回疆經濟長期落後。由於缺乏共同的經濟生活，導致當時的回人對漢族沒有了解和認識，也無法建立國家認同。
第四，清朝還在文化和生活方面對回疆實施了隔離。
首先是嚴禁回、漢通婚。清廷為了阻止回、漢發生民族融合，在《回疆則例》中嚴格禁止漢、回兩族通婚，特別是防範人數較多的漢族綠營兵和流放的犯人。
對於漢文化在回疆的傳播，清朝更是嚴防死守，堅決制止。清廷嚴禁新疆的八旗兵和滿蒙官員學習漢語文，甚至限制漢兵眷屬及種地漢人和商民學習漢語文。清朝也嚴禁回人學習漢文化。乾隆年間，清政府統一製作了伯克的官印 ,官印上所刻的是當時的維吾爾文、滿文和蒙文，沒有漢字。
為了防止回人接觸到漢文化，甚至在伯克入朝時，清廷也要求他們避開漢族的居住地區，繞道北部的蒙古地區，皇帝接見伯克也在塞外的承德進行。在對回人學習漢文化嚴防死守的同時，清朝卻積極鼓勵回人學習滿語文，特別是對伯克的子弟們學習滿語文進行獎勵。
清政府雖然在內地強迫漢人留滿族式髮辮，但是在回疆卻只允許高級伯克及有功官吏子孫蓄留髮辮，把它當作是給高級回人的一種特權來賜予，普通回人不是不被要求留髮辮，而是沒有資格留髮辮。
清政府為何實行這一系列隔離政策？主要是為了防止漢、回聯合反清。清作為以極少數的民族統治人口眾多的漢人而建立的政權，天然對佔全國人口絕大多數的漢人懷有極大的不信任感，清朝眼中內部的主要威脅因素就是漢人反清。對於邊疆少數民族，清廷特別注意要阻止漢族與他們的往來，避免被統治民族團結起來反抗清廷。正是基於這一點，清廷才建立了切斷回、漢之間聯繫的隔離制度。
清廷的政策最終埋下了邊疆動盪的隱患。在中原與新疆經歷近千年的分離後，統一新疆的清政府本應採取措施積極促進新疆與內地的聯繫和融合，但出於維護滿人統治的需要，清朝卻在回疆實行隔離制度,嚴重限制了回人與漢人融合的機會和接受漢文化浸潤的機會。隔離削弱了回人對中央政權的認同感，造成清朝對新疆的統治缺乏經濟、文化的基礎，而缺乏基礎的統治是難以長期穩固的。清朝統治新疆的這一缺陷不僅造成清朝後期新疆的大動盪，並且為後來乃至當代中國的新疆分裂問題留下了隱患。
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